Od wylotu wąwozu Wawrzonowy Dół idziemy ścieżką, którą do otworu jaskini poprowadzony jest zielony szlak turystyczny i po ok. 250 m dochodzimy na obszerny taras położony przed otworem Jaskini Ciemnej.

Przedjaskiniowy taras od wschodu ograniczony jest ścianą skalną, u stóp której położne jest wejście prowadzące do głównej sali i dalszych partii Jaskini Ciemnej, a od południa łukiem skalnym, pod którym znajduje się obszerny dwuotworowy korytarz nazywany Tunelem. S. Kowalski (1968) stosował w odniesieniu do niego nazwę Tunel Północny i uważał go za część Oborzyska Wielkiego (razem z Ogrojcem i właściwym Oborzyskiem Wielkim, które zwał Tunelem Południowym). Zarówno Tunel, jak i wejście do głównej części jaskini znajdują się pod wspólnym okapem i dlatego są traktowane jako jeden otwór jaskini – otwór północno-zachodni (1.). Ma on szerokość ponad 7 m. Otwór południowy (2.), prowadzący do Tunelu od strony Ogrojca ma szerokość 3,5 m. Tunel jest integralną częścią Jaskini Ciemnej i pierwotnie był połączony z główną salą jaskini, niskim przejściem, które teraz jest zamurowane. Obecnie jedyne wejście do głównej sali prowadzi przez wnękę, o wysokości 1 m, położoną za otworem północno-zachodnim i przegrodzoną metalowymi drzwiami. Wiodą one do zachodniej części rozległej sali o całkowitej długości 88 m i maksymalnej szerokości 23 m. Wysokość sali przeciętnie wynosi ok. 8 m, a miejscami przekracza 10 m. W końcowej części sala się zwęża, a na jej środku znajduje się znacznych rozmiarów filar skalny. Od tego miejsca główny ciąg biegnie początkowo w prawo (ku południowemu wschodowi), a następnie w lewo (ku północnemu wschodowi). Ciąg ten jest złożony z niewielkich lecz wysokich salek, przedzielonych niskimi przełazami. W końcowej części znajduje się korytarz, obecnie niedostępny, biegnący ku północnemu zachodowi (A. Górny – inf. ustna 2007 r.). Ma on długość ok. 10 m. Korytarz ten nie jest uwzględniony na planie jaskini.

Jaskinia jest utworzona w wapieniu skalistym jury górnej. Na ścianach w sali widoczne są nieznacznie nachylone ku północnemu wschodowi powierzchnie międzyławicowe lub ciosowe. Część korytarzy jaskini powstała wzdłuż pionowych szczelin ciosowych (Ciętak 1935; Gradziński 1962). W wielu miejscach, zarówno w sali, jak i w końcowym korytarzu w stropie są dobrze rozwinięte kotły, z których największe mają średnicę ponad 3,5 m. Część z nich jest uformowana na pionowych szczelinach ciosowych, lecz wiele nie nawiązuje do szczelin. Niektóre kotły są charakterystycznie hierarchicznie rozmieszczone, to znaczy w obrębie jednej dużej formy znajduje się kilka mniejszych form niższego rzędu.
Jaskinia jest fragmentem większego systemu krasowego i pierwotnie stanowiła jeden system wraz z położonym w pobliżu Oborzyskiem Wielkim. Do systemu tego należał także Ogrojec, który swój dzisiejszy kształt zawdzięcza obrywowi stropu i zniszczeniu próżni krasowej przez procesy erozyjne. Powstanie jaskini związane jest z przepływem krasowym w warunkach freatycznych, na co wskazuje charakter korytarzy, a przede wszystkim liczne kotły doskonale rozwinięte w jej stropie (R. Gradziński 1962). Kotły te mogą świadczyć o powstaniu jaskini na skutek ascenzyjnego przepływu ciepłych wód (R.A.L. Osborne 2004). Ł. Karda (w: Gradziński i in. 2011c) sugeruje wpływ wód powodziowych na formowanie jaskini. Istnienie skorodowanych polew wskazuje, zdaniem R. Gradzińskiego (1962), że etap osuszenia jaskini i związanej z nim krystalizacji nacieków rozdzielał dwa epizody formowania się kotłów wirowych. Brak jest wyraźnych dowodów na przemodelowanie próżni przez przepływ w warunkach wadycznych. Pewną przesłanką mogą być odsłonięte podczas wykopalisk w Tunelu, a także w Oborzysku Wielkim zagłębienia w dnie, mające zapewne charakter rynien dennych (S. Kowalski 2006). Znalezienie takich rynien w skalnym dnie sali, pod pokrywą osadów klastycznych, mogłoby potwierdzić powyższy pogląd.

Wiek jaskini jest trudny do określenia. Zapewne powstała ona przed początkiem plejstocenu. Gdyby potwierdziła się hipoteza R.A.L. Osborne´a (2004) o hipogenicznym pochodzeniu jaskini, byłoby to sugestią, że jej rozwój następował pod przykryciem nieprzepuszczalnych warstw górnej kredy lub miocenu, co implikowałoby odpowiednio późnomioceńsko-plioceński lub nawet paleogeński wiek jej powstania.

Zewnętrzne części namuliska w Tunelu i partiach przyotworowych sali są humusowe. Głębiej na spągu znajdują się ogładzone głazy wapieni górnej jury, a miejscami także pokruszone fragmenty nacieków. W głębszych partiach – pomiędzy głazami – namulisko gliniaste. Do lat 70. ubiegłego wieku na powierzchni osadów występowały licznie kości i zęby niedźwiedzi jaskiniowych (Ursus spelaeus s.l.; R. Gradziński 1972). W sali głębokość osadów sięga kilku metrów i jest największa w części bliższej otworowi, gdzie przekracza 7 m i systematycznie maleje w głąb do ok. 2 m. Powyższych danych dostarczyły badania georadarowe (A. Szynkiewicz 2007; J. Karczewski i T. Ostrowski 2013), które ponadto sugerują obecność zasypanych osadami sporych rozmiarów stalagmitów.

W jaskini występują niewielkie stalaktyty oraz polewy naciekowe. W końcowym korytarzu, na prawej ścianie widoczna jest skorodowana polewa sprawiająca wrażenie rozmytej przez wodę wypełniającą cały korytarz, a nie wodę perkolacyjną. R. Gradziński (1962) uważa, że polewa ta powstała w czasie okresowego osuszenia jaskini rozdzielającego dwa epizody formowania się kotłów wirowych. W centralnej części sali znajduje się liczna grupa stalagmitów, wysokość największych z nich dochodzi do 1 m. Najokazalszy z nich jest popularnie nazywany „Lwem” z powodu swego kształtu. Część stalagmitów zapewne aktywnie stale przyrasta, podobnie jak stalaktyty, które zaobserwowano na izolatorach przedwojennej instalacji elektrycznej (R. Gradziński 1977). Ponadto w jaskini występuje naciek grzybkowy i nacieki z mleka wapiennego. W końcowym korytarzu znajdowała się okazała forma misy naciekowej zwana Kropielnicą. W rejonie przyotworowym w sezonie zimowym tworzą się różnorodne stalagmity lodowe (J. Klein 1992). Na ścianach w głębszych częściach jaskini występują struktury vermiculation.

Tunel i partie przyotworowe widne. W głównym ciągu światło sięga kilkunastu metrów w głąb. W sali, w odległości 15 m od otworu, mierzone natężenie światła wynosi zaledwie 0,01% światła pełnego (J. Klein 1992). W głębi jaskinia jest zupełnie ciemna i wilgotna. Wilgotność w rejonie otworu (koło drzwi) wynosi 80%, a w głębi sięga 98% (J. Klein 1992). W wielu miejscach w głębi ze stropu kapie deszcz podziemny. Miejscami na spągu tworzą się niewielkie kałuże. W średnim składzie wód perkolacyjnych dominują: HCO3, SO4, Ca, a ponadto ze składników głównych występują (w kolejności malejącego udziału) Cl, SiO2, Na, NO3, Mg i K (P. Goc 2000; A. Górny i in. 2001; J. Motyka i in. 2002). Wody te noszą cechy zmian antropogenicznych, o czym może świadczyć m.in. podwyższona zawartość siarczanów i azotanów.

Ruch powietrza jest bardzo ograniczony; jaskinia cechuje się statycznym mikroklimatem (J. Klein 1992). Dobowa amplituda temperatur w końcowej części sali wynosi zaledwie 0,3°C, natomiast w części przyotworowej amplituda sięgała w tym samym okresie pomiarowym 1,6°C (J. Klein 1992). W sezonie zimowym (luty 1967 r.) wewnątrz jaskini temperatura systematycznie rosła w miarę oddalania się od otworu. W sali wynosiła ok. 6°C, a jej rozkład wskazywał na wyraźną stratyfikację – cieplejsze powietrze gromadziło się pod stropem jaskini (J. Klein 1992). W końcowej części głównego ciągu temperatura wynosiła już 9°C. Z głębszych części jaskini K. Demel (1918) podaje temperaturę 7,5°C, a W. Szymczakowski (1953) 5,7°C z centralnej części sali (pomiar z marca 1952 r.). J. Klein (1992) pomierzył w lutym 1967 r. temperaturę wody w nacieku Kropielnica, która wynosiła wówczas 7,9°C, co jest zgodne z wcześniejszymi obserwacjami Z. Ciętaka (1935).

Ściany przy otworach są porośnięte przez obfity zespół sinic i glonów (J. Czerwik-Marcinkowska i T. Mrozińska 2010, 2011; J. Czerwik-Marcinkowska 2013; J. Czerwik-Marcinkowska i in. 2015a, 2015b), porosty i mchy. W otworze południowym stwierdzono także paprocie (Asplenium ruta-muraria, A. trichomanes) i rośliny nasienne (Campanula rotundifolia). W tym otworze na spągu występują liczne rośliny nasienne (Brachypodium sylvaticum, Chaerophyllum temulum, Poa nemoralis, Libanotis pyrenaica, Solidago virgaurea, Tussilago farfara, Urtica dioica, krzew Corylus avellana i siewki drzew – Fagus sylvatica, Tilia cordata). Wewnątrz jaskini na butwiejących fragmentach drewna zaobserwowano skupiska pleśni.

W trakcie inwentaryzacji stwierdzono obecność motyli (ciem – Scoliopteryx libatrix i Triphosa dubitata), pająki i muchówki. Z jaskini odnotowano muchówki (K. Demel 1918; A. Klasa i A. Palaczyk 2005; A. J. Woźnica i A. Klasa 2009), skoczogonki (K. Demel 1918; A. Szeptycki 1967), ślimaki (K. Demel 1918), chruściki (K. Demel 1918), chrząszcze (K. Demel 1918), 12 gatunków pająków (E. Sanocka-Wołoszynowa 1981), jeden gatunek kosarza (E. Sanocka-Wołoszynowa 1981). Najprawdopodobniej powyższe taksony zostały znalezione w Jaskini Ciemnej, nie można jednak ostatecznie wykluczyć pochodzenia części z nich z Oborzyska Wielkiego, bowiem obie te jaskinie są często traktowane łącznie jako jeden obiekt.
Spośród bezkręgowców na uwagę zasługuje występowanie Porrhomma egeria (= P. moravicum – E. Sanocka-Wołoszynowa 1981), troglobiontycznego pająka, którego liczebność jest określana na 4–6 osobników na 1 m2 (R. Rozwałka 2008).

Obecność nietoperzy w jaskini była wielokrotnie odnotowywana. Ogółem stwierdzono występowanie przedstawicieli siedmiu gatunków nietoperzy (J. Nowak i W. Grzywiński 2007, 2012). Zimą 2017 r. w jaskini odnotowano rekordowa liczbę 393 nietoperzy. Zespół ten był zdominowany przez podkowce małe (Rhinolophus hipposideros), których liczebność wynosiła 383 osobniki. Stawia to Jaskinię Ciemną wśród najważniejszych stanowisk zimowych tego gatunku w Polsce; jest to jednocześnie największe hibernakulum na terenie Ojcowskiego Parku Narodowego (W. Grzywiński i in. 2015; J. Nowak i W. Grzywiński 2017).

Jaskinia Ciemna od dawna budziła szerokie zainteresowanie naukowców. Pierwsze rekonesansowe badania wykopaliskowe przeprowadził w jaskini J. Zawisza w 1871 r, które jednak nie przyniosły zadowalających efektów (M. Olszyński 1871; J. Zawisza 1871). Miejsce prowadzenia wykopalisk jest nieznane, najprawdopodobniej badano wówczas główną salę jaskini. Poszukiwania archeologiczne w rejonie Jaskini Ciemnej prowadził w początku XX w. S.J. Czarnowski (1924). Koncentrował się on jednak na terenie Ogrojca i w sąsiedniej jaskini Oborzysko Wielkie. Wydaje się, że nie prowadził badań w samej Jaskini Ciemnej (również nie w Tunelu będącym jej integralną częścią). Kolejny etap badań wykopaliskowych to prace kierowane przez S. Krukowskiego prowadzone na obszarze przyotworowym podczas dwóch sezonów – to jest 20.08.–23.10.1918 r. i 03.09.– 04.11.1919 r. (M. Kot i in. 2019b). Szczegóły dotyczące tych prac zestawili D. Piotrowska 2006a; S. Kozłowski 2007; M. Kot i in. 2019b. Prace te zakończyły się tragicznym wypadkiem, kiedy to w dniu 04.11.1919 r. na skutek zawalenia się ściany wykopu zlokalizowanego w Ogrojcu zginął jeden z robotników (P. Miejszczak ze Smardzowic), a drugi (A. Kozień) został poważnie ranny. Wypadek ten był przedmiotem postępowania sądowego, zakończonego ostatecznie uniewinnieniem S. Krukowskiego. Zebrane wówczas znaleziska paleolityczne zostały wykorzystane w monumentalnym i nowatorskim opracowaniu paleolitu Polski (S. Krukowski 1939 patrz też S. Krukowski 1924). Kolejny etap badań archeologicznych to wykopaliska S. Kowalskiego, prowadzone w latach 1963–1968, które objęły zarówno przyotworowe partie Jaskini Ciemnej, jak i Ogrojec i Oborzysko Wielkie (S. Kowalski 1971, 2006). Od 2007 r. w głównej sali jaskini są prowadzone badania wykopaliskowe przez Instytut Archeologii UJ we współpracy z Muzeum Archeologicznym w Krakowie oraz z Instytutem Systematyki i Ewolucji Zwierząt PAN i koordynowane przez P. Valde-Nowaka i K. Sobczyka. Wyniki tych prac były publikowane w serii interdyscyplinarnych artykułów przedstawiających znaleziska archeologiczne w szerszym kontekście przyrodniczym, a także w świetle datowania radiowęglowego (P. Valde-Nowak i in. 2014, 2016a, 2016b; P. Valde-Nowak 2015; B. Alex i in. 2017; J.C. Willman i in. 2019). Analizę materiału paleozoologicznego zebranego podczas badań archeologicznych prowadzili E. Niezabitowski (patrz S. Krukowski 1939), M. Wójcik (1974), A. Nadachowski (1982, 1990), P. Wojtal (2007), K. Stefaniak (2015) i A. Nadachowski i in. (2015a). Natomiast szczątki flory (w tym węgle drzewne) opracowała A. Kozłowska (1921).
Jaskinia Ciemna, dzięki znaleziskom paleolitycznym, jest bez wątpienia jednym z bardziej znanych stanowisk archeologicznych w Polsce. Różnorakie informacje o zabytkach paleolitycznych z tej jaskini znajdujemy w światowej literaturze dotyczącej paleolitu, większości polskich podręczników archeologii, artykułach monograficznych, wydawnictwach encyklopedycznych i popularnonaukowych, a nawet w fundamentalnym dziele N. Daviesa (1998).
Materiały neolityczne i młodsze opracowywali bądź omawiali T. Reyman (1936), A. Gardawski (1958, 1959), Z. Sochacki (1967, 1968, 1970), Z. Woźniak (1970, 2006), J. Kamieńska i J. K. Kozłowski (1970, 1990), A. Kunisz (1969, 1985), E. Kempisty (1970, 1973), M. Mączyńska (1970), E. Rook (1980), M. Tempelmann-Mączyńska (1985), H. Dobrzańska (2006), S. Kadrow (2006) A. Zastawny (2006), M. Wojenka (2012, 2013, 2018b), R. Liwoch (2014), J. Jędrysik (2018) oraz R. Madyda-Legutko i M. Wojenka (2020).
Badania geomorfologiczne prowadził w jaskini Z. Ciętak (1935). Genezę jaskini omawiał R. Gradziński (1962), a uwagi na jej temat przedstawił także R.A.L. Osborne (2004).
Osady klastyczne były badane przy okazji prac wykopaliskowych przez S. Krukowskiego (1924, 1939), S. Kowalskiego (1971, 2006) i T. Madeyską (1981, 1982, 1982b). A. Szynkiewicz (2007) oraz J. Karczewski i T. Ostrowski (2013) analizowali miąższość i strukturę osadów przy pomocy georadaru. M. Gradziński i in. (1998, 2003) zajmowali się wiekiem i budową wewnętrzną szaty naciekowej, ze szczególnym uwzględnieniem genezy ciemno zabarwionych lamin. Badania hydrochemiczne prowadzili G. Ficek (1979), a w ostatnich latach zespół pod kierunkiem J. Motyki (P. Goc i in. 2000; A. Górny i in. 2001; J. Motyka i in. 2002).
Obserwacje mikroklimatyczne wykonywał J. Klein (1992), a przy okazji innych badań także K. Demel (1918), Z. Ciętak (1935), W. Szymczakowski (1953) i G. Ficek (1979). Badania zespołów naskalnych glonów prowadziły J. Czerwik-Marcinkowska i T. Mrozińska (J. Czerwik-Marcinkowska i T. Mrozińska 2011; J. Czerwik Marcinkowska 2013; Czerwik-Marcinkowska i in. 2015a). Współczesna fauna jaskini była przedmiotem badań K. Demela (1918; bezkręgowce), J. Stacha (1919a, 1919b; skoczogonki), A. Szeptyckiego (1967; skoczogonki), A. Skalskiego (1973a; bezkręgowce), E. Sanockiej-Wołoszynowej (1981; pajęczaki), A. Klasy, A. Palaczyka i A.J. Woźnicy (A. Klasa i A. Palaczyk 2005; A.J. Woźnica i A. Klasa 2009; muchówki) i R. Rozwałki (2008; pajęczaki). W latach 50. XX w. obserwacje nietoperzy prowadzili K. Kowalski i A. Krzanowski (Kowalski 1953a), następnie W. Harmata (1970, 1971, 1973b, 1981, 1992). W kolejnych sezonach były wykonywane z mniejszą regularnością (A. Kubisz 1982; J. Godawa i B.W. Wołoszyn 1990; J. Godawa 1994–1995; Jurczyszyn i Nowosad 2006). Natomiast od lat 90. XX w., w lutym każdego roku odbywa się systematyczny monitoring nietoperzy prowadzony przez liczne zespoły w ramach ogólnopolskiej akcji Dekada Spisu Nietoperzy (M. Labocha i B.W. Wołoszyn 1994; Węgiel J. i Węgiel A. 1996; K. Polowy i M. Wieczorek 2001; K. Kozakiewicz i B.W. Wołoszyn 2008) a w ostatnich latach głównie przez W. Grzywińskiego i J. Nowaka z towarzyszami (J. Nowak i K. Kozakiewicz 2000, 2001; J. Nowak i in. 2002; W. Grzywiński i in. 2004, 2006, 2015; J. Nowak i W. Grzywiński 2007, 2012, 2017).
Jaskinia Ciemna była też miejscem pomiarów fizycznych. S. Landau (1910) mierzył jonizację powietrza, traktując ten parametr jako wskaźnik promieniotwórczości naturalnej. W 1935 r. D. Doborzyński (1936a,b) prowadził w jaskini eksperymenty dotyczące możliwości odbioru fal radiowych. Nazewnictwo jaskini analizowali S. Ciszewski (1887, 1891) i W. Śliwiński (1984, 1990, 2016).
Jaskinia była zwiedzana w ramach wielu konferencji naukowych, m.in. podczas: konferencji „The Archaeological Cultures and the Subdivision of Early Würm in Central Europe” w październiku 1970 r., konferencji upamiętniającej 125 lat badań archeologicznych w Jurze Ojcowskiej i 40 lecie OPN w maju 1996 r. 31. Sympozjum Speleologicznego, w październiku 1997 r. obchodów 50-lecie OPN i 45 Sympozjum Speleologicznego w październiku 2011 r.
Bliższych informacji dotyczących osadów klastycznych wypełniających jaskinię oraz ich zawartości paleontologicznej i archeologicznej dostarczyły wykopaliska archeologiczne prowadzone od początku XX w. (S. Krukowski 1939; S. Kowalski 2006; P. Valde-Nowak i in. 2014, 2016a, 2016b; B. Alex i in. 2017). Miąższość osadów miejscami przekracza 7 m. Najniższe warstwy są interpretowane jako powstałe w schyłkowej części przedostatniego zlodowacenia. Powyżej znajduje się warstwa gliny interglacjalnej ostatniego interglacjału i nadległy kompleks osadów powstałych w czasie ostatniego zlodowacenia złożony z lessu ze zmienną domieszką próchnicy i gruzu wapiennego o różnym stopniu zaoblenia. W osadach stwierdzono liczne poziomy kulturowe z zabytkami archeologicznymi reprezentującymi niezidentyfikowane kultury środowego paleolitu, kulturę mustierską, lewaluaską, taubaską, mikocką (mikocko-prądnicką wg wcześniej stosowanej terminologii), a także kultury neolityczne i młodsze. Ponadto znaleziono liczne kości zwierzęce (Krukowski 1939; Nadachowski 1982, 1990; Wojtal 2007; Nadachowski i in. 2015a). Najliczniej reprezentowane były kości niedźwiedzi jaskiniowych (Ursus spelaeus s.l.; osobniki dojrzałe i młodociane), co sugeruje, że jaskinia była zamieszkiwana przez te ssaki. Kości nie noszą śladów intencjonalnych uszkodzeń mechanicznych, jednakże w warstwach kulturowych dominują kości spalone lub nadpalone (P. Wojtal 2007). Ponadto znalezione zostały fragmenty tkanek roślinnych i węgle drzewne (Kozłowska 1921). Spektakularnym znaleziskiem jest ząb neandertalczyka pochodzący z najmłodszego horyzontu mikockiego (horyzont III; J.C. Willman i in. 2019).
Celem ustalenia wieku izotopowego została wykonana cała seria dat metodą 14C z kości niedźwiedzia jaskiniowego, kości innych ssaków, węgla drzewnego i niezwęglonych fragmentów roślin (P. Valde-Nowak i in. 2014; 2016a, 2016b; B. Alex i in. 2017). Otrzymane wyniki (część otrzymanych dat nie jest zgodna z porządkiem stratygraficznym) sugerują wpływ procesów postsedymentacyjnych. Jednakże pozwoliły one na ustalenie wieku głównego (najmłodszego) horyzontu kultury mikockiej na MIS 3. Starsze znaleziska przypadają na czas MIS 5 i 4, a zapewne także na MIS 6 (przed ostatnim interglacjałem), co potwierdza wcześniejsze poglądy S. Krukowskiego (1939). Przeprowadzone ostatnio badania oraz analiza danych archiwalnych umożliwiły odtworzenie przestrzennych relacji poszczególnych warstw i poziomów kulturowych w jaskini i na zewnątrz, w sąsiedztwie jej otworu.
W zewnętrznej warstwie namuliska znajdował się bogaty inwentarz materiałów archeologicznych obejmujący zabytki od neolitu po czasy historyczne, a także liczne kości zwierzęce. Znaleziska te są szeroko omawiane w literaturze. Trudno jednak dzisiaj stwierdzić, zwłaszcza jedynie na podstawie analizy danych publikowanych, które z wcześniej opracowywanych znalezisk rzeczywiście pochodzą z Jaskini Ciemnej, które z obszaru przedjaskiniowego (włączając w to Ogrojec), a które z Oborzyska Wielkiego. W literaturze archeologicznej obie jaskinie i okolice ich otworów zazwyczaj traktowane są jako jedno stanowisko.
Badania prowadzone od 2007 r. poza wyżej wspomnianymi znaleziskami paleolitycznymi dostarczyły wiele różnorakich zabytków neolitycznych i młodszych (B. Ginter i in. 2014). Znajdowały się one w najmłodszych osadach wypełniających główną salę jaskini. Uwagę zawraca pochówek dziecka stwierdzony w południowo-zachodniej części sali (P. Valde-Nowak i in. 2018). Datowanie metodą 14C wskazuje na neolityczny wiek szczątków, a kontekst archeologiczny sugeruje kulturę badeńską. Ponadto znaleziono liczne zabytki średniowieczne (M. Wojenka 2012), w tym ostrogi żelazne, żelazne krzesiwo, srebrną monetę z XIV w. i metalowe okucia – zapewne aplikacje pasa rycerskiego (M. Wojenka 2018a, 2018b).
Badany był radiowęglowy wiek niewielkich stalagmitów, których wysokość nie przekraczała kilkunastu centymetrów (m.in. A. Pazdur i in. 1994; A. Górny i in. 1994; M. Gradziński i in. 2003). Wiek tych stalagmitów jest holoceński, biorąc pod uwagę jednak ich niewielkie rozmiary można sądzić, że wspomniane duże stalagmity są z pewnością starsze. W holoceńskich stalagmitach występują laminy ciemno zabarwione przez sadze z ognisk i pochodni palonych wewnątrz jaskini (M. Gradziński i in. 1988b, 2003).

Jaskinia była wykorzystywana przez okoliczną ludność jako schronienie w czasach historycznych (np. A. Grabowski 1822; Ojców 1827; patrz też M. Wojenka 2018a). Z końcem XVIII w. stała się atrakcją turystyczną, o czym świadczy liczne grono zwiedzających, i co zostało odnotowane w pamiętnikach (np. F. Karpiński 1788; S. Staszic 1815; A. Grabowski 1822; A. von Sydov 1830; K. Hofmanowa z Tańskich 1833; H. Kołłątaj 1842; M. Chełmiński 1843; W. Jastrzębowski 1854; L. Sczaniecki 1863; M. Karasowski 1877; A. Grabowski 1909; F. K. Prek 1959; P. A. Wiaziemski 1980). Nie można wykluczyć, że była zwiedzana w grudniu 1792 r. przez A. von Humboldta (K. Zielnica 1989, 2004). Z pewnością musiała być uważana za swego rodzaju kuriozum i miejsce szczególnie godne odwiedzin, skoro zorganizowano w niej wizytę króla Stanisława Augusta Poniatowskiego, która miała miejsce 04.07.1787 r. (A. Naruszewicz 1787; A. Falniowska-Gradowska 1995; A. Kozibąk 2015; M. Wyżga 2016).
Jaskinia Ciemna stała się w XIX w. jednym z najpopularniejszych miejsc w Ojcowie. Od tego czasu wzmianki o niej są publikowane w olbrzymiej ilości przewodników, poczynając od: J.W. Krasińskiego (1820, 1821), A. Grabowskiego (1822 i wydania późniejsze), poprzez K. Wróblewskiego (1900, 1907), po współczesne, m.in. J. Partyki (2018a i wydania wcześniejsze). Zarówno ryciny, jak i fotografie otworu i wnętrza jaskini były wielokrotnie drukowane w publikacjach książkowych, także w albumach, i w formie kart pocztowych. Warto zaznaczyć, że pierwsze fotografie wnętrza jaskini zostały wykonane przy świetle magnezjowym w 1905 r. (S.J. Czarnowski 1905b). Pierwsze udogodnienia – wytyczenie ścieżki do jaskini, wyrównanie namuliska – zostały wykonane z okazji wizyty królewskiej. Na początku dwudziestolecia międzywojennego w jaskini było zainstalowane oświetlenie elektryczne.
Obecnie jaskinia jest w pewnym stopniu przekształcona przez działalność człowieka. Wewnątrz znajdują się barierki ogradzające grupę stalagmitów w głównej sali. Na ścianach widoczne są pozostałości instalacji elektrycznej, służącej do oświetlenia jaskini przed II wojną światową. W niszy prowadzącej do sali znajdują się wspomniane drzwi metalowe, a w Tunelu krata. Zamknięcie w miejscu dzisiejszych drzwi istniało już w początku XX w., co dokumentują publikowane wówczas fotografie (np. S.J. Czarnowski 1907), lecz przez długie okresy drzwi były otwarte, a dostęp do jaskini nielimitowany. Przejście od Tunelu do głównej sali zostało zamurowane, najprawdopodobniej na przełomie lat 80. i 90. ubiegłego wieku, a krata w Tunelu została zamontowana z powodu budowy tarasu widokowego w Ogrojcu położnym za Tunelem; taras ten został oddany do użytku 13.05.1992 r. (J. Partyka – inf. ustna 2007 r.).
Namulisko jaskini zostało wyrównane, zapewne po raz pierwszy już przed wizytą króla Stanisława Augusta Poniatowskiego (M. Olszyński 1871). Później było rozkopywane podczas sondażowych prac J. Zawiszy w 1871 r., lecz zapewne w bardzo niewielkim stopniu (M. Olszyński 1871; J. Zawisza 1871). W latach 80. lub 90. ubiegłego wieku namulisko w końcowej części sali zostało w kilku miejscach rozkopane, najprawdopodobniej przez poszukiwaczy kości. Od 2007 r. trwają w jaskini prace wykopaliskowe; osady zostały usunięte w południowo-zachodniej części jaskini, miejscami aż do skalnego dna. A. Szynkiewicz (2007) na podstawie badań georadarowych sugeruje, że osady w sali były w kilku miejscach rozkopywane do znacznej głębokości.
Nacieki oraz kości niedźwiedzia jaskiniowego były z jaskini wynoszone systematycznie prawdopodobnie począwszy od czasów pierwszych zwiedzających. Naciek Kropielnica, jeden z najbardziej okazałych elementów szaty naciekowej w jaskini, został zniszczony przez wandali w 1974 r. (M. Szelerewicz i A. Górny 1986; J. Partyka 2018a).
Pierwsza wzmianka o jaskini jest zapewne pióra S. Piskorskiego (1691). W literaturze występuje pod wieloma nazwami. Zaznaczyć warto, że zastosowana w inwentarzu nazwa – Jaskinia Ciemna – jest po raz pierwszy użyta przez S. Staszica (1805). W części publikacji Jaskinia Ciemna jest mylona z Jaskinią Łokietka, co skutkuje powtarzaniu legendy o ukrywaniu się Władysława Łokietka w tej jaskini, dosyć częste przypisywanie jej nazwy z członem przymiotnikowym „królewska”. Z uwagi na dosyć powszechne stosowanie nazwy takie zostały uznane za synonimiczne. Wyjątkowo do Jaskini Ciemnej użyto także, oczywiście błędnej, nazwy „jaskinia czajowicka” (A. Pajewski 1891).
Jaskinia jest udostępniona dla ruchu turystycznego. Zwiedzanie odbywa się z przewodnikiem. Jaskinia obecnie nie ma zainstalowanego oświetlenia. Do 2019 r. przewodnicy udostępniali turystom świeczki, a w 2020 r. do jaskini wprowadzono przenośne oświetlenie typu LED. Roczna frekwencja od wielu lat przekraczała 20 tys. osób, a od 2015 r. przekracza 30 tys. osób (J. Partyka 2017; dane niepublikowane w dyspozycji Dyrekcji OPN). W czasie dwudziestolecia międzywojennego jaskinia była zaopatrzona w oświetlenie elektryczne, a na jego potrzeby zbudowano na dnie doliny niewielką elektrownię wodną (J. Partyka 2018a).
Jaskinia znana od dawna. Ukształtowanie korytarzy wskazuje, że od razu była zwiedzana zdecydowana większość dostępnych obecnie korytarzy. Jedyne, niewielkie odkrycia zostały dokonane w końcu lat 60. (ok. 1967 r.) przez A. Górnego i M. Czepiela, którzy znaleźli krótki korytarz prostopadły do ciągu głównego (A. Górny – inf. ustna 2007 r.). Wejście do tego korytarza zostało zasypane w końcu lat 80. ubiegłego wieku.
Jaskinia wpisana 29.04.1924 r. przez Radę Konserwatorów do Inwentarza Zabytków Nieruchomych pod nr 430 (Z Ministerstwa 1924); uznana za zabytek archeologiczny nr 822 przez Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków i Wydział Kultury W.R.N. w Krakowie decyzją V/3/92/68 z dnia 18.10.1968 r. (J. Partyka i T. Stanawski 1970). Obecnie figuruje w rejestrze zabytków nieruchomych pod numerem 1847 jako jeden obiekt z Oborzyskiem Wielkim i Jaskinią w Leszczynie (D. Jaskanis 1988).

Pierwszy plan jaskini sporządził Z. Ciętak (1935). Zinwentaryzowana przez K. Kowalskiego 22.05.1953 r., jako jeden obiekt wraz z Oborzyskiem Wielkim. Można sądzić jednak, że data inwentaryzacji obu tych jaskiń dotyczy ostatecznego sporządzenia planu i opisu bowiem z pisemnych relacji autora (K. Kowalski 2004, 2006) wiemy, że Jaskinia Ciemna nie została uwzględniona w pierwszym tomie inwentarza Jaskinie Polski (Kowalski K. 1951) z powodu ingerencji cenzury. Tak więc jej dokumentacja musiała być gotowa już przed 1951 r. Kolejny plan został wykonany przez Koło Naukowe Geodetów WSR w Krakowie w dniach 15–30.07.1963 r. pod kierownictwem K. Kowalskiego. Plan ten został w uproszczonej wersji opublikowany (A. Kobyłecki 1968). Niestety oryginał planu prawdopodobnie nie zachował się do dzisiaj (A. Kobyłecki – inf. pisemna 2020 r.).
Kolejny plan wykonał M. Szelerewicz w 1983 r., zamieszczony w opracowaniu M. Szelerewicza i A. Górnego (1986). Plan ten został uzupełniony w 2005 r. przez M. Szelerewicza (przekrój) i w 2007 r. przez M. Wawrykę. Pomiary wykonano przy pomocy busoli Freiberg i taśmy pomiarowej z włókna szklanego. Jaskinia została również skartowana 30.04.1984 r. przez zespół pod kierunkiem M. Napierały (Lisoń D. 1984). Obserwacje terenowe przeprowadzili w lipcu 2007 r. M. Gradziński i J. Baryła, a uzupełnił je M. Wawryka-Drohobycki 29.11.2019 r., który przy pomocy odbiornika Garmin GPSmap 62 ustalił współrzędne geograficzne otworu.
Plan i przekrój opracował M. Szelerewicz, uzupełnione przez M. Wawrykę (wkładki na końcu tomu).

Piskorski M.S. 1691 (krótki opis, równoległy tekst w języku łacińskim); Rzączyński G. 1745 (krótki opis); Naruszewicz A. 1787 (opis, relacja z wizyty króla Stanisława Augusta Poniatowskiego); Staszic S. 1805 (opis, wzmianka o stalaktytach, stalagmitach i kościach niedźwiedzi); Krasiński J.H.K. 1820 (opis, wzmianka o zwiedzaniu przez króla Stanisława Augusta Poniatowskiego); Wężyk F. 1820 (literacki opis); Grabowski A. 1822 (opis, informacje o ukrywaniu się tam okolicznej ludności podczas najazdów tatarskich, przytoczony opis Staszica); Hoffmanowa K. 1833 (opis zwiedzania, podanie o ukrywaniu się Władysława Łokietka, legenda o pustelnicy, opis niesłusznie odnoszony do Jaskini Łokietka); Kołłątaj H. 1842 (opis, informacje o szacie naciekowej); Ojców 1852 (wzmianka o stalaktytach); Jastrzębowski W. 1854 (krótki opis); Wiślicki A. 1856 (krótki opis); Zejszner L. 1856 (wzmianka o występowaniu kości, pomimo zastosowania nazwy „jama Ojcowska zwana Królewską” odnosi się najpewniej do Jaskini Łokietka); Niemcewicz J.U. 1858 (położenie, krótki opis, wzmianka o naciekach, zwiedzeniu przez króla Stanisława Augusta Poniatowskiego); Sczaniecki L. 1863 (wzmianka, informacja o stalaktytach i licznych kościach niedźwiedzi, informacja o zwiedzeniu); Wiślicki A. 1866 (krótki opis); Olszyński M. 1871 (wzmianka o zwiedzaniu i o wyrównaniu namuliska tej jaskini „dla jakiejś dworskiej uroczystości” – zapewne odwiedzin króla Stanisława Augusta Poniatowskiego; informacja o wykonaniu płytkich, sondażowych wkopów bez pozytywnych rezultatów); Zawisza J. 1871 (wzmianka o poszukiwaniach, lokalizacja na schematycznej mapie); Kohn A. 1876 (wzmianki o kościach zwierząt); Gruszecki A. 1878 (wzmianka o występowaniu nietoperzy); Ciszewski S. 1887 (uwagi dotyczące nazewnictwa, położenie); Pajewski A. 1891 (krótki opis, legenda o ukrywaniu się Władysława Łokietka); Czarnowski S.J. 1899 (wzmianka, lokalizacja na schematycznej mapie); Mapa, po 1900 (lokalizacja na mapie); Wróblewski K. 1900 (położenie, opis, historia poznania); Czarnowski S.J. 1905b (informacja o wykonaniu zdjęć wewnątrz jaskiń ojcowskich przy sztucznym świetle przez Wolniewicza, reprodukcja fotografii); Landau S. 1910 (wyniki pomiarów jonizacji powietrza jako miary promieniotwórczości naturalnej); Czarnowski S.J. 1911 (położenie i krótki opis, lokalizacja na schematycznej mapie); Lencewicz S. 1912b (dane morfometryczne czaszki); Demetrykiewicz W. 1913 (wzmianka o znaleziskach oryniackich); Czarnowski S.J. ok. 1914 (lokalizacja na schematycznej mapie); Demel K. 1918 (położenie, opis i charakterystyka środowiska, wykaz oznaczonych gatunków); Stach J. 1919b (wzmianki o występowaniu skoczogonków, wymienione gatunki); Stach J. 1919a (wzmianki o występowaniu skoczogonków, wymienione gatunki); Krukowski S. 1920 (wzmianka o znalezieniu czworościennej siekiery gładzonej z krzemienia woskowo-czekoladowego); Kozłowski L. 1921 (wzmianka o badaniach prowadzonych przez Krukowskiego, znalezieniu tam materiałów paleolitycznych wraz ze zwęglonymi fragmentami flory); Kozłowska A. 1921b (charakterystyka węgli drzewnych znalezionych przez Krukowskiego); Kozłowski L. 1922 (wzmianka o prawdopodobnych znaleziskach oryniackich i o materiałach archeologicznych z czasu ostatniego interglacjału znalezionych w tej jaskini razem z węglami drzewnymi); Krukowski S. 1922 (wzmianka o narzędziach krzemiennych towarzyszących ceramice gwiaździstej); Krukowski S. 1924 (opis, stratygrafia osadów, opis znalezisk archeologicznych, wzmianka o szczątkach fauny plejstoceńskiej i węglach drzewnych, profil osadów, fot. narzędzi krzemiennych); Z Ministerstwa 1924 (oficjalna informacja o uznaniu za zabytek nieruchomy nr inw. 430); Antoniewicz W. 1927 (wzmianka o znaleziskach późnoaszelskich i mustierskich); Krukowski S. 1927 (informacja o paleolitycznych narzędziach krzemiennych ze zbiorów S.J. Czarnowskiego); Antoniewicz W. 1928 (informacje o znalezieniu narzędzi późnoaszelskich, prądnickich i późnomustierskich, kości zwierząt, węgli drzewnych, wzmianka o neolitycznych ozdobach i siekierach miedzianych, wykorzystywaniu jaskini w czasie wczesnego średniowiecza); Szafer W. 1928b (informacje o znaleziskach archeologicznych i paleobotanicznych, wzmianka o znalezieniu ziaren zbóż błędnie wiązane z Ogrojcem koło Jaskini Ciemnej); Lilpop J. 1929 (wzmianka o znalezieniu zwęglonych fragmentów dębu i modrzewia); Żurowski J. 1929a (informacje o znalezieniu narzędzi aszelskich i mustierskich, kości niedźwiedzia i hieny jaskiniowej); Żurowski J. 1929b (wzmianka o uznaniu za zabytek nr inw. 430); Staszic 1931 (opis, wzmianka o stalaktytach, stalagmitach, uwagi o genezie); Danysz-Fleszarowa R. 1933 (wymieniona); Wolf B. 1934–1937 (podaje skład współczesnej fauny, dane za Demelem 1918); Ciętak Z. 1935 (położenie, opis i plan, wymieniona w wykazie, lokalizacja na mapie); Doborzyński D. 1936a (wyniki eksperymentalnego odbioru fal radiowych, krótki opis); Doborzyński D. 1936b (ditto); Reyman T. 1936 (wzmianka o znalezieniu ceramiki siwej wraz z ceramiką średniowieczną); Kostrzewski J. 1939 (informacje o znalezieniu glinianych figurek kultury nadcisańskiej, narzędzi miedzianych kultury ceramiki promieniste i ceramiki kultury prafińskiej); Krukowski S. 1939 (szczegółowy opis profili w rejonie otworu i w Ogrójcu, charakterystyka i opis i przynależność kulturowa znalezisk, lista stwierdzonych szczątków fauny); Kornaś J. 1947 (wzmianka o konieczności ścisłej ochrony prawnej); Kowalski K. 1951 (liczne wzmianki o szacie naciekowej, badaniach archeologicznych, znaleziskach plejstoceńskich kości i węgli drzewnych, mikroklimacie, występowaniu nietoperzy, znaleziskach archeologicznych, pochodzeniu nazwy, zwiedzaniu przez króla Stanisław Augusta Poniatowskiego, uznaniu za zabytek); Kowalski K. 1953a (informacje o występowaniu nietoperzy Rhinolophus hipposideros i Myotis myotis); Szymczakowski W. 1953 (wyniki eksperymentalnego badania preferendum termicznego pająka Meta menardi, uwagi o mikroklimacie jaskini); Kowalski K. 1954 (zinwentaryzowana jako jeden obiekt wraz z Oborzyskiem Wielkim, opis i plan inwentarzowy); Kowalski K. i in. 1957 (informacje o nietoperzach); Gardawski A. 1958 (charakterystyka ceramiki kultury ceramiki grzebykowej); Gardawski A. 1959 (charakterystyka ułamka naczynia kultury trzcinieckiej); Kowalski K. 1959 (informacja o występowaniu kości zwierząt plejstoceńskich, wymienione gatunki); Gradziński R. 1960 (położenie i opis, informacje o roli szczelin ciosowych w powstaniu jaskini, występowaniu kotłów wirowych, szacie naciekowej, charakterze osadów, znaleziskach archeologicznych, paleozoologicznych, fragmentach węgli drzewnych); Gradziński R. 1962 (wzmianka o braku zależności przebiegu niektórych korytarzy od przebiegu spękań ciosowych, występowaniu kotłów wirowych, nacieków, plan i przekrój końcowego korytarza z zaznaczonymi kotłami wirowymi i szczelinami ciosowymi, wzmianki o żwirze wapiennym w głębszych partiach, przekrój rozwinięty); Kowalski S. 1963a (informacja o rozpoczęciu badań wykopaliskowych, schematyczny profil osadów); Kowalski S. 1963b (położenie, historia poznania, profil osadów, perspektywy badawcze); Bogdanowski J. 1964 (wzmianka o naturalnych walorach otoczenia jaskini jako miejsca warownego, krótki opis rejonu przed jaskinią wraz z rekonstrukcją graficzną); Chmielewski W. 1964 (wzmianki o znalezieniu zabytków z czasu przedostatniego zlodowacenia, informacje o znaleziskach zespołu ojcowskiego grupy prądnickiej); Kowalski S. 1964 (informacja o badaniach w 1964 r.); Klein J. i in. 1965 (wzmianka o prowadzeniu pomiarów temperatury i wilgotności, lokalizacja na schematycznym przekroju przez Dolinę Prądnika); Kostrzewski J. i in. 1965 (wzmianka o materiałach archeologicznych z okresu zlodowacenia środkowopolskiego oraz materiałów tradycji aszelskiej – noży prądnickich); Kowalski K. 1965 (znaleziska archeologiczne, mikroklimat, występowanie nietoperzy, zabezpieczenie przed niekontrolowanym zwiedzaniem, charakterystyka jaskini); Kowalski S. 1965 (wstępne wyniki badań w północnej części Ogrojca i w Tunelu, opis profilu); Kowalski S. 1966 (wstępne wyniki badań w Tunelu na granicy z Ogrojcem, wzmianki o prowadzeniu wykopów w środkowej części Ogrojca i w Oborzysku Wielkim, informacja o znalezieniu narzędzi krzemiennych kultury prądnickiej i starszych, kości gryzoni i zębów niedźwiedzi); Chmielewski W. 1966 (wzmianka o badaniach archeologicznych i znaleziskach grupy prądnickiej); Kowalski K. 1967 (wzmianka o znalezieniu w osadach szczątków zwierząt ze zlodowacenia środkowopolskiego); Kowalski S. 1967a (analiza wybranych materiałów krzemiennych z dwóch poziomów paleolitycznych kultury prądnickiej); Sochacki Z. 1967 (informacje o znalezieniu ceramiki kultury ceramiki promienistej, charakterystyka stanowiska); Szeptycki A. 1967 (wzmianki o występowaniu skoczogonków, wymienione gatunki); Kobyłecki A. 1968 (informacja o skartowaniu przez Koło Naukowe Geodetów przy Wyższej Szkole Rolniczej w Krakowie, uproszczony plan); Kowalski S. 1968 (krótkie podsumowanie dotychczasowych prac autora); Bocheński Z. i in. 1968 (informacja o występowaniu kości Sicista betulina w osadach dolnoholoceńskich); Woźniak Z. 1968 (informacja o znalezieniu bogatego poziomu kulturowego ze środkowego paleolitu); Sochacki Z. 1968 (o znaleziskach kultury ceramiki promienistej); Chmielewski W. 1969a (charakterystyka znalezisk kultury mikocko-prądnickiej, lokalizacja na przeglądowej mapie); Chmielewski W. 1969b (wzmianka o występowaniu zespołów archeologicznych w warstwie deformowanej przez procesy kongeliflukcyjne, stwierdzenie tam najmłodszych zespołów mikocko-prądnickich, lokalizacja na mapie, korelacja poziomów kulturowych z innymi stanowiskami z Polski); Kowalski S. 1969a (analiza narzędzi krzemiennych, ilustracje narzędzi); Kowalski S. 1969b (krótkie sprawozdanie z badań prowadzonych na granicy Tunelu i Ogrojca); Kunisz A. 1969 (informacja o znalezieniu denara Marka Aureliusza); Madeyska-Niklewska T. 1969a (opis osadów i ich korelacja z osadami Schroniska Wylotnego); Madeyska-Niklewska T. 1969b (omówienie profilu osadów, rys. profilu); Kamieńska J., Kozłowski J.K. 1970 (wzmianka o znalezieniu ceramiki z ornamentacją typu Bodrogkeresztúr); Kempisty E. 1970 (wzmianka o ceramice kultury ceramiki grzebykowo-dołkowej); Kulczycka-Leciejewiczowa A. 1970 (wzmianka o znalezieniu ceramiki reprezentującej kulturę ceramiki linearnej); Mączyńska M. 1970 (analiza przedmiotów brązowych, żelaznych, ceramiki, paciorków z okresu wpływów rzymskich, schematyczny plan stanowiska); Partyka J., Stanowski T. 1970 (informacja o uznaniu przez Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków i Wydział Kultury Wojewódzkiej Rady Narodowej w Krakowie za zabytek nr rejestru 822); Sochacki Z. 1970 (wymieniona jako stanowiska kultury ceramiki promienistej); Woźniak Z. 1970 (informacje o fragmentach ceramiki późnolateńskiej, lokalizacja na schematycznej mapie); Harmata W. 1971 (informacja zaobrączkowanych Rhinolophus hipposideros); Kowalski S. 1971a (omówienie wyników prac, wzmianka o znaleziskach neolitycznych i młodszych); Kozłowski J.K. 1971 (o znalezisku sztyletu i ceramiki bodrogkereszturskiej); Gradziński R. 1972 (opis, informacje o genezie, szacie naciekowej, osadach, znaleziskach archeologicznych, paleozoologicznych, fragmentach węgli drzewnych); Kozłowski J.K. 1972 (informacje o znaleziskach kultury prądnickiej, profil osadów); Harmata W. 1973b (informacje o obecności nietoperzy, wymienione gatunki, charakterystyka jaskini); Kamieńska J. 1973 (informacje o znalezieniu ceramiki reprezentującej grupę malicką kultury nadcisańskiej); Kempisty E. 1973 (wzmianka o ceramice); Kowalski K. 1973 (wzmianka o znalezieniu szczątków zwierząt ze zlodowacenia środkowopolskiego i Sicista betulina z czasu regresji ostatniego zlodowacenia); Rühle E. 1973 (wzmianka o znalezieniu szczątków zwierząt ze zlodowacenia środkowopolskiego); Skalski A.W. 1973a (wykaz gatunków bezkręgowców); Wójcik M. 1974 (omówienie plejstoceńskich szczątków Mustela nivalis); Czepiel M. 1976 (wymieniona); Skalski A.W. 1976 (wzmianki o kotłach eworsyjnych, badaniach wykopaliskowych, śladach rozmywania nacieków); Gradziński R. 1977 (o rozmiarach głównej sali, występowaniu kotłów wirowych, miąższości osadów i naciekach tworzących się na dawnej izolacji elektrycznej); Kozłowski J.K., Rafalski J. 1977 (wzmianka o stwierdzeniu pająka Porrhomma egeria); Rzebik-Kowalska B. 1977 (wzmianki o występowaniu nietoperzy); Rook E. 1980 (charakterystyka stanowiska łącznie z Jaskinią Ciemną, wykaz znalezisk neolitycznych reprezentujących: ceramikę kultury ceramiki wstęgowej rytej, kultury bukowogórskiej, grupy malickiej kultury lendzielskiej, grupy pleszowskiej kultury lendzielskiej, kultury pucharów lejkowatych, kultury ceramiki promienistej, kultury boszackiej, kultury ceramiki sznurowej, ponadto neolityczne wyroby z gliny, wyroby krzemienne, wyroby kamienne, wyroby z kości i rogu); Harmata W. 1981 (informacje o zimowaniu Rhinolophus hipposideros, przebywaniu niewielkiej letniej kolonii i o spadku populacji tych nietoperzy w drugiej połowie XX w., oraz o nieznacznym wzroście po zamknięciu jaskini); Madeyska T. 1981 (historia badań archeologicznych, zbiorczy profil osadów Ogrójca wg danych S. Kowalskiego i obserwacji autorki); Sanocka-Wołoszynowa E. 1981 (wyniki badań pajęczaków, wykaz gatunków pająków i kosarzy, z pracy nie wynika, które z wyżej wymienionych pajęczaków zostały stwierdzone w Jaskini Ciemnej, a które w Oborzysku Wielkim); Kubisz D. 1982 (informacje o występowaniu nietoperzy, wykaz gatunków, spadek populacji w latach 70. ubiegłego wieku); Nadachowski A. 1982 (lokalizacja na schematycznej mapie, krótka charakterystyka i stratygrafia osadów, omówienie znalezisk szczątków kopalnych gryzoni, wykaz gatunków); Ruprecht A.L. 1983a (wzmianka o występowaniu nietoperzy Rhinolophus hipposideros); Ruprecht A.L. 1983b (wzmianka o występowaniu nietoperzy Myotis myotis); Ruprecht A.L. 1983c (wzmianka o występowaniu nietoperzy Myotis emarginatus); Ruprecht A.L. 1983f (wzmianka o występowaniu nietoperzy Myotis daubentonii); Śliwiński W. 1984 (uwagi o nazewnictwie); Górny A. 1985 (informacje o możliwości eksploracji, wzmianka o odkryciu „korytarza pod kropielnicą”); Kunisz A. 1985 (lokalizacja na schematycznych mapach rozmieszczenia znalezisk monet rzymskich, informacja o znalezieniu denara Marka Aureliusza); Tempelmann-Mączyńska M. 1985 (informacja o znalezieniu paciorka szklanego z czasów rzymskich); Pulina M., Tyc A. 1987 (podstawowe informacje, reprodukcja przekroju końcowej części jaskini i profilu osadów); Nadachowski A. 1988 (wzmianka o znalezieniu kości Sicista betulina); Ginter B., Kozłowski J.K. 1990 (typologia środkowopaleolitycznych noży bifacjalnych); Godawa J., Wołoszyn B.W. 1990 (dane dotyczące nietoperzy); Kamieńska J., Kozłowski J.K. 1990 (wzmianki o znaleziskach ceramiki grupy malickiej, ceramiki typu bodrogkeresztúr i ceramiki grupy wyciąsko-złotnickiej, jaskinia traktowana łącznie z Oborzyskiem Wielkim); Kokurewicz T. 1990a (informacja o wzroście populacji Rhinolophus hipposideros); Kokurewicz T. 1990b (wzmianka o występowaniu Myotis emarginatus); Nadachowski A. 1990 (krótka charakterystyka, informacja o występowaniu kości kopalnych gryzoni, wykaz gatunków); Śliwiński W. 1990 (uwagi dotyczące nazewnictwa); Harmata W. 1992 (informacje o przelotach nietoperzy); Klein J. 1992 (analiza mikroklimatu); Madeyska T. 1992 (wymienione środkowopaleolityczne materiały); Partyka J. 1992c (informacje o badaniach Czarnowskiego i Krukowskiego, profil osadów w otworze jaskini,); Partyka J., Parma Ch. 1992 (wzmianka o znaleziskach archeologicznych); Sobczyk K. 1992 (klasyfikacja i systematyzacja prądnika na podstawie metody taksonomii numerycznej); Więckowska H. 1992 (wzmianka o badaniach); Bogdanowski J. 1993 (wzmianka o naturalnych walorach otoczenia jaskini jako miejscu warownym, położenie, krótki opis rejonu przed jaskinią wraz z rekonstrukcją graficzną); Harmata W. 1993 (wzmianka o zwiększeniu liczebności Rhinolophus hipposideros); Górny A. i in. 1994 (antropogeniczne zabarwienie ciemnych lamin w stalagmitach, wyniki datowań radiowęglowych); Gradziński R., Gradziński M. 1994 (wzmianka o kotłach wirowych w stropie, osadach, znaleziskach archeologicznych i szacie naciekowej); Labocha M., Wołoszyn B.W. 1994 (informacje o występowaniu nietoperzy w latach 1988–1992, wykaz gatunków); Pazdur A. i in. 1994 (wyniki datowań metodą 14C holoceńskiego); Godawa J. 1994–1995 (charakterystyka zmian liczebności nietoperzy); Kurek A., Wiśniewski W.W. 1996 (uwagi dotyczące danych morfometrycznych); Węgiel J., Węgiel A. 1996 (informacje o nieznacznym wzroście liczebności Rhinolophus hipposideros); Wołoszyn B.W. 1996 (wymieniona jako jedno z największych w Polsce zimowych stanowisk nietoperzy); Gradziński M. i in. 1997b (położenie, opis, schematyczny plan, lokalizacja na schematycznej mapie, historia poznania, charakterystyka znalezisk archeologicznych); Wiśniewski W. W. 1997h (informacje o uwzględnieniu w rękopiśmiennych opisach parafii sporządzonych w 1783 r., opis przytoczony na podstawie zachowanego regestu, wzmianka o znacznych rozmiarach i formach naciekowych, wzmianka o wykorzystywaniu przez ludność jako schronienie); Davies N. (o zabytkach neolitycznych w Jaskini Ciemnej); Gradziński M. i in. 1998b (antropogeniczne zabarwienie ciemnych lamin w holoceńskich stalagmitach, wniosek o wieloetapowym zasiedlaniu jaskini w holocenie); Jaskanis D. 1998 (wymieniona jako zabytek archeologiczny); Gradziński M. 1999 (wzmianka o występowaniu Mn–Fe ziaren obleczonych); Pazdur A. i in. 1999a (krótka charakterystyka, wzmianka o datowaniu nacieków metodą 14C, informacje o ciemno zabarwionych laminach w naciekach, wyniki datowania); Pazdur A. i in. 1999 (skład izotopowy (C i O) wapieni z otoczenia jaskini); Goc i in. 2000 (wyniki analiz stężenia azotanów w wodach, lokalizacja na schematycznej mapie); Nowak J., Kozakiewicz K. 2000 (podsumowanie występowania nietoperzy w latach 1993–1999); Partyka J. 2000c (frekwencja w latach 1967–1997); Górny A. i in. 2001 (antropogeniczna modyfikacja składu chemicznego wód); Motyka J. i in. 2001 (wzmianka o prowadzeniu badań hydrochemicznych, lokalizacja na schematycznej mapie, wyniki analiz); Nowak J., Kozakiewicz K. 2001 (podsumowanie występowania nietoperzy, wykaz gatunków, zmiany liczebności w latach 1951–2000); Podstawczyńska-Bienias A., Charciarek T. 2001b (wzmianki o warunkach mikroklimatycznych, sezonowe zmiany termiki); Polowy K., Wieczorek M. 2001 (zestawienie wyników zimowych spisów nietoperzy w latach 1989– 2001, wykaz gatunków); Węgiel A. i in. 2001 (krótka charakterystyka, wykaz stwierdzonych gatunków nietoperzy); Wojkowski J. 2001 (dane mikroklimatyczne zestawione na podstawie literatury); Nowak J. i in. 2002 (podstawowe parametry morfometryczne, informacja o występowaniu nietoperzy, wykaz gatunków); Partyka J. 2002 (zestawienie frekwencji w latach 1990–2001); Gradziński M. i in. 2003 (antropogeniczne zabarwienie ciemnych lamin w stalagmitach, wyniki datowań 14C, obserwacje mikroskopowe); Doborzyńska-Głazkowa W., Głazek J. 2004 (informacje o badaniach odbioru fal radiowych prowadzonych przez Doborzyńskiego w 1935 r.); Gradziński M., Szelerewicz M. 2004 (wymieniona w wykazie); Grzywiński W. i in. 2004 (podsumowanie występowania nietoperzy, wykaz gatunków); Kowalski K. 2004 (informacja o uniemożliwieniu przez cenzurę wydania dokumentacji inwentarzowej Jaskini Ciemnej w pierwszym tomie inwentarza Kowalski, K. 1951 z powodu jej potencjalnych walorów militarnych); Osborne R.A. L. 2004 (wzmianka o kotłach wirowych, pogląd o ich termalnej genezie); Woźnica A.J. 2004 (wzmianka o występowaniu muchówek); Klasa A., Palaczyk A. 2005 (informacja o występowaniu muchówek); Partyka J. 2005 (wzmianki o osadnictwie paleolitycznym, zwiedzaniu w XIX w., udostępnieniu dla ruchu turystycznego, frekwencja zwiedzających);Wołoszyn B.W. i in. 2005 (graficzne przedstawienie zmiany liczebności całej populacji nietoperzy i czterech wybranych gatunków); Chochorowska E. 2006 (lokalizacja na schematycznej mapie stanowisk archeologicznych, wykaz zabytków archeologicznych znajdujących się w zbiorach Muzeum Archeologicznego w Krakowie, podane numery inwentarzowe); Dobrzańska H. 2006 (wymienione znaleziska z okresu wpływów rzymskich, wykorzystywanie jaskiń w charakterze refugiów); Grzywiński W. i in. 2006 (informacja o występowaniu nietoperzy, wykaz gatunków); Jurczyszyn M. i Nowosad A. 2006 (informacja o stwierdzeniu nietoperzy w 1984 r., wykaz gatunków); Kowalski S. 2006 (informacje o badaniach Krukowskiego, omówienie wyników badań autora, plan obszaru przedotworowego z zaznaczonym położeniem wykopów badawczych, przekrój osadów); Migal W., Urbanowski M. 2006 (wzmianki o środkowopaleolitcznych „nożach prądnickich” ze śladami przekształcania i reperacji); Piotrowska D. 2006a (liczne informacje o badaniach Krukowskiego w latach 1918 i 1919, kopie listów i dokumentów źródłowych, profile osadów); Woźniak Z. 2006 (wzmianka o znaleziskach z okresu lateńskiego, lokalizacja jaskini na schematycznej); Zastawny A. 2006 (wzmianka o znaleziskach związanych z badeńskim kręgiem kulturowym); Gradziński M. i in. 2007 (opis i plan inwentarzowy, lokalizacja na mapie); Guzik C., Partyka J. 2007 (frekwencja w latach 1992–2006, lokalizacja na schematycznej mapie); Nowak J., Grzywiński W. 2007 (podstawowe parametry morfometryczne, informacja o występowaniu nietoperzy, wykaz gatunków); Kozłowski S.K. 2007 (informacje o badaniach Krukowskiego w 1918 i 1919 r., schematyczny profil osadów); Szynkiewicz A. 2007 (wyniki profilowania georadarowego w głównej sali jaskini); Wojtal P. 2007 (historia badań archeologicznych, schematyczny plan z lokalizacją wkopów, opis osadów, krótka charakterystyka znalezisk archeologicznych, charakterystyka szczątków kopalnych dużych ssaków, wymienione taksony, informacja o dużej liczbie spalonych kości, analiza zachowanych śladów uszkodzeń kości); Zinko J. i in. 2007 (zestawienie frekwencji w latach 1993–2006); Gradziński M. i in. 2008 (wzmianki dotyczące rozmiarów, kotłów stropowych, genezy, osadów klastycznych i nacieków, datowania nacieków, znalezisk paleontologicznych i paleobotanicznych, wieku jaskini i osadów, chemizmu wód perkolacyjnych, schematyczny plan, lokalizacja na mapie); Kozakiewicz K., Wołoszyn B.W. 2008 (informacja o występowaniu nietoperzy, wykorzystywaniu jaskini w okresie aktywności godowej oraz jako schronienie dla kolonii przejściowej samic, zmiany liczebności nietoperzy w latach 1951–2007); Palaczyk A. 2008 (wzmianka o stwierdzeniu muchówek); Partyka J., Klasa A. 2008 (wymieniona, wzmianka o udostępnieniu w początku lat 90. XX w.); Rozwałka R. 2008 (informacja o liczebności Porrhomma egeria); Partyka J. 2009a (położenie, krótki opis, schematyczny plan, fotografie); Partyka J. 2009c (wzmianka o zwiedzaniu od końca XVIII w.); Woźnica A.J., Klasa A. 2009 (lokalizacja na schematycznej mapie, informacja o występowaniu muchówek, wymienione gatunki); Czerwik-Marcinkowska J., Mrozińska T. 2010 (analiza zespołu sinic i glonów, wykaz gatunków); Witkowska B. 2010 (wątpliwości dotyczące poprawności diagnozy ceramiki kultury ceramiki sznurowej); Czerwik-Marcinkowska J., Mrozińska T. 2011 (analiza zespołu epifitycznych sinic i glonów, dane morfometryczne jaskini, schematyczny plan z zaznaczonymi miejscami opróbowania, wymienione gatunki); Dymowski A. 2011a (wymienione znalezisko denara Marka Aureliusza); Gradziński M. i in. 2011b (położenie, opis, plan, lokalizacja na schematycznej mapie, historia poznania, chemizm wód perkolacyjnych, geneza i wiek, znaczenie archeologiczne, fauna kopalna); Nowak J. 2012 (informacja o występowaniu Bufo bufo); Nowak J., Grzywiński W. 2012 (podstawowe parametry morfometryczne, informacja o występowaniu nietoperzy, wykaz gatunków); Wojenka M. 2012 (wzmianka o badaniach Zawiszy, Krukowskiego, S. Kowalskiego i trwających obecnie, znalezieniu fragmentów późnośredniowiecznej ceramiki, średniowiecznej ostrogi żelaznej, charakterystyka metalowych okuć); Czerwik-Marcinkowska J. 2013 (analiza zespołu sinic i glonów, wykaz gatunków, dane morfometryczne, fot. skupień sinic, glonów, wątrobowców i mchów); Karczewski J., Ostrowski T. 2013 (wyniki badań osadów głównej sali metodą GPR, schematyczny plan z naniesioną linią pomiarową); Lorenc M. 2013 (wyniki datowań 14C kości Ursus spelaeus); Wojkowski J. 2013 (wzmianki o badaniach mikroklimatycznych); Żarski M. i in. 2013 (lokalizacja na mapie geologicznej w skali 1:25 000, krótki opis, opis osadów i znalezisk paleontologicznych i archeologicznych, schematyczny plan, profil osadów); Ginter B. i in. 2014 (informacja o badaniach archeologicznych prowadzonych w głównej sali w 2014 r., plan i przekrój jaskini, Ogrojca i Oborzyska Wielkiego z położeniem wykopów badawczych, fot. znalezisk holoceńskich, informacje o neolitycznym pochówku dziecka, krótka charakterystyka najciekawszych znalezisk); Liwoch R. 2014 (informacja o znalezieniu przęślika z łupka owruckiego); Valde-Nowak P. i in. 2014 (wyniki interdyscyplinarnych badań prowadzonych w głównej sali, historia badań, plan jaskini i Ogrojca z położeniem wykopów badawczych, opis i ilustracja profili, korelacja profili, wyniki datowań radiowęglowych, zestawienie taksonów kopalnych dużych ssaków, charakterystyka znalezisk archeologicznych, wniosek o wieloetapowym zasiedlaniu jaskini od schyłku przedostatniego zlodowacenia (MIS 6), główny horyzont mikocki datowany na MIS 3); Czerwik-Marcinkowska J. i in. 2015a (wyniki ekologicznej analizy zespołu epifitycznych glonów, położenie i dane morfometryczne, schematyczny plan, wymienione gatunki); Czerwik-Marcinkowska J. i in. 2015b (zróżnicowanie morfologiczne i cytologiczne, i ekologia i strategia życiowa zielenicy Murtiella decolor); Grzywiński W. i in. 2015 (krótka charakterystyka, zmiany liczebności Myotis myotis i Rhinolophus hipposideros w latach 1951–2015, informacja o występowaniu innych gatunków nietoperzy); Nadachowski A. i in. 2015a (historia badań, stratygrafia osadów, korelacja profili z różnych partii jaskini i obszaru przedjaskiniowego, wykaz taksonów kopalnej fauny); Partyka J. i in. 2015 (wzmianka o prowadzeniu monitoringu nietoperzy, liczebność nietoperzy w latach 1995–2014); Stefaniak K. 2015 (krótki opis, historia badań, lokalizacja na mapie, wymienione taksony kopalnych kopytnych); Wojtal P. i in. 2015 (daty 14C z kości Ursus spelaeus); Valde-Nowak P. 2015 (informacje o inwentarzu zabytków datowanych na MIS 6, dwóch mikockich zespołach kulturowych (MIS 4) w komorze głównej, i poziomie kulturowym interpretowanym jako taubachien i odnoszonym do MIS 5a oraz o znaleziskach datowanych na MIS 3, wzmianka o koncepcjach „cyklu prądnickiego”); Krajcarz M.T. i in. 2016 (wzmianka o osadach lessowych w formie soczewek w głównej sali, wymienione gatunki kopalnych ssaków); Nadachowski A. 2016 (wzmianka o znalezieniu szczątków ssaków); Partyka J. 2016b (wzmianka o zamieszkiwaniu przez człowieka w paleolicie); Polok M. 2016 (wzmianka o badaniach mikroklimatycznych Demela); Rydzewski J. 2016 (wzmianka znaleziskach kultury łużyckiej i z czasów rzymskich); Stefaniak K., Ratajczak U. 2016 (wzmianka o znaleziskach paleozoologicznych); Śliwiński W. 2016 (uwagi dotyczące nazewnictwa); Valde-Nowak P. i in. 2016a,b (wyniki interdyscyplinarnych badań prowadzonych w głównej sali w kontekście badań wcześniejszych, korelacja profili, wyniki datowań radiowęglowych, charakterystyka znalezisk archeologicznych, wniosek o epizodycznym zasiedlaniu wnętrza jaskini przez neandertalczyków a czasowym użytkowaniu przez niedźwiedzie jaskiniowe); Alex B. i in. 2017 (charakterystyka osadów, znalezisk paleolitycznych i paleozoologicznych, lokalizacja na przeglądowej mapie, profil osadów z komory głównej, wykaz dat 14C); Nowak J., Grzywiński W. 2017 (podstawowe parametry morfometryczne, informacja o występowaniu nietoperzy, wykaz gatunków); Partyka J. 2017 (informacja o udostępnieniu dla zwiedzających, frekwencja w latach 1995–2016); Tyc A. i in. 2017 (wzmianka o badaniach mikroklimatycznych); Wojenka M. 2017 (lokalizacja na schematycznej mapie, wzmianki o znaleziskach średniowiecznych); Jędrysik J. 2018 (wymieniona w wykazie stanowisk późnej epoki brązu i wczesnej epoki żelaza, lokalizacja na schematycznej mapie); Tsonev T. 2018 (analiza narzędzi krzemiennych); Valde-Nowak P. i in. 2018 (analiza szkieletu dziecka z czasu kultury badeńskiej, lokalizacja szkieletu na planie jaskini, wyniki datowania 14C, fot.); Wojenka M. 2018a (wzmianka o prawdopodobnym biciu fałszywych monet w XVII w.); Wojenka M. 2018b (lokalizacja na schematycznej mapie, wzmianka o badaniach Zawiszy, Krukowskiego i trwających obecnie, informacja o przekopywaniu namuliska w czasach nowożytnych i zmieszaniu znalezisk neolitycznych, pochodzących z czasów rzymskich, średniowiecza i młodszych, informacja o znaleziskach średniowiecznych, hipoteza o refugialnym charakterze wykorzystania w średniowieczu); Willlman J.C. i in. 2019 (analiza zęba neandertalczyka znalezionego w warstwie 3 zawierającej artefakty mikockie, datowanej na >56 tys. lat zawierającej artefakty mikockie, plan, profil, stratygrafia osadów, zestawienie współtowarzyszących szczątków fauny); Gradziński M. i in. 2020 (monograficzny opis, plan, pełna bibliografia, lokalizacja na mapie); Madyda-Legutko R., Wojenka M. 2020 (analiza ornamentowanego okucia pasa z V w., schematyczny plan jaskini z zaznaczonym położeniem wykopów archeologicznych); Partyka J. 2020 (legendy związane z jaskinią).

Morawski W. 1966 (analiza morfometryczna i statystyczna krzemiennych narzędzi z wykopalisk Krukowskiego plan jaskini, schematyczny profil osadów); Skowronek S. 1966 (informacja o znalezieniu monety rzymskiej); Chmielewski W. 1967 (wzmianka o badaniach Krukowskiego i znaleziskach z okresu zlodowacenia środkowopolskiego i kultury mikocko-prądnickiej); Ficek G. 1979 (własności hydrochemiczne wód infiltracji pionowej).