Od wywierzyska potoku Będkówka idziemy w górę doliny, po przejściu około 750 m po prawej stronie znajduje się duża grupa skalna - masyw Wielkiej Skały, 300 m dalej z prawej strony mijamy grupę skałek z dużym otworem Jaskini Łabajowej. Idąc dalej dnem doliny przechodzimy około 300 m mijając z prawej strony zalesione zbocze Dupnej Góry i dochodzimy do kolejnego zalesionego wzgórza z kilkoma grupami skalnymi Tomaszówek Dolnych. W trzeciej grupie skałek, w najwyższej z nich znajdują się otwory Jaskini na Tomaszówkach Dolnych. Jaskinia trudna w zwiedzaniu, w 9 metrowej studni przy zejściu pomocna jest lina, niezwykle trudne do pokonania są dwa zaciski (Z III) w dolnym ciągu jaskini.

Sześć otworów jaskini znajduje się w najwyższej skałce, najwyższy, stanowiący otwór studni, w pobliżu jej wierzchołka, 3 otwory z ekspozycją ku NE (w tym otwór główny), jeden ku SE i jeden otworów wysokiej szczelinie wyprowadza na zachodnie zbocze. Otwór główny (I) ma szerokość 2,5 i wysokość 1 m za nim znajduje się niewielka salka, z której ku SW biegnie wysoki korytarz na otwartej ku górze szczelinie, który wyprowadza na zbocze w otworze VI, a w głąb skały na SE ciągnie się korytarz rozdwajający się po 2 m. Jedna odnoga prowadzi w kierunku otworów II-V a druga, biegnąca na S, prowadzi do komory z dwoma oknami skalnymi znajdującymi się jedno nad drugim. Dalej znajduje sie następna komora z oknem skalnym w SE ścianie na wysokości 2 m od jej dna. Za oknem krótki, metrowy korytarz urywa się 9 metrową studnią. Z jej dna krótki szczelinowy korytarz odchodzi ku SW znajduje się w nim ku SSE pionowa, ciasna szczelina (Z III), pod nią stroma, skalna pochylnia sprowadza na dno niskiego korytarz ciągnącego się 3 m ku NE i meandrując ku W (Z I), za którym po 2 m wprowadza do salki z oknem w zachodniej ścianie na wysokości 0,5 m. Za tym oknem ciasna (Z III), metrowej długości szczelina wyprowadza w kolejnej salce znajdującej się w najniższym punkcie jaskini. Z salki ku NE biegnie 2,5 metrowy korytarz z poprzeczną szczeliną, zakończoną salką z kominem zablokowanym gruzem ze szczątkami kostnymi w stropie. W najniższych partiach poniżej studni występuje bogata, mocno zniszczona szata naciekowa.

Jaskinia powstała w wapieniach skalistych górnej jury (oksford). W jaskini występują liczne formy erozyjne powstałe w warunkach freatycznych, są to kotły wirowe w stropie i na ścianach, korytarze w formie rur krasowych, drobne koliste kanały i liczne wżery.

W jaskini występuje bogata szata naciekowa, w komorach z oknami na ścianach i stropie znajduje się duże nagromadzenie nacieków z plastycznego i skonsolidowanego mleka wapiennego. W korytarzach i salkach znajdujących się pod zaciskiem Z III na dnie studni występuje bogata szata naciekowa w postaci polew z żebrami naciekowymi, stalaktytów i niewielkich stalagmitów. Na dnie znajdują się misy naciekowe o barierach wysokości kilku cm, w nich znajdowały się liczne pizolity, osiągające 7 cm średnicy, które poza misami występowały również w korytarzyku biegnącym na ku NE na dnie pod pierwszym zaciskiem Z III. W niewielkim jeziorku na dnie meandrującego korytarza na stalagmitach na poziomie wody znajdują się kalcytowe kołnierze.

W salce końcowej i korytarzu od niej odchodzącym na powierzchni namuliska i w jego osadach znajduje się duża ilość nacieków. Część nacieków została zniszczona przez zwiedzających jaskinię. Osady namuliska w jaskini są dosyć bogate, w znacznej mierze nienaruszone, tworzy je głównie ilasty, brązowy osad z gruzem wapiennym i w głębszych partiach jaskini - odłamkami nacieków.

Jaskinia jest wilgotna, występują w niej niewielkie jeziorka w misach martwicowych. Pomiędzy otworami panuje silny przewiew.

Wewnątrz zaobserwowano pajęczaki, głównie pająki Meta menardi, muchówki, komary i motyle szczerbówkę ksieni Scoliopteryx libatrix i paśnika jaskińca Triphosa dubitata. W jaskini hibernują nietoperze Rhinolophus hipposideros, Myotis mystacinus/brandtii, Plecotus auritus, Barbastella barbastellus, Rhinolophus ferrumequinum i  Myotis myotis.

Nacieki były badane przez Pazdura i in. (1999). Faunę pajęczaków badała Sanocka-Wołoszynowa (1981), a bytowanie w jaskini nietoperzy - liczni autorzy w latach 1994-2008.
 Na dnie jaskini prowadzono kilkakrotnie prace eksploracyjne (KKTJ i JKJ), w grudniu 1992 roku z komina w szczelinie na dnie, wydobyto kilka czaszek niedźwiedzia jaskiniowego i kość mamuta (okaz znajduje się na stałej wystawie w Muzeum Geologicznym AGH).

Jaskinia znana była od dawna, po raz pierwszy wymienia ją Danysz-Fleszarowa (1933). Wiosną 1967 roku A, Górny i M. Czepiel połączyli jaskinię ze schroniskiem nr 159 (wg Kowalskiego 1951), 12 marca 1967 roku A. Górny poznaje studnię 9 metrową i po pokonaniu zacisku ZIII na jej dnie odkrywa dolne partie.

Udokumentował ją Kowalski (1951). Aktualną dokumentację sporządził A. Górny (12.11.2009 r.).
Plan zestawił M. Szelerewicz na podstawie planów D. Bartoszewskiego 1998, M. Napierały 1976 i M. Szelerewicza 1971

Danysz-Fleszarowa R. 1933 (w spisie jaskiń krajowych, poz. 278 [kilka jaskiń w skałach Tomaszówki]); Ciętak Z. 1935 (w spisie jaskiń południowej części Wyżyny Małopolskiej poz. 22, na mapie rozmieszczenia jaskiń); Kowalski K. 1951 (opis inwentarzowy poz. 159, „Schronisko na Tomaszówkach Dolnych III” i 156, „Jaskinia na Tomaszówkach Dolnych” [14, 15.IV.1946 r.], plany); Górny A. 1970b (opis nowych partii jaskini); Szelerewicz M. 1971b (plan); Górny A. 1972b (opis nowych partii 2 fot. nacieków); Czepiel M. 1980 (dane morfometryczne, opis jaskini, opis dojścia, plan wg M. Napierały [1978] i M. Szelerewicza [1968]); Sanocka-Wołoszynowa E. 1981 (wymienia z jaskini jeden gatunek kosarzy i 13 pająków); Szelerewicz M., Górny A. 1986 (opis inwentarzowy poz. 14 (II.F.44), plan wg M. Napierały [1976]); Wołoszyn B.W. 1989 (kopalne szczątki podkowca małego Rhinolophus hipposideros); Labocha M, Wołoszyn B.W. 1994 (nocek wąsatek/Brandtta Myotis mystacinus/brandtii w jaskini); Pazdur A. i in. 1999 (11 próbek w wykazie datowanych nacieków); Goc P. i in. 2000 (w tabeli stężenia azotanów w jaskiniach południowej części Wyżyny Krakowskiej); Nowak J., Kozakiewicz K. 2000 (podkowiec mały Rhinolophus hipposideros, nocek wąsatek/Brandtta Myotis mystacinus/brandtii i gacek brunatny Plecotus auritus hibernujace w jaskini; Nowak J. i 9n. 2002 (gacek brunatny Plecotus auritus i mopek Barbastella barbastellus hibernujące w jaskini; Postawa T. 2004 (badania tanatocenozy m.in. z jaskini); Kohyt J., Postawa T. 2007 (odłowienie podkowca dużego Rhinolophus ferrumequinum poza okresem hibernacyjnym w otworze Jaskini na Tomaszówkach Dolnych (25.05.2007 r.); Kozakiewicz K., Wołoszyn B.W. 2008 (nocek łydkowłosy w otworze Na Tomaszówkach Dolnych, gatunki nietoperzy hibernujące w latach 1991-2007 w jaskiniach Wyżyny Krakowskiej - Na Tomaszówkach Dolnych w tabeli); Nowak J., Grzywiński W. 2007 (podkowiec mały Rhinolophus hipposideros, nocek orzęsiony Myotis emarginatus, nocek wąsatek/Brandta Myotis mystacinus/brandtii); Jaskinie Wyżyny Olkuskiej 2010 (plan i opis inwentarzowy).