Do jaskini schodzimy krętymi schodami (135 stopni), które znajdują się w XIX wiecznej wieżyczce i sprowadzają do położonej 21 m niżej jaskini. Od podstawy schodów obmurowany początkowo korytarz doprowadza do właściwej jaskini. W tym miejscu dno korytarza usytuowane jest na wysokości 201 m n.p.m., ok. 2 m nad średnim poziomem wody w Wiśle. Przy wysokich stanach wody w Wiśle pojawiają się tutaj okresowe jeziorka. Jaskinia kontynuuje się dalej na odcinku ok. 70 m w kierunku południowo‑wschodnim i południowym, przez 3 obszerne komory, wychodząc na powierzchnię w naturalnym otworze. Jest on obmurowany ceglanym murem, zamknięty bramą i kratą. Pierwsza, położona na północnym krańcu jaskini komora Alojzego Altha, ma długość 10 m i szerokość do 5,8 m. Jej wysokość w części środkowej dochodzi do 3,2 m. W stropie znajdują się kotły wirowe, niektóre połączone ze sobą i zwężające się ku górze; osiągają one maksymalną wysokość 8 m. Ściany są tutaj silnie skrasowiałe z licznymi wżerami, drobnymi kanałami i mniejszymi kotłami wirowymi.

Przejście do trzeciej Komory Adolfa Szyszko‑Bohusza obmurowane jest cegłą, a na ścianie umieszczony został pamiątkowy napis: „Zabezpieczenie Smoczej Jamy umożliwiające jej zwiedzanie wykonali w latach 1970‑1976 górnicy z Przedsiębiorstwa Robót Górniczych w Bytomiu pod nadzorem naukowym pracowników Akademii Górniczo‑Hutniczej w Krakowie”. Sala ma 11 m długości, szerokość jej dochodzi do 5,8 m, a wysokość do 4 m. W środku 2 masywne ceglane filary (wewnątrz zapewne naturalne ‑ wapienne). W ścianie zachodniej wylot szybu (z 1851 r.) dawnej klatki schodowej prowadzącej do obecnie niedostępnego, zamurowanego wyjścia z jaskini. W południowo wschodnim krańcu tej komory, na poziomie 1 m nad dnem, znajduje się ciasne wejście do Korytarza pod Smokiem, który prowadzi w kierunku południowym. Z Komory Szyszko‑Bohusza na zewnątrz prowadzi 5 m długości korytarz o wapiennym stropie i obmurowanych cegłą ścianach bocznych. Zamyka go od zewnątrz neogotycki portal z 1843 r. z drewnianymi drzwiami. Przed otworem wykonano schodki, które wyprowadzają na bulwary poniżej murów obronnych.

Wejście do niego znajduje się we wschodniej ścianie komory Grabowskiego i zostało zamknięte kratą, umieszczoną w 3-metrowym tunelu przebitym w 1974 r. podczas prac konserwatorskich. Tunel o wymiarach 1x1 m doprowadza do salki (6x4 m, do 2 m wysokości) o częściowo skalnym dnie. W jej środkowej części, pod metrowym progiem skalnym znajduje się wejście do stromo opadającego w dół, w kierunku zachodnim ciasnego, kilkumetrowego korytarza zamkniętego gliniastym osadem.

Z salki w kierunku północno‑wschodnim odchodzi 4 m długości rura skalna. W jej środkowej części, w dnie znajduje się 2,5 m studzienka, nad którą położona jest belka ułatwiająca przejście. Na końcu strop podnosi się, a w dnie opada 3 m próg skalny, trudny do przejścia, ze względu na warstwę błota pokrywającego ściany. Poniżej na dnie, kolejny 1,2 m próg, Za nim korytarz opada, aż do jeziorka. Głębokość stojącej tu wody wynosi ok. 30 cm. Prześwit pomiędzy wodą a stropem dochodzi do ok. 20 cm. W tym miejscu zakończono eksplorację po przebiciu tunelu. Przed jeziorkiem, 2 m nad dnem, pod stropem korytarza znajduje się ciasna rura skalna. Pierwotnie całkowicie wypełniał ją gliniasty osad, jego usunięcie (1983 r.) pozwoliło na obejście jeziorka i odkrycie dalszych korytarzy jaskini.

Za przełazem ciągnie się korytarz o kolistym przekroju, 8-metrowej długości; jego dno pokrywa gruba warstwa gliniastego osadu. W połowie jego długości, na dnie, znajduje się koliste zagłębienie (dawny kocioł). Korytarz skręca na wschód, zamyka go kolejna przegroda z dwoma przełazami na poziomie dna i na wysokości 2 m, które doprowadzają do salki o wymiarach 2x3 m i kopulastym stropie. Na nim w niszach niewielkie stalaktyty do 4 cm długości ‑ jedyne nacieki w tej części jaskini. Całość tego ciągu bywa okresowo zalewana wodą, jedynie w stropie kotłów pozostają „bąble” powietrza; świadczą o tym czyste, jasne ściany nie pokryte ilastym osadem.

Za salką z naciekami dalsza droga prowadzi przez dwa ciasne przełazy, nazwane od ich odkrywców Zaciskami Andrzejów. Dolny przy dnie bardzo ciasny (ZII), górny położony 1,5 m wyżej to ciasna, kręta rura długości 2 m. Możliwa jest ona do przejścia poprzez spiralne obracanie się dookoła własnej osi (zacisk ZI).

Za zaciskami znajduje się Wysoki Korytarz długości 5 m i wysokości do 10 m o dnie początkowo poziomym, dalej opadającym w dół, aż do jeziorka. Jest to największy w tej jaskini zbiornik wody, o głębokości do 0,5 m i grząskim, gliniastym osadzie na dnie. Jeziorko należy ominąć trawersem do okna położonego 1,5 m nad wodą. Za oknem znajduje się zejście na dno wysokiej Komory Pod Wielkim Progiem. Tutaj kończy się ciąg jaskini rozwinięty na poziomie zbliżonym do poziomu wody w Wiśle.

Za komorą o wymiarach 5x4 m znajduje się obszerny komin mający prawie 6 m wysokości. Łatwą wspinaczką pokonujemy próg do ujścia korytarza biegnącego w dół w kierunku północno‑zachodnim. W jego dnie znajdowały się ciasne studnie o głębokości 4 m. Doprowadzały one do ciasnego korytarza z jeziorkiem na dnie. Zostały one zasypane podczas prac eksploracyjnych w 1983 r. Koniec korytarza przechodzi w Salę Krzemienną o wymiarach 6x5 m. Na jej ścianach widoczne są wypreparowanie przez wodę buły krzemienne i stąd jej nazwa; dno pokrywa gruzowisko skalne.

Z końca salki, w kierunku północno‑wschodnim, biegnie niski korytarz, pierwotnie w całości wypełniony osadami, które usunięte zostały podczas eksploracji w 1983 roku. Korytarz po 3 metrach skręca na północ, przechodząc w ciasne rury, które po dalszych trzech metrach doprowadzają do kolejnego rozszerzenia nazwanego Salą Koronacyjną. Ma ona wymiary 4x6 m, a wysokość sięga 2,5 m. W stropie komory znajduje się kocioł wirowy, w którym widoczne są tzw. listwy ascenzyjne, tj. ukośne półki utworzone przez wstępujący strumień wody. Dalej korytarz prowadzi w kierunku północnym. Jest niski i ciasny, biegnie w górę na odcinku 6 m, gdzie zmienia kierunek na północno‑zachodni. Dalej na odcinku 5 m dno jest zagruzowane blokami odpadłymi od stropu, a ściany są spękane (przyczyną jest nacisk znajdujących się nad jaskinią budynków). Korytarz jest ciasny (ZI) i doprowadza do niskiego, silnie zamulonego kanału skalnego o długości ok. 15 m, którego końcowe 5 m nie jest aktualnie dostępne, zasypane zostało materiałem usuniętym z prawego, północnego odgałęzienia eksplorowanego w marcu 1996 r. Odgałęzienie to o długości 10 m jest aktualnie najdalej wysuniętym miejscem w głębi Wzgórza Wawelskiego. Dalsza eksploracja jest tu praktycznie niemożliwa ze względu na brak miejsca na składowanie wydobytego materiału.

Jest to odgałęzienie, które prowadzi w kierunku południowym z Komory Szyszko‑Bohusza. Został on częściowo poznany w połowie 1983 r., kontynuację odkryto w 1995 r. Wejście do niego znajduje się w ścianie komory na wysokości 1 m nad jej dnem. Za nim ciągnie się 10 metrowy niski tunel o kolistym przekroju. Doprowadza do salki o wymiarach 3x3 m i wysokości do 1,5 m. Dno korytarza i salki pokrywa gruz wapienny zmieszany z tłustą, rdzawą gliną. Z salki przez niski przełaz i biegnący stromo w dół korytarzyk z niewielkim progiem, dochodzimy do 7 metrowego niskiego korytarza o częściowo skalnym dnie. Na końcu znajduje się niska salka o wymiarach 4x3 m. Dno jej pokrywa ostrokrawędzisty gruz wapiennym z gliną. Z salki w kilku kierunkach odchodzą ciasne korytarzyki zamulone i zagruzowane. Jeden z nich przechodzi w zablokowany gruzem kominek, w drugim znajdują się korzenie drzew. Na powierzchni zalegają kości drobnych kręgowców, skorupki jaj i strzępy folii aluminiowej. Istnieją tu możliwości dalszej eksploracji. W tej części korytarzy wyczuwalny jest przewiew powietrza.

Jaskinia utworzyła się w wapieniu skalistym górnej jury (oksford). W jej wnętrzu występują liczne formy korozyjne, świadczące o powstaniu w warunkach freatycznych. W jaskini zaznacza się duża ilość dobrze rozwiniętych stropowych kotłów wirowych, a korytarze mają nieregularny przebieg. Na ścianach liczne wżery, drobne kanały, miejscami „gąbczastość krasowa”. Cały dolny ciąg jaskini to szereg niewielkich salek, o znacznej, kilkumetrowej wysokości, poprzedzielanych cienkimi (czasem kilkunastocentymetrowej grubości) przegrodami skalnymi, przeważnie ze szczelinami w dnie, wypełnionymi wodą. Na ścianach kotłów widoczne są poziome i ukośne żebra skalne. Formy te świadczą o cyrkulacji wody w warunkach konwekcyjnych (Gradziński et al 1996) Namuliska w jaskini, a szczególnie w bocznej części, to drobnoklastyczne (ilaste) osady nie zawierające szczątków fauny, powstałe w warunkach freatycznych. Osady pokrywające ściany i strop w najszerszej części jaskini są często różnobarwne (czerwone, żółte, rdzawe). Nacieki w jaskini występują jedynie w Komorze Grabowskiego, na jej zachodniej ścianie, w formie cienkich polew z drobnokrystalicznego kalcytu, oraz polew i niewielkich stalaktytów w korytarzu za filarem w Komorze Grabowskiego. Kilka stalaktytów znajduje się na stropie kotła przy Zacisku Andrzejów. Nacieki z tej jaskini były datowane w Instytucie Nauk Geologicznych Akademii Nauk Białorusi w Mińsku, a ich wiek określono na 1700±70 BP. Okazy datowane znajdują się w Muzeum Geologicznym AGH w Krakowie (Molenda et al. 2000).

Wewnątrz jaskini wilgotność sięga 100%. Wyczuwalny jest ciągły przewiew powietrza. Silny przewiew występuje w części znanej od dawna, na trasie turystycznej. Temperatura powietrza w głębi bocznych ciągów sięga 11ºC, podobna jest temperatura wody w jeziorkach. Skład chemiczny wody jest odmienny od składu chemicznego wody z Wisły, co świadczy o jej innym pochodzeniu. Wysokie stężenie chlorków wydaje się być związane z ascenzją wód głębszego podłoża, duże zaś stężenie azotanów związane jest z antropopresją (wielowiekowe zamieszkiwanie przez człowieka Wzgórza Wawelskiego). Jedynie przy bardzo wysokich stanach Wisły (np. powódź w roku 1997) wody rzeki przenikają w głąb masywu zalewając niżej położone korytarze.