Jaskinia położona jest w zachodniej części Skałek Twardowskiego. Od przystanku MPK przy ulicy Tynieckiej (w pobliżu wejścia do jednostki WP) kierujemy się w stronę wejścia do jednostki i dalej ścieżką wzdłuż betonowego ogrodzenia, aż do obszernego otworu jaskini położonego u podnóża niewielkiej ścianki skalnej. W odległości 10 m w kierunku zachodnim (w lewo) w skalistym zboczu porośniętym trawą znajduje się, niewielki, drugi otwór jaskini(obecnie zasypany). Zwiedzanie uciążliwe niektóre korytarze bardzo ciasne (zaciski Z I i Z II), błotniste, w kominku pod Salą Główną zablokowane, grożące oberwaniem się głazy.

W prawo, w kierunku zalanego kamieniołomu, odchodzi system kanałów freatycznych o owalnym przekroju do 1 m szerokości, bez widocznego założenia litologicznego i tektonicznego. Utworzone one są w wapieniu uławiconym, kredowatym, z dużą ilością gąbek, jeżowców i ramienionogów, miejscami wypreparowanych w ścianach. Dno tych korytarzy wypełniają osady piaszczyste. Najdłuższy z nich, Piaskowa Rura, opadający stromo w kierunku wschodnim, ma długość 35 metrów, jego końcowy fragment znajduje się 12,7 m poniżej otworu jaskini. W tym miejscu cały przekrój korytarza zapełniony jest piaszczystym osadem z tkwiącymi w nim otoczakami wapiennymi. W połowie korytarza znajduje się Salka z Tabliczką o długości 6 m, z kominem o ścianach pokrytych cienką polewą naciekową. W salce na ścianie znajduje się wyryty napis ‑ tablica z 1912 roku o treści: „Grotę z przyległościami powiększono i uporządkowano St. B. i M. T. 15/1‑5/4 1914.” W 1993 r., podczas eksploracji najniższej części korytarza, do salki wsypano duże ilości piasku zmieniając jej rozmiary i zasypując połączenie z korytarzami znajdującymi się na północ od salki. Wejść do nich można z NE końca sali schodząc niskim, stromym, szerokim początkowo na 4 m korytarzem, o dnie częściowo skalnym, utworzonym na anastomatycznym rozmyciu międzyławicowym. Z korytarza tego odchodzi w kierunku NW ciasny, niski korytarz łączący się z innym, odchodzącym z końca sali w kierunku NE. Korytarzyk ten jak i sala przebiegają w osi antykliny lub nieciągłości na brzegu biohermy. Wszystkie korytarze rozwinięte po wschodniej stronie sali mają ogładzone ściany.

Partie dla Koneserów to system bardzo ciasnych, niskich korytarzy o długości ok. 50 m o generalnym przebiegu NW‑SE. Są to rury w anastomotycznie rozmytych szczelinach międzyławicowych, które były w znacznej mierze wypełnione ilastym, czerwono‑brunatnym, osadem z krzemieniami i skrasowiałymi bloczkami wapiennymi. Aktualnie korytarze w znacznej mierze są pozbawione namuliska usuniętego podczas prac eksploracyjnych, które prowadzono kierując się przewiewem powietrza. Końcowy fragment partii jest położony ok. 6 m poniżej korytarzy w Jaskini Niskiej, z którą jest niewątpliwie połączony.

W jaskini występują różnorodne formy naciekowe. Dość liczne są stalaktyty i kolumny, widoczne lecz często niedostępne, w poziomych, anastomotycznych rozmyciach. Występują również charakterystyczne dla jaskini niskie stalagmity z rozległymi polewami okołostalagmitowymi. Ściany miejscami pokrywają polewy o grubości do kilku centymetrów, żebra i zasłony. W kominkach łączących dolne piętro jaskini z Salą Główną występują oryginalne, półprzeźroczyste grzybki naciekowe z krystalizującego kalcytu. Część nacieków jest biała, często brunatnie zabrudzona gliniastym osadem, wszystkie są zbudowane z drobnokrystalicznego kalcytu. Duże stalagmity datowane w laboratorium C‑14 Politechniki Śląskiej mają wiek od 8500 do 810 lat BP. Datowane okazy znajdują się w Muzeum Geologicznym AGH w Krakowie. Niektóre z nacieków przyrastają w dalszym ciągu (np. w korytarzu odchodzącym z końca sali w kierunku NE); są to białe, kilkunastocentymetrowej długości makarony z kroplami wody.

Namulisko w jaskini jest różnorodne. W Sali Głównej zostało częściowo przekopane podczas badań archeologicznych (Gruszecki, 1878), nie stwierdzono jednak występowania warstw antropogenicznych. Na powierzchni jest humusowe (kilkanaście centymetrów), a w głębi gliniaste z gruzem wapiennym. W części NE dno wypełniają piaski równoziarniste białe lub rdzawe ‑ ilaste, z otoczakami wapiennymi. W części SW wszystkie korytarze wypełniają osady rdzawo‑gliniaste, zmieszane z otoczakami wapiennymi, autochtonicznymi krzemieniami, większymi blokami wapiennymi i gruzem na powierzchni.

Jaskinia ma mikroklimat dynamiczny, występują w niej silne przewiewy, zależne od temperatury na zewnątrz. Powietrze w otworze porusza się często dwukierunkowo - pod stropem zimą wypływa ciepłe powietrze, dołem wpływa zimne, co sprzyja powstawaniu nacieków lodowych. Część opadająca ku Wiśle charakteryzuje się silnymi przewiewami, natomiast część opadająca na wschód jest słabo przewiewna.

W pobliżu głównego otworu, na ścianach pod okapem obserwowano niewielkie skupienia glonów i porostów oraz pojedyncze osobniki paproci ‑ zanokcicy murowej Asplenium ruta‑muraria. Dno w rejonie otworu, w miejscach mniej zdeptanych, porastają m.in.: Artemisia vulgaris, Cardaminopsis arenosa, Stellaria media, Urtica dioica oraz płone osobniki traw. W Sali Głównej na ścianach stwierdzono występowanie galaretowatych utworów zawierających sinice Dinococcales (Pyrrophyta) (Starmach 1963).

W partiach przyotworowych, obserwowano muchówki i komary. Stwierdzono występowanie pajęczaków: Tegenaria silvestris, Porrhomma convexum, Nesticus cellulanus (Sanocka‑Wołoszynowa, 1981). W jaskini obserwowano podkowca małego Rhinolophus hipposideros i nocka dużego Myotis myotis (Harmata 1992, Nowak, Kozakiewicz 2001). W korytarzu pomiędzy otworami gnieździły się lisy; pozostały po nich liczne szczątki kostne, pochodzące z przyniesionej zdobyczy.

W okolicy otworów na ścianach widoczne są ślady po pionowych otworach strzałowych. Zniszczeniu uległa część korytarza pomiędzy otworami, miało to prawdopodobnie miejsce podczas prowadzonych prac fortyfikacyjnych w okresie I i II wojny światowej.

Pierwsze badania w jaskini przeprowadził Sołtan w 1876 roku, który fragmentarycznie rozkopał namulisko, badania nie przyniosły pozytywnych wyników. W Sali Głównej namulisko zostało częściowo przekopane podczas badań archeologicznych (Gruszecki, 1878), nie stwierdzono jednak występowania warstw antropogenicznych.
Od kwietnia 1997 r. prowadzone są przez Jacka Motykę z Zakładu Hydrogeologii i Ochrony Wód AGH prace badawcze nad chemizmem wód z wykropleń w jaskiniach Zrębu Zakrzówka. Zespół grotołazów kierowany przez Andrzeja Górnego z Muzeum Geologicznego AGH systematycznie (co tydzień) pobiera próbki wody i wykonuje pomiary temperatury w kilkudziesięciu punktach w jaskiniach Zakrzówka. Przy okazji odkryto kilka nowych korytarzy.
Duże stalagmity datowane w laboratorium C 14 Politechniki Śląskiej mają wiek od 8500 do 810 lat BP. Datowane okazy znajdują się w Muzeum Geologicznym AGH w Krakowie.
Od 2000 przy użyciu metod geofizycznych roku prowadzone są przez pracowników WGGiOŚ AGH badania kartograficzne. Zastosowano metodę georadarową przy użyciu anten o różnej częstotliwości. Ustalono istnienie rozległego systemu pustek podziemnych występujących na kliku poziomach (Jędrys, Krajewski 2002, Jędrys, et al. 2002, Karczewski 2007) wyniki badań zachęciły do podjęcia dalszej eksploracji podziemnej.

Jaskinia jest znana od bardzo dawna. Najstarsza znana wzmianka pochodzi z 1865 roku. W tej jaskini legenda umiejscowiła pracownię alchemiczną mistrza Twardowskiego. Polemizował z tym faktem Bąkowski (1909), który uważał, że siedzibą mistrza była jaskinia odkryta w roku 1880 w czasie budowy kościoła w Podgórzu (tzw. Krzemionki Podgórskie); jaskinia ta została zaraz po odkryciu zniszczona. Jaskinia Twardowskiego musiała być uznaną atrakcją, bo w wielotomowym „Słowniku Geograficznym Królestwa Polskiego” wydawanym na przełomie lat 1880 1902 wzmianki o niej znajdujemy wielokrotnie, a z roku 1898 roku pochodzi opis zwiedzania: Z zadumy wyrywa cię głos pastuszka, który proponuje zwiedzanie „groty Twardowskiego”. Chłopiec prowadzi cię kroków parę ku południowi, widzisz, jak wzgórze nagle stromo się urywa, obchodzisz dokoła i oto w wapiennej opoce spostrzegasz Czarny, ziejący chłodem otwór jaskini. Chłopak dobywa z wiadomej sobie skrytki łuczywo, światło zapalone, podnosisz kołnierz i wkraczasz do jaskini. Niewielkie to zagłębienie ciągnie się ku wschodowi. Wilgotne, stęchłe, pełne kapiącej kroplami wilgoci, która szelest sprawia. Tu pastuszek, drżącym głosem, oglądając się bojaźliwie, opowiada ci naiwnie historyję znajomości jaką zawarł tu ze „złym” czarownik Twardowski. Pochodnia dymi nieznośnie.. kilka nietoperzy ze swojej strony pragnie ci się bliżej przyjrzeć, dotykając prawie twej twarzy błoniastemi skrzydły. Nogi więzną w rozmiękłej ziemi, pierś z trudnością oddycha zatęchłem powietrzem, a od wnijścia oślepiający blask wesołego słonka wpada i z każdym powiewem woń pol dolata. Opuszczamy grotę, a rozochocony datkiem pastuszek proponuje, abyś karczmę „Rzym” odwiedził..
Ok. 1912 (?) roku w części wschodniej prowadzono prace mające na celu oczyszczenie jaskini, w trakcie prac usunięto część osadów z Sali z Tabliczką. Z tego też okresu pochodzi precyzyjny plan w skali 1:500, na którym naniesiono kontury czterech jaskiń, plan ten znajdujemy w pracy Kuźniara (1921) wraz z krótkim opisem jaskini. Podczas budowy fortyfikacji przez Niemców w 1944 roku otwór został zamurowany. Kowalski sporządzając inwentarz tej jaskini stwierdza, że otwór „do niedawna był zamknięty”.
Początek zainteresowania grotołazów tą jaskinią to rok 1966, w którym Jerzy Balwierz, Jerzy Chrobak, Andrzej Górny i Andrzej Tomczyk odgruzowali i przekopali ciasne przejścia odkrywając dzięki temu ok. 100 m nowych korytarzy. Są to partie które prowadzą w kierunku SE za Salką z Belką, korytarz na końcu sali w jej przedłużeniu, ciasne korytarzyki w anastomozach na SE od niej i końcowy korytarz w partiach na NW od tej sali. Na przełomie 1992 i 1993 roku odkopano piaskową rurę zasypując częściowo salkę z Tabliczką (członkowie Krakowskiego Klubu Turystyki Jaskiniowej). W tym samym okresie Paweł Ostrowski i T. Pawłowski odkrywają ok. 100 m nowych korytarzy w partiach na SW od Salki z Belką, eksplorują je ponownie w październiku 1993 roku, odkrywając dolne partie. Są oni również odkrywcami początku korytarza z naciekami, rozpoczynającego się na początku Sali i prowadzącego w kierunku II otworu.
W listopadzie i grudniu 1997 r. eksplorowano korytarz z głównego otworu w kierunku Jaskini Niskiej i odsłonięto nowy, zachodni otwór jaskini (Andrzej Górny, Miłosz Krawczyk, Marek Rosiek, Tomasz Wajzyk). W styczniu 1998 r. (A. Górny, M. Krawczyk, Piotr Malina i T. Wajzyk) odgruzowano kominki pod Salą, i odkryto korytarz pod Salą, który doprowadził do połączenia z dnem wykopu w Sali (wkrótce zresztą uległ on zawaleniu). W 1997 r. Bogdan Słobodzian podaje długość jaskini na ok. 375 m.  W latach 2004 - 2007 prowadzone były systematyczne prace w ciągu biegnącym na SW od Sali z Belką przez Salkę z Progiem. Odkryte zostało 70 m korytarzy łącząc ciąg z Labiryntem i nowe Partie dla Koneserów. Udział w pracach wzięło ponad 20 osób z klubów krakowskich, Speleoklubu Bielsko Biała i Speleoklubu Częstochowa, największy w nich udział mieli: Andrzej Górny, Norbert Sznober (SCC) i Tomasz Rosiek (Górny 2007).

Zinwentaryzowana została przez Kowalskiego (1951) pod poz. 3, znane były wówczas korytarze o długości 150 m. Kolejne inwentarze, które szczegółowo podawały dane o jaskini to praca Czepiela (1976), gdzie podaje długość 195 m, oraz przewodnik Szelerewicza i Górnego (1986), w którym długość znanych partii wynosi już 225 m.. W okresie od października 1998 r. do kwietnia 1999 r. P. Migała i P. Zgaga wykonali pomiary, które ustalają długość na 430 m i deniwelację na 16,8 m (+4,1, 12,7 m) i opracowują nowy plan jaskini (Migała, Zgaga 2000).
Dokumentację sporządził A. Górny (11.1999 r.). Dane zaktualizował w 2009 r. A. Górny.
Plan opracowali P. Migała, P. Zgaga (1999 r.) oraz N. Sznober (2007).

Sto obrazów natury, 1865 ( wzmianka); Gruszecki A. 1878 (wiadomość o zbadaniu przez M. Sołtana); Grota Twardowskiego.. 1898 (literacki opis zwiedzania Jaskini Twardowskiego); Bąkowski K.,1909 (wzmianka); Czarnowski S. 1911 (wymienia); Orłowicz M. 1919 (wzmianka); Kuźniar W. 1921 (plan, mapa położenia); Leszczycki S. 1930 (fot. otworu); Dandysz-Fleszarowa R. 1933 (wymienia); Ciętak Z. 1935 (wymienia); Żabiński W. 1947 (wzmianka); Sosnowski K. 1947 (opis); Kowalski K. 1951 (opis i plan, informacje o eksploracji); Starmach K. 1963 (galarety z sinic, nowe gatunki Dinococcales (Pyrrophyta) ; Harmata W. 1973b (podkowiec mały Rhinolophus hipposideros i nocek duży Myotis myotis w jaskini; Czepiel M. 1976 (opis i plan); Rook E. 1980 (wymienia znaleziska archeologiczne nie określone kulturowo); Sanocka-Wołoszynowa E. 1981 (wymienia z jaskini 3 gatunki pajęczaków); Szelerewicz M., Górny A. 1986 (opis i plan, lokalizacja na mapie); Górny A., Paulo A. 1993 (opis jaskini, plan, lokalizacja otworu na mapie geologicznej Zrębu Zakrzówka); Pazdur M. i in. 1994 (wyniki datowania nacieków); Górny A. i in. 1997 (wymieniają, plan w zestawieniu, informacja geologiczna); Słobodzian B. 1997e (wykaz jaskiń zachodniej części Skałek Twardowskiego, wzmianki o eksploracji, mapka); Motyka J., Postawa A. 1998 (wymieniają); Motyka J. i in. 1999 (w tabeli skrajnego i średniego stężenia jonów Cl, SO4 i NO3, na mapie izolinii stężeń chlorków w jaskiniach Zrębu Zakrzówka, na mapie izolinii stężeń siarczanów w jaskiniach Zrębu Zakrzówka, na mapie izolinii stężeń azotanów w jaskiniach Zrębu Zakrzówka, szczegółowe wyniki zmienności jonu chlorkowego w wybranych punktach, zmienność koncentracji jonu Cl¯ w wykropleniach w jaskini Twardowskiego na tle opadów (tabele), fot. rury freatycznej, plan na mapie kierunków lateralnego przemieszczania się znacznika); Górny A. i in, 1999 (zaznaczona na mapie prędkości i kierunków przemieszczania się znacznika); Goc P., et al. 2000 (zdjęcie otworu, nacieków z kroplami wody i rury freatycznej, w tabeli stężeń azotanów w jaskiniach Zrębu Zakrzówek, plan na mapie izolinii stężeń azotanów, tabeli zmian stężeń azotanów w punkcie T1); Migała P., Zgaga P. 2000 (plan jaskini); Motyka J. i in. 2000 (lokalizacja na mapie geologicznej Zakrzówka, plan na rozmieszczeniu jaskiń Zakrzówka, plan na mapie izolinii chlorków w jaskiniach Zrębu Zakrzówka, w tabeli pionowej prędkości migracji wód przez strefę aeracji, w tabelach zmian koncentracji jonu Cl¯ w zależności od opadów punkty T1 i T4, plan na mapie kierunków i prędkości lateralnego przemieszczania się znacznika); Nowak J.,2001 (inf. o wykonaniu przez Pawła Migałę i Piotra Zgagę nowego planu jaskini, plan); Nowak J., Kozakiewicz K. 2001 (nocek duży Myotis myotis w jaskini); Motyka J. i in. 2001 (plan na mapie kierunków lateralnego przemieszczania się znacznika); Nowak J. 2001 (plan jaskini); Wojkowski J. 2001 (obserwacje mikroklimatyczne dane m. in. z jaskini); Jędrys J., Krajewski M. 2002 (plan jaskini na tle rozmieszczenia profili georadarowych, echogram znad korytarza w jaskini, model struktury uskokowej zrębu Zakrzówka z przekrojem jaskini); Jędrys J. i in., 2002 (plan na mapie rozmieszczenia jaskiń na Zakrzówku,, echogram nad korytarzem w jaskini); Gradziński M., Szelerewicz M. 2004 (wymieniają w wykazie); Mrozińska-Broda T., Czerwik-Marcinkowska J. 2004 (galarety z sinic w jaskini); Górny A. 2007 (plan systemu jaskiń na Zakrzówku, odkrycie nowych partii w jaskini o długości ok. 50 m, długość jaskini wynosi 500 m); Karczewski J. 2007 (2 echogramy z badań Jaskini Twardowskiego z widocznymi refleksami pustek na głębokościach 12 14 m i 28 30 m); Jaskinie Pomostu Krakowskiego 2011 (plan i opis inwentarzowy).

Baryła J., Górny A., Pruc M., Słobodzian B., Szelerewicz M. 2000 (opis inwentarzowy i plan).