Jaskinia znajduje się na prawym orograficznie zboczu doliny Kleśnicy, na stoku góry Stromej. Dojście: ze Stronia Śląskiego żółtym szlakiem, z Międzygórza czerwonym lub niebieskim szlakiem na Halę pod Śnieżnikiem, skąd żółtym szlakiem do samej jaskini. Współcześnie obydwa sztuczne otwory prowadzące do jaskini znajdują się w miejscu naturalnych wejść, które wskutek naturalnych procesów zostały zasypane i zawalone. Droga do otworu wejściowego prowadzi przez pawilon wybudowany w związku z udostępnieniem części jaskini do zwiedzania. Przez ten otwór została odkryta jaskinia. Otwór drugi stanowi sztolnię wyjściową, oddaloną ok 100 m w górę doliny. Jaskinia rozwinięta jest na trzech horyzontach połączonych kominami.

Środkowy poziom jaskini jest prawie w całości udostępniony do zwiedzania. Po przejściu przez śluzę i otwór wejściowy stajemy na pomoście nad Wielką Szczeliną łączącą środkowe i dolne piętro jaskini. Stąd betonowym chodnikiem trasy turystycznej, skręcając w prawo docieramy do Progu Ryżowego a następnie w dół stromymi schodami do Sali Lwa. Jest to płaska komora, w znacznej części wypełniona materiałem gruzowo gliniastym z dużą ilością kości zwierząt plejstoceńskich. W ścianach widoczne dobrze ukształtowane formy wirowe i nacieki z wapiennego mleka. Z Sali Lwa w górę po schodach dochodzimy do Salki Przejściowej. Do czasu wykonania prac udostępniających ten fragment jaskini był wypełniony po strop osadami autochtonicznymi z dużą ilością szczątków kostnych. Pionowy profil tych osadów jest w tym miejscu dobrze wyeksponowany. Ponad profilem widoczny otwór fragment pierwotnej trasy wypraw w głąb jaskini. Idąc ciągle po schodach w górę docieramy do skrzyżowania korytarzy zwanego Biwakiem. Widoczna jest wyraźna zmiana otoczenia. Znaczna część dna pokryta jest misami martwicowymi, duże połacie ścian pokryte są wapiennym mlekiem. Przechodzimy sztuczną sztolnią łączącą Biwak z Korytarzem Stalaktytowym. U wylotu sztolni, po lewej stronie zabudowany po strop mur kamienny, odgradzający Korytarz Stalaktytowy od zawaliska. Tuż za murem, po lewej stronie znajduje się otwór prowadzący do bocznego ciągu. Za nim ciągnie się niski korytarz długości ok. 10 m zakończony 4 m studnią zamkniętą korkiem z bloków marmuru. Spąg korytarzyka tworzą osady ilaste, a w nich szczątki kostne. Na dnie studzienki kości nietoperzy.
Wracamy do Korytarza Stalaktytowego. Rozpoczyna on ciąg obszernych korytarzy i sal środkowego piętra jaskini, strzelistych lub o przekroju trapezowym z bogatą szatą naciekową i dnem pokrytym misami martwicowymi okresowo wypełnionymi wodami autochtonicznymi infiltrującymi z powierzchni marmurów. Na rozwidleniu chodników skręcamy w lewo do Zaułka Kaskad. U góry widzimy Galerię fragment górnego piętra jaskini. Z platformy widokowej widoczne jest okienko, prowadzące do górnego, 3 piętra jaskini. Za okienkiem po prawej stronie znajduje się 6 metrowy komin, w górnej części pokryty polewą kalcytową. Przed nami potężne zawalisko, które w prawo prowadzi na galerię. Trzymając się lewej strony schodzimy w dół zawaliska. Po kilku metrach przejście się zwęża i obniża, a jego prawą stronę i strop stanowią ruchome bloki, po drodze trudny zacisk. Za nim końcowy korytarzyk wypełniony ciemnymi osadami.
Wracamy do rozwidlenia chodników i dalej prosto do końca Sali Pałacowej, a tu mijając po prawej stronie Korytarz Mis Martwicowych wchodzimy do wąskiego i niskiego korytarza wodnego aż do miejsca, w którym trasa skręca w prawo. Stąd idąc na wprost po około 20 m dochodzimy do salki końcowej zwanej Trupiarnią. Zwalisko w niej odcina prawdopodobnie Korytarz Wodny od powierzchni. Występuje tu znaczna kruszyzna ścian i stropu.
Wracając z Trupiarni po ok. 10 m dochodzimy do wąskiej i wysokiej szczeliny otwierającej się w lewej ścianie B.iegnącej powyżej Korytarza Wodnego i zakończonej niewielkim kominem.
Za skrętem w prawo trasy turystycznej, drugą sztuczną sztolnią dochodzimy do Korytarza Człowieka Pierwotnego, a następnie w lewo sztolnią wyjściową i systemem śluz wychodzimy na powierzchnię.
Wyprawę do dolnego horyzontu jaskini rozpoczynamy także od Wielkiej Szczeliny. Horyzont ten składa się z dwóch części: stare dolne piętro jaskini zwane Partiami Wrocławskimi oraz nowe dolne piętro jaskini. Obie te części mają tylko jedno znane połączenie Wielką Szczelinę. Z pomostu schodzimy po drabinie do jej podstawy. Schodzimy na dno szczeliny. Główny ciąg Partii Wrocławskich rozpoczyna się niewielkim otworem tuż nad dnem przy lewej ścianie szczeliny. Za otworem z lewej strony wysoki, szczelinowy Korytarz Nietoperzy.
Idziemy w prawo Salą Blokową około 30 m, następnie w lewo półtorametrowym prożkiem w górę wchodzimy do Długiej Szczeliny, a nią w prawo czołgamy się około 50 m. Trafiamy na zacisk po prawej stronie, a po jego przejściu do rozległej, poziomej szczeliny o spągu opadającym w lewo i wysokości około pół metra. Trzymając się prawej strony czołgamy się głową w dół, ukośnie w prawo aż trafimy na wyraźnie widoczny otwór między blokami i tam obracamy się nogami w dół. Do tego miejsca ta część jaskini to wąskie, pionowe lub poziome ciasne korytarze szczelinowe w części zawalone, z dużą ilością przesuszonych namulisk i ubogą szatą naciekową.
Ciąg główny jest niewyraźnie zaznaczony, przejście wymaga znajomości topografii i ciągłej uwagi. Wchodzimy przez pionowy zacisk do studni o głębokości 5 m, a nią do Korytarza Błotnego. Tuż obok, po tej samej stronie korytarza 6 metrową obłoconą ścianką idziemy w górę do bocznego ciągu czołgając się nieco pod górę. W lewo, po 10 m trafiamy na szczelinę początkowo ciasną, a dalej rozszerzającą się, na końcu której widać spore skupisko nacieków o zabarwieniu charakterystycznym dla środkowego piętra jaskini.
Wracamy tą samą drogą do Korytarza Błotnego, a nim w prawo. Po około 40 m korytarz zamyka ściana czołowa, a w lewo i w prawo odchodzą wąskie i niskie błotne syfony.
Wracamy i po minięciu studni dojściowej idziemy Korytarzem Błotnym w górę doliny. Korytarz ma kształt strzelisty, o zmiennej wysokości i szerokości około 1 m, dno wypełniają żwirowe osady allochtoniczne, a ściany pokryte są osadami ilastymi. Po przejściu około 90 m po prawej stronie boczny korytarzyk długości 16 m.
Wracamy do głównego ciągu, po przejściu około 30 m osiągamy końcową Salkę z Wodospadem. Okresowo, podczas topnienia śniegu lub długotrwałych opadów deszczu, dnem korytarza płynie potok. Wracamy tą samą drogą aż do podstawy drabiny.
Wyprawę do nowego dolnego piętra jaskini rozpoczynamy również od podstawy drabiny. Idziemy w kierunku widocznego otworu zabezpieczonego kratą i wczołgujemy się do korytarzyka zwanego Szufladą. Pokonujemy go na brzuchu częściowo zanurzeni w wodzie. Za zaciskiem korytarzyk podwyższa się, lewa strona lita, prawa to rumosz skalny z widocznymi szczątkami kostnymi. Po kilku metrach znów nisko czołgamy się nogami w przód aż trafiamy na „okienko” pionowy, dosyć trudny w drodze powrotnej zacisk prowadzący do 6 metrowej studni. W niej zapieraczką na dno i dalej w dół około 10 m. Po prawej stronie na wysokości piersi otwór (Koń) prowadzący do dalszej części głównego ciągu. Nie wchodząc w otwór kierujemy się zdecydowanie w dół do bocznego ciągu zwanego Ciągiem Błotnym. Czołgając się przechodzimy przez ciasny otwór przy spągu chodnika i po około 15 m trafiamy na trudny zacisk zwany Muszka Szczerbinka. Za nim czołgamy się niskim korytarzykiem przebitym w ilastych osadach. Po kilku metrach docieramy do wąskiego i wysokiego, strzelistego Korytarza Błotnego Progu. Przechodzimy około 30 m do 3 m progu, nim w dół (wskazana poręczówka brak stopni i chwytów), dalej wysokim korytarzem o szerokości 0,8 m i dnie ze żwirów allochtonicznych do miejsca, w którym korytarz skręca ostro w prawo. Idąc z biegiem korytarza po 6 m wspinamy się prawą, pokrytą błotem ścianą na galerię, którą docieramy do Sali Dziwnej, prawie w całości wypełnionej częściowo odsączonymi osadami ilastymi. Wydrążonym w osadach przejściem kierujemy się w lewo, w górę, z prawej strony mijamy częściowo wyeksplorowany korytarz i w lewo przez skomplikowany zacisk dochodzimy do Sali Nowej (Sala Marysia). Sala ma kilkanaście metrów wysokości i w znacznej części jest wypełniona bardzo niestabilnym zawaliskiem. Z lewej strony, drogą między ścianą sali a potężnym blokiem wspinamy się na szczyt zawaliska. Na górze stożek z drobnego materiału gruzowego, a w nim fragmenty nacieków odpadłych od stropu. Schodzimy i trzymając się prawej strony sali docieramy do niskiej i wąskiej jej odnogi. Po około 10 m trafiamy w spągu na pionowy zacisk, za którym znajduje się 4 m studzienka wydrążona w namulisku (obecnie niedostępna). Na dnie suche łożysko potoku z dobrze obtoczonymi żwirami allochtonicznymi. Widoczny w głębi ciąg korytarzyka jest nie do przejścia z powodu ciasnoty.
Tą samą drogą wracamy do głównego ciągu. Po przejściu przez otwór (Koń) pokonujemy zapieraczką około 5 m w dół szczelinę prowadzącą do Korytarza Wichrowego, a nim czołgając się docieramy do Ściany Płaczu, szczeliny w kształcie niesymetrycznej klepsydry, którą pokonujemy trawersując ją w górnej części, zapieraczką na wysokości około 4 m lub dołem. Pierwsza droga jest trudna ze względu na brak stopni i chwytów oraz śliskość ścian pokrytych warstwą błota. Za Ścianą Płaczu czołgamy się po namulisku i po około 20 m dochodzimy do wysokiego korytarza prowadzącego w lewo do Sali Szampańskiej. Tu opuszczamy główny ciąg i w prawo korytarzykiem o wysokości około 0, 5 m, w spągu wypełnionym błotem. Czołgamy się do niewielkiego otworu i wchodzimy z niego do leżącego niżej wysokiego korytarza zwanego Meandrem. Dnem korytarza płynie potok ginący w rumoszu ściany czołowej, po prawej stronie. Idziemy w lewo, po około 50 m trafiamy na zawalisko.
Wracamy do ciągu głównego i korytarzem o żwirowym podłożu dochodzimy do Sali Szampańskiej. Ma ona kształt nieregularnego owalu o wymiarach 20 12 m i, wraz z Kominem Maurycego wysokości około 50 m. Dno sali pokryte jest blokami kamiennymi. Wspinaczka w Kominie Maurycego wymaga użycia sprzętu wspinaczkowego. Na wysokości około 35 m występują dwa boczne korytarze o długości 20 m zamknięte namuliskiem z materiału ilasto piaszczystego oraz otoczaków skał krystalicznych. Po powrocie idziemy wzdłuż sali do dużego, wypiętrzonego blokowiska i po pokonaniu 6 m progu wychodzimy na rozległy taras i w przeciwległej do wejścia ścianie znajdujemy próg, nad którym jest zejście. Po dużych blokach schodzimy pionowo w dół kierując się wyraźnie w prawo i w zawalisku osiągamy dno Korytarza Wantowego ze żwirową pokrywą. W tym miejscu korytarz ma kształt strzelisty, a jego ściany są lite. Po przetrawersowaniu przewężenia dochodzimy do drugiej części korytarza o trapezowym przekroju, spękanych ścianach, dnie zasłanym dużymi blokami. Po 10 m schodzimy w prawo do Ronda. Ta niewielka sala w znacznej części wypełniona jest zawaliskiem, a dno stanowią osady ilasto piaszczyste. Odchodzi z niej kilka ciągów, w tym główny prowadzący do Korytarzy Diamentowych i Kryształowych.
Zbaczamy z głównego ciągu. Po 3 m w górę zawaliska i 4 m w prawo trafiamy na trójskrętny, pionowy zacisk, a za nim 1,5 m niżej Korytarz Wodny pod Rondem, z dnem wypełnionym wodą i mułem. 10 m dalej dochodzimy do potoku wypływającego z prawej strony z niskiego korytarzyka, po przejściu zawieszonymi nad wodą podestami wchodzimy czterometrowej wysokości, skrajnie niebezpiecznym (niestabilne zawalisko) kominkiem do niewielkiej sali utworzonej we wnętrzu zawaliska. Potok, spływający w lewo, ginie w zawalisku.
Wracamy do Ronda i idziemy w górę zawaliska, aż osiągamy obszerny Korytarz Kalcytowego Potoku z urozmaiconą i bogatą szatą naciekową oraz dnem pokrytym polewą kalcytową. Korytarz pnie się stromo i po około 40 m jest zapłynięty polewą kalcytową.
Wracamy do miejsca połączenia korytarza z zawaliskiem, nie wracamy do Ronda lecz idziemy prosto przez zacisk nad misą martwicową i dostajemy się na Tafle. Ten fragment jaskini to wąskie, poziome i pionowe szczeliny pokryte polewą kalcytową. Za zaciskiem czołgając się trawersujemy poziomą szczelinę z lewej strony przechodzącą w pion. Po kilku metrach strop obniża się do 0,5 m. Tu skręcamy w prawo lekko pod górę i docieramy do kolejnego zacisku. Za nim korytarzykiem, w prawo pod górę, docieramy do pochyłego ciasnego korytarzyka. Za nim salka zwana Buduarem z piękną polewą kalcytową i draperiami w kolorze od beżu do brązu. W lewej ścianie salki przy dnie kolejny przełaz, 4 m za nim korytarz kończy się w zapłyniętym kalcytem zawalisku.
Wracamy tą samą drogą do ciągu głównego. W Rondzie na wysokości 1,5 m od dna wchodzimy w owalny otwór i dalej do Korytarza Diamentowego/Kryształowego o strzelistych kształtach i asymetrycznie nachylonych ścianach. Ta część jaskini ma bogatą i urozmaiconą szatę naciekową, dno w znacznej części pokryte jest polewą kalcytową i misami martwicowymi, a przy ścianie przepływa potok. Po minięciu dużego stalagnatu szata naciekowa zanika, a korytarz rozwidla się tworząc dwa równoległe ciągi (Lewy i Prawy Wąs).
Wchodzimy do Prawego Wąsa, idziemy wysoką i wąską szczeliną i po około 60 m dochodzimy do końcowego zawaliska. Wracamy do rozwidlenia i za dużym kamieniem wchodzimy do Lewego Wąsa. W jego końcowej części otwiera się w stropie wąska, pionowa szczelina (Krasowe Urwisko), która łączy „starą” część jaskini z odkrytymi w 2012 roku partiami. Szczelina ta ma połączenie z ciągiem (Gang Zdzicha (Dumańskiego)) o długości około 160 m, równoległym do Korytarza Kryształowego. W zachodniej części jest to myty, dobrze wykształcony korytarz o wysokości pomiędzy 2 a 10 m i szerokości pomiędzy 1 a 4 m. Im dalej na wschód, tym bardziej jego gabaryty maleją. 30 metrów przed Salą Mastodonta pojawiają się polewy naciekowe, które w wielu miejscach zwężają światło korytarza tworząc trudne do przebycia zaciski (Robespierre, Droga na Szafot, Gilotyna). Najtrudniejszy z nich, skrajnie trudny i ciasny, Gilotyna, jest dwukrotnie załamującą się pod ostrym kątem B.ardzo wąską (22 cm) szczeliną, w kluczowym miejscu przegrodzoną dodatkowo przez formy naciekowe. W tej części jaskini występują okresowo zapełniające się wodą, płytkie jeziorka (Dzikie Plaże). Za Gilotyną ciąg znacznie się rozszerza i kilka metrów za nią dochodzi do poprzecznego, szczelinowego korytarza (Galeria PKP) utworzonego w strefie zawaliskowej północnej części Sali Mastodonta. Galeria ta doprowadza do Sali Mastodonta, która powstała poprzez przegrodzenie zawaliskami olbrzymiego korytarza, który najprawdopodobniej łączył Biały Kamień ze Starym Wywierzyskiem. W tym miejscu całkowicie zmienia się charakter jaskini, z małych i wąskich, mytych korytarzy przechodzimy do obszernych, zawaliskowych.
Sala Mastodonta ma długość 115 m , szerokość do 20 m i wysokość do 20 m i jest największą (najdłuższą, najwyższą, i najszerszą) salą w Jaskini Niedźwiedziej. Jest salą typu zawaliskowego .Cała powierzchnia spągu pokryta jest zawaliskiem. Ze wstępnej analizy wynika, że jego miąższość w niektórych miejscach (Tyłek) przekracza 60 m. Głębsze partie zawaliska zbudowane są z olbrzymich, wielometrowej średnicy bloków skalnych. W wielu miejscach możliwe jest zejście pomiędzy tymi blokami w zawalisku na głębokość kilku – kilkunastu metrów.
- W północnej części Sali Mastodonta spąg pokrywają głazy o średnicach pomiędzy 0,3- 1 m. U wylotu Galerii PKP leży wielki blok skalny o szerokości 4 - 6 m, długości ponad 8 m i nieznanej wysokości (Stół). Jego bok jest jednocześnie wschodnią ścianą wspomnianej Galerii PKP. Spąg w tej części sali jest nachylony, a leżące na nim kamienie pokryte są brązowymi i czarnymi, cienkimi, kilkucentymetrowej grubości polewami. W wielu miejscach wyrastają na tych polewach białe stalagmity o wysokościach do 60 cm. Wschodnia część nachylonego zawaliska w tej części sali pokryta jest białą, kilkunastocentymetrowej grubości polewą. U wylotu Galerii PKP utworzyła się półtorametrowej wysokości B.iała kopuła naciekowa z rozległą, sześciometrowej średnicy, zakalcytowaną strefą zawaliska utworzoną u jej podnóża, na północ urywającą się ośmiometrowej wysokości kaskadą. Nad kopułą, pod wylotem komina wisi na stropie kilkadziesiąt krótkich, kilkunasto- dwudziestokilkucentymetrowej długości stalaktytów oraz kilka około półmetrowej długości stalaktytów i draperii. W załamaniu ścian, w południowo-zachodnim fragmencie tej części sali, pod wylotem dużego komina utworzyło się dwunastometrowej wysokości i ośmiometrowej (u podstawy) szerokości pole stromo nachylonej B.iałej polewy. Wystaje z niego kremowej barwy, pięciometrowej wysokości i trzymetrowej szerokości kopuła naciekowa. Ściany w tej części sali są w niektórych miejscach spękane B.rak jest widocznych wymyć. W wielu miejscach pokryte są polewami. Strop w tej części sali jest w niektórych miejscach spękany B.rak jest widocznych wymyć. Stalaktyty występują nielicznie, na ogół pojedynczo i ich długość nie przekracza zazwyczaj kilkunastu centymetrów. Jedynie nad strefą czarnych polew występuje skupisko stalaktytów o długościach do około 80 cm, które powstały na linii przebiegającego przez strop pęknięcia.
- W środkowej części sali, za obniżeniem stropu, spąg pokryty jest silnie zmielonym materiałem skalnym. Leży na nim kilka około metrowej i większej wielkości bloków skalnych. Największe ich nagromadzenie powstało przy wschodniej ścianie, część z nich pokryta jest kremowymi polewami, na jednym z nich utworzyła się około dwumetrowej wysokości kopuła naciekowa. Ściany w tej części jaskini w większości pokryte są białymi i żółtymi polewami kalcytowymi. Strop jest spękany, na liniach większych pęknięć utworzyły się liczne stalaktyty o długościach dochodzących do około 30 cm.
- W południowej części sali spąg pokrywa zawalisko zbudowane z wielkich bloków skalnych. Ich nagromadzenie tworzy próg o wysokości około 10 m. Największy z bloków, Autobus, wystaje ponad powierzchnię zawaliska niewielką częścią. Wystający fragment ma wysokość około 8 m i średnicę około 6 m. Około 3 m wyżej, w stropie, widoczne jest wyraźnie miejsce, które pasuje kształtem do oderwanej powierzchni Autobusu. Pod zawaliskiem wielkich bloków utworzyła się nieduża, w najwyższym miejscu czterometrowej wysokości i średnio siedmiometrowej średnicy salka. Salka ta ma połączenie wąską szczeliną z Biwakiem. Za Autobusem zawalisko wznosi się stromo dalej na południe, jego powierzchnia pokryta jest kremowymi i szarymi polewami. Cała wschodnia ściana tej części jaskini pokryta jest grubą warstwą dobrze wykształconych polew z długimi, dochodzącymi do 2 m długości żebrami, które tworzą bardzo urozmaiconą, imponującą i wielobarwną Wielką Kaskadę. Jej wysokość, od najniższego miejsca (u podnóża progu) do najwyższego punktu w sali wynosi ponad 30 m. Zachodnia ściana tej części sali jest spękana B.rak jest na niej widocznych wymyć, występują niewielkie skupiska polew i draperii. Strop w tej części sali jest w większej części lity, w najwyższym miejscu pokrywają go płaty cienkiej warstwy białego mleka wapiennego. W kilku miejscach występują skupiska małych stalaktytów i draperii. W całej Sali Mastodonta brak jest śladów współczesnego odpadania skał.
W południowej części Sali Mastodonta, na szczycie zawaliska wchodzi się do kilkunastometrowej długości korytarzyka (Drezno) zrobionego sztucznie w zawalisku. Korytarzyk ten doprowadza do szczytu niewielkiej studni (Rzeźnia numer 5), z której zjeżdża się do sali Rozdroże. Z sali tej:
- idąc na północ schodzi się po niebezpiecznej piaskowej pochylni (Piachy - Strachy) do sali (Lochy Zagłady) będącej pozostałością po najniższym, poznanym piętrze jaskini (kontynuacja Korytarza Perłowego);
- idąc na zachód wchodzi się w bardzo niebezpieczne, strome, ruchome i kończące się po kilkudziesięciu metrach zawalisko (Kompresor);
- idąc na południe przechodzi się głównym ciągiem jaskini do dużej sali (Sala Piętrowa).
W Sali Piętrowej widać podział tej części jaskini na kilka pięter. Pod jej stropem znajduje się wejście do górnego piętra jaskini - bogatego w szatę naciekową korytarza (Balkonik), wzdłuż wschodniej ściany zejść można Progiem Puliny do położonego 15 m niżej Korytarza Perłowego. Sala Piętrowa powstała poprzez połączenie górnego i środkowego piętra jaskini. Piętro górne kończy się wysokim, pionowym progiem, pokrytym białymi i żółtobrązowymi polewami. Piętro środkowe (patrząc na północ) kończy się metrowej szerokości czterometrowej wysokości, pokrytym grubą warstwą kremowych i brązowych polew Progiem Puliny. Za nim wznosi się piętnastometrowej długości pochylnia, w dolnej części pokryta grubą warstwą kremowych i brązowych polew. Na spągu pochylni, w górnej jej części zalega nieskalcytowane, strome zawalisko o dużej miąższości. W miejscu, w którym kończy się pochylnia wznosi się kruchy, dwumetrowej wysokości prożek, za nim kontynuuje się korytarz pozbawiony szaty naciekowej ze spągiem pokrytym zawaliskiem. W pokrytej polewami części pochylni oraz Progiem Puliny spływa niewielka ilość wody (kilka cm3/s). Ściany oraz strop są lite, pozbawione szaty naciekowej. Na spągu brak świeżych śladów obrywów skał. U wylotu Balkonika 20 m nad progiem Puliny widć odspojony od ściany duży (~40 000 kg) blok skalny zaklinowany w półce.
Przy wejściu do Balkonika spada do Sali Piętrowej pięciometrowej szerokości kaskada polew kalcytowych wypływająca z dużej kopuły naciekowej.
Balkonik jest poziomym korytarzem o długości 70 m, przeciętnej szerokości 8 m i średniej wysokości 6 m B.ędącym fragmentem najstarszego, górnego piętra głównego ciągu jaskini. Jego spąg zaścieła zawalisko w wielu miejscach pokryte grubą warstwą kalcytu. W północnej części ciągu na spągu leżą odspojone od stropu i ścian, ponad metrowej wielkości bloki skalne. Strop jest w części lity, w części spękany, na całej długości korytarza pokryty jest polewami i stalaktytami. W południowej części zachodnia ściana pokryta jest wielobarwnymi polewami, które na półkach będących reliktami wcześniejszego dna jaskini wytworzyły charakterystyczne „szczęki”. W połowie korytarza, jego zachodnia ściana pokryta jest grubymi B.iałymi i żółtymi polewami, które przechodzą w polewy na spągu. W południowej części korytarza, na głazach które odpadły od stropu, powstała kopuła naciekowa pokryta białym i kremowym kalcytem, w części zwietrzałym. W środkowej części sali leży na spągu odłamany, metrowej średnicy stalaktyt oblany silnie nowymi polewami. W północnej części sali, za załamaniem na zachód, powstała duża, kilkumetrowej wysokości i średnicy kopuła naciekowa.
Korytarz Perłowy jest wysokim, szczelinowym korytarzem o przeciętnej szerokości 4 m. 12 m na południe od podstawy Progu Puliny, przy zachodniej ścianie otwiera się w spągu wąski wlot do Studni Bezdennej. Spąg korytarza pomiędzy Progiem Puliny a Studnią Bezdenną pokryty jest żółtobrązową polewą. W połowie długości polewy leżą, do połowy w niej zagłębione, 3 kuliste, żółte perły jaskiniowe o średnicy 20 mm. Jedna z nich jest przykalcytowana do podłoża. Ze wschodniej ściany zwieszają się pojedyncze stalaktyty o długości do 30 cm. Za Studnią Bezdenną, w południowej części korytarza spąg tworzą duże głazy pokryte kalcytową polewą. Strop i ściany korytarza są lite. Na spągu korytarza brak jest śladów zawaliska oraz widocznych śladów obrywów. Korytarz Perłowy urywa się do Sali Hekate 1,5 do 4 m wysokości progiem.
Sala Hekate ma około 30 m długości, 10 m szerokości i przeciętnie 10 m wysokości. Jej spąg jest pokryty pochyłym zawaliskiem. Jej wschodnia ściana, nachylona pod kątem około 50° pokryta jest żółtą do ciemnobrązowej polewą kalcytową. W ścianie tej otwiera się pionowy, 0,5 - 1 m szerokości wlot Studni Pięknie Mytej. 2 m na północ od wlotu do Studni Pięknie Mytej ściana sali pokryta jest trójkątem białej polewy. Ściany sali praktycznie pozbawione są szaty naciekowej. W spągu, na zawalisku, utworzyły się pojedyncze, kilkucentymetrowej wysokości stalagmity. Ściany korytarza są lite, strop w kilku miejscach spękany. Na spągu brak jest śladów współczesnego opadania skał.
Studnia Bezdenna ma 16 m głębokości, w górnej części wąska, u podstawy dochodzi do 2 m szerokości i opada do Metra (patrz opis dalej). Ściany studni pokrywają polewy kalcytowe.
Studnia Pięknie Myta rozpoczyna się stromą, pokrytą polewami pochylnią, która po 12 metrach urywa się okrągłą, dwunastometrowej głębokości i trzymetrowej szerokości studnią. Podobnie jak i Studnia Bezdenna, studnia ta łączy piętro środkowe nowej części jaskini z piętrem dolnym.
U podnóża Studni Pięknie Mytej rozpoczyna się Hades, który łączy się pochylnią z oddalonym o ok. 10 m, położonym równolegle korytarzem Metro. Hades reprezentuje najniższe, znane obecnie piętro nowych ciągów jaskini. Blisko ujścia Studni Pięknie Mytej, na końcu Hadesu utworzyło się w spągu korytarza niewielkie (2x3 m), płytkie (do 30 cm) jeziorko o dnie pokrytym śnieżnobiałym kalcytem. Hades jest poziomym korytarzem o przeciętnej szerokości 1,5 m i wysokości 2,5 m. Spąg pokryty jest piaszczysto-żwirowym namuliskiem, na jego powierzchni leżą pojedyncze kamienie i bloki skalne. Na ścianach i stropie widoczne są wyraźne ślady wymyć ukazujące zmienne wartości przepływów wody. Na stropie powstały pojedyncze, nieduże, kilkunastocentymetrowej długości stalaktyty i draperie. Brak jest śladów współczesnego odpadania skał. Przejście pomiędzy Hadesem a pochylnią częściowo przegradza nieduże zawalisko, powstałe z luźnych, niespojonych kalcytem bloków skalnych.
Metro rozpoczyna się w zawaliskach leżących pod Salą Humabaków. Do Metra, 40 m na północ od połączenia z Hadesem wpada Studnia Bezdenna. Południowa część Metra (pomiędzy zawaliskiem w południowej części a Studnią Bezdenną) jest korytarzem o przeciętnej wysokości 2 m i szerokości 4 m. Jego spąg pokryty jest drobnym zawaliskiem, w wielu miejscach pokrytym polewą kalcytową. Około 10 metrów na południe od Studni Bezdennej powstało na polewach małe jeziorko o długości 2 m, szerokości 1 m i głębokości 15 cm. Ściany korytarza są lite, widoczne są niewielkie wymycia. Strop korytarza jest przeważnie myty, w wielu miejscach powstały nieduże, kilkunastocentymetrowej długości stalaktyty, draperie i polewy. Brak jest śladów współczesnego opadania skał.
Środkowa część Metra (pomiędzy Studnią Bezdenną i Dziurą w Metrze) jest korytarzem o przeciętnej wysokości 3 do 5 m i szerokości 3 m. Jego spąg pokryty jest zawaliskiem, w kilku miejscach pokryte niwielkimi polewami. Ściany korytarza są lite, strop częściowo spękany, w wielu miejscach powstały nieduże, kilkunastocentymetrowej długości stalaktyty i draperie. W ścianach widoczne są pojedynczej wymycia. Brak jest śladów współczesnego odpadania skał.
Pomiędzy środkową a północną częścią Metra, w dnie korytarza znajduje się kłopotliwa do ominięcia, ośmiometrowej głębokości, ślepa studzienka (Dziura w Metrze). Można ją obejść rozpoczynającym się przy niej ciągiem małych korytarzyków i rur (Madagaskar) pokrytych polewami. Dno dziury w Metrze jest pochyłe, zapada zgodnie z biegiem warstw na wschód, w najniższej części powstało na nim małe jeziorko. Wschodnia ściana studni jest silnie spękana, spękania zostały w większej części wypełnione kalcytem.
Północna część Metra (pomiędzy Dziurą w Metrze i Biwakiem) jest korytarzem o przeciętnej wysokości 2,5 m i szerokości 2 m. Jego spąg pokryty jest twardym, gliniastym namuliskiem, w większości pokrytym warstwą kalcytu. Na ścianach i stropie widoczne liczne wymycia. W wielu miejscach powstały nieduże, kilkunastocentymetrowej długości stalaktyty i draperie. W ścianach widoczne są pojedynczej wymycia. Brak jest śladów współczesnego odpadania skał.
Metro urywa się do Biwaku progiem (Kruchy Prożek) o wysokości 5 m. Południowa część zachodniej ściany Biwaku, sąsiadująca z Kruchym Prożkiem jest silnie potrzaskana, odspojone od niej głazy leżą poniżej, na spągu sali.
Biwak jest salą o wysokości 7 m, szerokości 8 m i długości 48 m. Powstała ona przez połączenie Metra i oddzielonego piaskowym syfonem ciągu Hadesu. Jej spąg zaścieła zawalisko, przy zachodniej ścianie leżą częściowo pokryte polewami, kilkumetrowej wielkości bloki skalne. Ściany i strop są miejscami spękane, praktycznie brak jest szaty naciekowej. W zawalisku wznoszącym się na północ leżą relikty zniszczonej dawniej, starej szaty naciekowej - fragmenty stalagmitów o grubości do 20 cm. Zawalisko to podchodzi pod Salę Mastodonta, wyczuwalny jest w nim przepływ powietrza.
Spąg wnęki Biwaku pokryty jest allochtonicznym piaskiem. Jest to jedno z niewielu miejsc w jaskini, w którym znajduje się równe podłoże i możliwe było założenie dużego i komfortowego biwaku podziemnego.
W południowej części Metra, znajduje się wejście do partii zwanych Żwirownikiem. Przez ciasne przełazy w zawalisku (Maligna) przechodzimy do częściowo zawaliskowego, w wielu miejscach obszernego korytarza, którego spąg w końcowych partiach pokrywa dobrze obtoczony żwir pochodzenia allochtonicznego. W końcowej części Żwirownika znajduje się bardzo niebezpieczne zejście (Mrówkolew) do położonego niżej, zawaliskowego, szczelinowego korytarza. Jest to lej utworzony w luźnych osadach, które zsypują się do korytarzyka, którego strop tworzy luźny, spadający przy najmniejszym dotknięciu żwir.
W miejscu, w którym Sala Humbaków łączy się z Balkonikiem, znajduje się wejście do południowej części Krwawej Masakry. Tuż obok, znajduje się wejście do Białego Komina i dalej do Partii Białego Komina. Są to kilkumetrowej wysokości kominki i nieduże korytarze pokryte w wielu miejscach śnieżnobiałymi polewami. W Salce Bobsleistów znajduje się najwyżej położone, znane obecnie miejsce w jaskini.
Sala Humbaków jest poziomą, drugą co do wielkości salą w Jaskini Niedźwiedziej. Jej długość wynosi 60 m, szerokość maksymalnie 20 m i wysokość maksymalnie 20. Jest salą typu zawaliskowego, jej spąg zaścieła zawalisko o bardzo dużej miąższości, na ścianach i stropie widoczne są ślady po obrywach. W połowie długości sali, przy zachodniej ścianie widoczne jest na stropie dwumetrowej średnicy skupisko stalaktytów i draperii. W południowej części sali, w stropie znajduje się ujście komina, pod którego wylotem powstały metrowej długości draperie. Pod kominem, na spągu, powstała strefa białych polew naciekowych z kilkoma kilkudziesięciocentymetrowej wysokości białymi stalagmitami i niewielkimi kopułami o tej samej barwie. W północnej części sali całą szerokość zawaliska pokrywa warstwa żółtego i brązowego kalcytu, w wielu miejscach o grubości kilkunastu - dwudziestu kilku centymetrów. W miejscu połączenia z balkonikiem, zachodnia ściana sali pokryta jest grubą warstwą białych i kremowych polew, które utworzyły się pod oknem łączącym salę z Partiami Białego Komina. W stropie sali brak jest widocznych spękań, liczne małe i pojedyncze duże stalaktyty na stropie i brak świeżych kawałków skał na polewach kalcytowych świadczą o braku współczesnych obrywów.
Z Sali Humbaków wchodzimy do Zaułka, krótkiego korytarza, w którym występuje największe nagromadzenie form naciekowych w nowoodkrytej części jaskini. Jego zachodnią ścianę pokrywają polewy naciekowe o nieraz kilkumetrowej grubości, w kilku miejscach wystają z nich ponad metrowej wysokości kopuły naciekowe. Spąg i strop pokryte są lasem stalaktytów, stalagmitów i stalagnatów. Dominuje białe zabarwienie kalcytu. W południowej części Zaułka znajduje się około dwudziestocentymetrowej głębokości i trzymetrowej długości jeziorko, którego dno pokryte jest warstwą śnieżnobiałych kryształów kalcytu. Spąg w większości zbudowany jest ze średnio i mocno oblanych kalcytem, dużych kamieni.
Zetownik jest fragmentem głównego ciągu jaskini, który w tym miejscu załamuje się dwa razy pod kątem prostym. W środkowej części Zetownika, kamienie nie są pokryte polewami, zawalisko jest stare, ustabilizowane. Strop jest w części lity, w części spękany, powstały na nim liczne, niewielkie polewy i nacieki. Brak śladów obrywów ze stropu po powstaniu zawalisk (grube pokrywy kalcytowe i stalagmity na zawaliskach). W zaułku wyczuwalny jest silny ciąg powietrza. Z Zetownika można poprzez Galerię Jerzy (Jerzego Bierońskiego) dotrzeć do końca głównego ciągu jaskini (Kutaśnik). Początkową część Galerii Jerzy można obejść Szczurami, niskim, zawaliskowym korytarzem. Tuż przed Kutaśnikiem przechodzi się pochylnią pod niebezpiecznym, spękanym i grożącym zawaleniem stropem. Spąg „Kutaśnika” pokrywa gęsty las niedużych, kilku-kilkunastocentymetrowej wysokości i kilkucentymetrowej średnicy stalagmitów. Strop pokryty jest kilkucentymetrowej długości makaronami. Podobnie jak w Partiach Białego Komina, w ścianach jaskini w Kutaśniku pojawiają się przewarstwienia łupków łyszczykowych. Koniec sali zamyka zawalisko, w którym dominuje zmielony łupek przemieszany z gruzem wapiennym. W zachodniej części Kutaśnika wchodzi się przez bardzo niebezpieczne, niestabilne zawalisko (Mikser) do niedużej salki (Salka Kominkowa), w której z kominków w stropie wypływają polewy naciekowe. Z Salki Kominkowej wchodzi się do freatycznej rury o średnicy od 0,5 do 2 m, wypełnionej w części osadami (Predator). W końcowej części ciąg skręca pod kątem prostym na południowy wschód, w tym miejscu spąg pokryty jest warstwą popękanej polewy kalcytowej o grubości około 1 cm. W końcowej części Predatora strop pokrywają pojedyncze, kuliste i jajowate nacieki o średnicy kilkanaście - dwadzieścia kilka cm. Część z nich odpadła od stropu i leży na spągu tworząc Gniazdo Predatora. Korytarz ten w końcowej części wypełniony jest osadami po strop, mimo tego wyczuwalny jest niewielki przepływ powietrza.

Jaskinia jest rezerwatem przyrody i jej zwiedzanie, poza udostępnioną częścią wymaga zezwolenia Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska i jest możliwe tylko w celu prowadzenia badań naukowych.
Jaskinia rozwinęła się w obrębie wapieni metamorfiku Śnieżnika, które tworzyły się około 570 milionów lat temu na przełomie wendu i kambru, a następnie uległy procesom metamorficznym (Don 1989a). Pierwsza faza intensywnego rozwoju krasu w obszarze Śnieżnika związana jest z oligoceńsko mioceńską powierzchnią zrównań (około 26 mln lat temu), kiedy nacięte zostały po raz pierwszy na dużej przestrzeni wapienie krystaliczne masywu Śnieżnika. Obejmowała ona przede wszystkim górne partie bloku marmurów Góry Połom. W pliocenie doszło do utworzenia następnej powierzchni zrównań. Procesowi temu, w ciepłym i wilgotnym klimacie towarzyszyło głębinowe wietrzenie chemiczne skał podłoża. Stwarzało to optymalne warunki rozwoju krasu na tym obszarze (Don 1989a). Być może w tym okresie powstawało środkowe piętro jaskini. Nadal otwarta pozostaje kwestia wieku piętra dolnego oraz odkrytych w 2012 roku partii. Być może zostały one utworzone po uruchomieniu systemu wywierzysk poniżej jaskini, czyli już na przełomie trzeciorzędu i czwartorzędu (Kozłowski 1989).
W jaskini występują dwa rodzaje osadów: allochtoniczne, złożone z obecnego lub kopalnego materiału rzecznego albo fluwioglacjalnego oraz autochtoniczne w postaci materiału gruzowo gliniastego i chemicznego powstałego wskutek wietrzenia mechanicznego, procesów grawitacyjnych i depozycji węglanów (Pulina 1989). Starsze pokrywy allochtoniczne to dobrze otoczone żwiry skał krystalicznych ze zlewni Kleśnicy tkwiące w osadach ilasto piaszczystych. Występują w spągu środkowego piętra jaskini oraz na ścianach partii wrocławskich w postaci scementowanych „jaskółczych gniazd”. Osady te różnią się od pozostałych silnym zwietrzeniem chemicznym i jaśniejszą barwą (Pulina 1989). Młodsza współczesna pokrywa żwirowa widoczna jest w łożyskach potoków dolnego piętra jaskini. Obok współczesnych, allochtonicznych osadów żwirowych, w jaskini zalegają także osady ilaste przetransportowane z zewnątrz w czasie wysokich stanów wód B.ądź przez wody przemywające osady wyżej położone. Osady pochodzenia miejscowego występują w środkowym poziomie jaskini. Niektóre fragmenty tej części jaskini zostały nimi wypełnione po strop (Sala Lwa do Korytarza Człowieka Pierwotnego). Ich miąższość nie została do końca zbadana (Pulina 1989). Osady autochtoniczne to głównie nie obtoczony gruz wapienny powstały wskutek wietrzenia. Spotyka się jednak również zagadkowe żwiry marmurów bardzo dobrze obtoczone o średnicy do kilkunastu centymetrów (Pulina 1989). Część osadów gruzowo ilastych zalega na podłożu wtórnym. Zostały one przetransportowane z miejsc pierwotnych (Korytarz Człowieka Pierwotnego, Korytarz Mis Martwicowych, Sala Pałacowa, Sala Niedźwiedzia) i osadzone poniżej (Sala Kuny, Salka Przejściowa, Sala Lwa). Osady na wtórnym podłożu zalegają także w sąsiadujących z Wielką Szczeliną korytarzach prowadzących do nowego dolnego piętra jaskini. W jaskini występują liczne blokowiska zaliczane także do osadów autochtonicznych. Niektóre z nich (za Zaułkiem Kaskad, w Rondzie, w Sali Szampańskiej, Sali Mastodonta, Sali Humbaków, Kutaśniku) skutecznie zamykają drogę do nie odkrytych części jaskini.
Osady Jaskini Niedźwiedziej były przedmiotem licznych badań (Pulina 1970, 1977, 1978, 1989; Wiszniowska 1970, 1976, 1978, 1980, 1989; Wysoczański Minkowicz 1969; Bosak 1980, 1989; Bieroński, Stefaniak, Hercman, Socha, Nadachowski 2009). Wprawdzie nie pozwoliły one na opracowanie pełnej stratygrafii osadów ale umożliwiły bardzo dokładnie określenie wieku serii gruzowej zawierającej liczne kości zwierząt plejstoceńskich. Na podstawie badań paleontologicznych i użycia metody fluoro chloro apatytowo-kolagenowej określono wiek tych kości na 11500 15000 lat. Osady starsze nie mają jednoznacznego datowania. Zostały one zaliczone do okresu interglacjału eemskiego i zlodowacenia środkowopolskiego (Wiszniowska 1970). Datowanie izotopową metodą Th230/U234 stalaktytu, pochodzącego prawdopodobnie z Kalcytowego Potoku wykazało wiek 180.000+21.00/-17.000 lat dla wewnętrznej warstwy (Głazek, Harmon 1981, 1985, Głazek 1986) co wskazuje, że jaskinia istniała już w stadium wadycznym w przedostatnim interglacjale.
W autochtonicznych osadach środkowego poziomu jaskini, a także na dnie Wielkiej Szczeliny i sąsiadujących z nią korytarzach prowadzących do nowego dolnego piętra jaskini licznie występują szczątki kostne fauny plejstoceńskiej. Zawartość paleontologiczną namulisk zbadała i oznaczyła T. Wiszniowska. Zawierają one szczątki: ryjówki aksamitnej (Sorex araneus), zębiełka karliczka (Crocidura suaveolens), nocka dużego (Myotis myotis), nocka Bechsteina (Myotis bechsteinii), nocka Natterera (Myotis nattereri), nocka wąsatka (Myotis mystacinus), nocka rudego (Myotis daubentonii), gacka wielkoucha (Plecotus auritus) bobra (Castor fiber), nornicy rudej (Clethrionomys glareolus), karczownika (Arvicola sp.), polnika (Microtus arvalis), sarny (Capreolus capreolus), dzika (Sus scrofa), kuny leśnej (Martes martes), lwa jaskiniowego (Panthera spelaea), wilka (Canis lupus), lisa (Vulpes vulpes), hieny jaskiniowej (Crocuta spelaea), niedźwiedzia jaskiniowego (Ursus spelaeus), niedźwiedzia brunatnego (Ursus arctos). W powierzchniowych warstwach osadów znaleziono także nie dające się oznaczyć szczątki ptaków. Prawie 90% materiału kostnego należy do niedźwiedzia jaskiniowego. Jest to zatem najbogatsza kolekcja kostna tego gatunku w Polsce (Wiszniowska 1989). W odkrytej w 2012 części jaskini, poza holoceńskimi szkieletami małych ssaków, znaleziony został do tej pory jedynie ząb trzonowy jelenia szlachetnego (Cervus elaphus). Jego wiek określony został na około 27 000 lat (informacja ustna od dr Krzysztofa Stefaniaka). W jaskini nie stwierdzono śladów pobytu ani działalności człowieka z paleolitu, jednak R. Paluch (1970) opisał dwa starte kły niedźwiedzia jaskiniowego twierdząc, że zostały one przemodelowane przez człowieka.
W jaskini powszechnie występują nacieki kalcytowe. Największe, najbardziej różnorodne ich nagromadzenie obserwujemy w środkowym poziomie jaskini (Sala Pałacowa, Korytarz Mis Martwicowych, Korytarz Stalaktytowy), w nowym dolnym piętrze (Korytarze Diamentowe, Kryształowe, Rondo, Korytarz Kalcytowego Potoku, Sala Szampańska) oraz w partiach odkrytych w 2012 roku (Sala Mastodonta, Sala Humbaków B.alkonik, Zaułek, Kutaśnik). Nacieki środkowego piętra i partii odkrytych w 2012 roku są bogato i różnorodnie ubarwione. Klasyfikacji morfologicznej nacieków kalcytowych w Jaskini Niedźwiedziej dokonał S. Zięba (1978). Wprowadza on podział kalcytowych nacieków stagnalitowych na cztery typy: pokrywy naciekowe (nacieki na ścianach, kaskady, misy martwicowe, „szczotki” kalcytowe, „jeżyki” B.ulaste wyrostki na dnie, perły jaskiniowe, długie i kruche włókna kalcytowe); stalaktyty (makarony rurki, normalne, zdeformowane, kuliste, heliktyty o zdeformowanej grubości, skręcone, listwowe draperie i zasłony); stalagmity (typowe, zdeformowane, zgrubiałe u góry, niskie i spłaszczone, rozgałęzione, kolumny); nacieki typu „kamiennego mleka” (pokrywy, nacieki kaskadowe, nawisy, pola ryżowe, misy martwicowe). Pokrywy nacieków kalcytowych tworzą się współcześnie. Ponieważ pokrywają one strop namulisk datowanych na ostatnią fazę würmu są to więc nacieki holoceńskie deponowane również w warunkach współczesnego mikroklimatu jaskini. Geneza nacieków kalcytowych jest związana z procesem przesycenia węglanami wód autochtonicznych infiltrujących z powierzchni marmurów, a także z procesem parowania (Pulina 1978).
Region krasowej cyrkulacji wody, w którym występuje Jaskinia Niedźwiedzia usytuowany jest w górnej części zlewni potoku Kleśnica. Zasadnicza strefa ponorowa rozpoczyna się od wysokości 840 m n.p.m, a podstawowa strefa wywierzyskowa zlokalizowana na wysokości 750 m n.p.m. W krasowym systemie jaskini krążą dwa rodzaje wód wody infiltracji pionowej z powierzchni stoków wapiennych i wody infiltracji poziomej z potoku Kleśnica. Ponory, którymi przedostają się do jaskini wody Kleśnicy o chłonności około 25 l/s, natomiast wydajność źródeł krasowych stanowiących podstawę drenażu wynosi ponad 10 l/s więcej co oznacza, że wywierzyska te otrzymują również wody infiltracji pionowej. W okresie wysokich stanów wód uruchamiane są kolejno wywierzyska położone na kilkumetrowej tarasie prawego zbocza doliny. W okresie bardzo wysokich stanów wód wydajność źródeł przekracza 200 l/s (Pulina 1989). W jaskini wody przepływają trzema systemami korytarzy. Potoki z Korytarzy Diamentowych i Kryształowych oraz Korytarza Wodnego łączą się w Rondzie i giną w strefie zawaliska niedostępnego dla człowieka. Trzeci potok w Meandrze ginie w strefie rumoszowej czołowej ściany korytarza. Kolejne dwa okresowe potoki płyną przy podwyższonym stanie wód, Korytarzem Błotnym w dolnym Piętrze Wrocławskim i niższą częścią Korytarza Błotnego Progu, w nowym dolnym piętrze. Wody infiltracji pionowej przedostają się do wnętrza wąskimi szczelinami, w środkowym piętrze wypełniają misy martwicowe, a następnie systemem szczelin i kominów spływają do dolnego poziomu zasilając podziemne przepływy Kleśnicy. Stwierdzone przepływy wód Kleśnicy w jaskini nie są zapewne jedynymi wodami infiltracji poziomej krążącymi w tym systemie krasowym.
Badania znacznikowe wód wykazały, oprócz istnienia lokalnego systemu krążenia, także istnienie odpływu wód podziemnych do innych zlewni, w tym również przepływ na południową stronę granicy państwa, pod głównym grzbietem masywu stanowiącym zarazem dział wodny zlewisk mórz Bałtyckiego i Czarnego. (Ciężkowski 1989). Wody krążące w marmurach oraz wody powierzchniowe mają zasadniczo różny skład fizyczno-chemiczny. Wody potoków niekrasowych są słabo zmineralizowane, o odczynie lekko kwaśnym, sporadycznie obojętnym lub zasadowym. Powoduje to ich dużą agresywność w stosunku do skał węglanowych. Właściwości fizykochemiczne wód podziemnych potoku Kleśnica są podobne do niekrasowych wód powierzchniowych. Mają one i do końca zachowują silną agresywność, są więc głównym czynnikiem tworzącym podziemne kanały. Wody infiltracji pionowej, w czasie przepływu z powierzchni, przez szczeliny krasowe i korytarze jaskiniowe, zdecydowanie zmieniają swe właściwości fizyczno chemiczne. Początkowo są słabo zmineralizowane i o odczynie kwaśnym, w trakcie przepływu gwałtownie zwiększają mineralizację aż do osiągnięcia i przekroczenia granic nasycenia. Dochodzi wówczas do częściowej depozycji nacieków kalcytowych, a wody wskutek nasycenia i braku wydajnych źródeł dwutlenku węgla, tracą swoje właściwości korozyjne (Pulina 1989).
Badania mikroklimatu jaskini wyróżniły w środkowym poziomie dwie strefy mikroklimatyczne: dynamiczną i statyczną. W strefie dynamicznej wyróżniono podstrefy: przyotworową i przejściową (Pulina 1970). W pierwszym okresie badań (1966 67) podstrefa przyotworowa sięgała ok. 30 m w głąb jaskini (do Sali Lwa). Charakteryzowały ją ujemne temperatury w okresie zimowym, dobowe wahania temperatury i wilgotności powietrza oraz roczne amplitudy od 20ºC przy otworze do 5°C w Sali Lwa. Zasięg podstrefy przejściowej obejmował część jaskini od Sali Lwa do Salki Kuny. Cechował ją zanik dobowych wahań temperatury, wilgotności powietrza, zmniejszenie rocznej amplitudy temperatury od 5°C do 1°C oraz wyrównanie przebiegu wilgotności względnej. Strefa statyczna występowała w głębi jaskini i obejmowała Korytarz Mis Martwicowych, Korytarz Człowieka Pierwotnego i Salę Pałacową. Roczna amplituda temperatury była tu przeciętnie niższa od 1°C, a temperatura powietrza wahała się między 5°C a 6°C. Wyrównany był również przebieg wilgotności względnej. Wykonane w latach następnych pełne zamknięcie otworu wejściowego i budowa śluz wewnętrznych między Biwakiem a Korytarzem Człowieka Pierwotnego i Biwakiem a Salą Pałacową spowodowały znaczną zmianę mikroklimatu. Uległa redukcji podstrefa przyotworowa a powiększyła się jej kosztem podstrefa przejściowa. Strefa statyczna objęła również Biwak. Ujemne temperatury występowały już tylko do 3 m od otworu. W części przyotworowej dobowe amplitudy temperatury uległy znacznemu zmniejszeniu a amplituda roczna 1976 r nie przekroczyła 11°C. Najwyższe średnie temperatury powietrza w strefie statycznej wynosiły 5,4 5,6°C, a wilgotność względna powietrza wynosiła 94 100%. Stwierdzone zmiany w zasięgu stref wskazywały na powrót mikroklimatu do stanu pierwotnego (Kwiatkowski, Piasecki 1988). Badania mikroklimatu środkowego poziomu jaskini w ostatnich latach wykazały średnie roczne podwyższenie temperatury o ok 1°C i obniżenie wilgotności względnej powietrza o 2%. Nastąpiła także pewna destabilizacja warunków termiczno wilgotnościowych w obrębie strefy statycznej. Roczna amplituda temperatury przekroczyła tu 1°C i wilgotności względnej do 9%. Zdaniem J. Piaseckiego oznacza to, że pierwotnie statyczny mikroklimat tej części jaskini zmierza ku zmianie na dynamiczny. Wykazane zmiany wiążą się z udostępnieniem środkowego poziomu dla turystyki. Dynamika przepływu powietrza między doliną Kleśnicy a jaskinią jest stosunkowo niewielka. W środkowym i górnym poziomie występuje on w kominowej części zawaliska za Galerią i w końcowym fragmencie Korytarza Wodnego, w dolnych Partiach Wrocławskich w okolicy Salki z Wodospadem a w nowym dolnym piętrze w zawaliskach lewego i prawego Wąsa za Korytarzem Diamentowym i Kryształowym. Wewnętrzna cyrkulacja powietrza jest najbardziej intensywna w Korytarzu Wichrowym w nowym dolnym piętrze. Przekształcenie mikroklimatu nie nastąpiło w dolnym horyzoncie jaskini. Panuje tam nadal mikroklimat zbliżony do pierwotnego a jego parametry odpowiadają strefie statycznej środkowego poziomu, przed przekształceniem. Od 1991 r. działa przy jaskini stacja naukowa. Ważnym segmentem jej prac są badania mikroklimatu jaskini prowadzone przy użyciu nowoczesnej aparatury pomiarowej. Zainstalowana w jaskini sieć pomiarowa przekazuje do automatycznej rejestracji dane dotyczące elementów mikroklimatycznych.
Badania geobotaniczne w otoczeniu jaskini prowadzono już od pierwszych lat naszego stulecia (T. Schube 1903 O. Ludwig 1923 i in. - za J. Fabiszewskim 1989). Od początku lat 60-tych badania prowadzi J. Fabiszewski (1968, 1970, 1989) i A. i W. Matuszkiewiczowie (1973).
Systematyczne badania faunistyczne w masywie Śnieżnika rozpoczął w latach trzydziestych XX w. F. Pax. Po wojnie badania biospeleologiczne m.in. na tym terenie podjął K. Kowalski. W latach 1966 73 badania prowadzili: M. Czajka Z. Hajduk S. Humiński A. Ogorzałek, J.R. Pomorski A. Skalski T. Wiszniowska i B.W. Wołoszyn. Stan fauny już w okresie badań znacznie odbiegał od stanu naturalnego, obserwowanego w innych jaskiniach Sudetów. Powodem było oddzielenie strefy jaskini od naturalnego biotopu okolic jaskini spowodowane przygotowaniem do eksploatacji złoża (zdjęcie nadkładu) oraz odizolowanie jaskini od powierzchni drzwiami, śluzami, pawilonem wejściowym. W bezpośrednim otoczeniu jaskini znaleziono liczną faunę ślimaków: świdrzyki (Laciniaria plicata, Laciniaria biplicata, Cochlodina laminata, Iphigena plicatula), ślimakowate (Helicigona lapicida), ślimaki skorupkowe z rodziny przezrotkowatych (Vitriniidae) i szklarkowatych (Zonitidae). W okolicy jaskini występuje też rzadki gatunek kosarza (Ischyropsalis hellwigi hellwigi Sanocka Wołoszyn 1973). W starych i nowych dolnych ciągach J.R. Pomorski stwierdził występowanie Onychiurus sibiricus, Arhopallites pygmaeus, Neelus minimus, Schaefferia emucronata, a w części przyotworowej skoczogonka (Tetrodontophora bielanensis). Z owadów uskrzydlonych w jaskini występują muchówki (Diptera) chruściki (Trichoptera) i łuskoskrzydłe (Lepidoptera) (Hajduk, Ogorzałek 1970). W jaskini występuje sześć gatunków pająków, z których dwa (Leptyphantes monticola, Maso sundevalii) w pobliżu otworu głównego, pozostałe cztery wewnątrz jaskini (Czajka, Hajduk 1978). Z ssaków najliczniej reprezentowane są nietoperze, głównie nocek duży (Myotis myotis), następnie mopek (Barbastella barbarstellus), nocek rudy (Myotis daubentonii), gacek wielkouch (Plecotus auritus) (Wołoszyn 1968). W ostatnich latach pojawiają się w jaskini nieliczne okazy nocka Bechsteina (Myotis bechsteinii). W faunie subfosylnej (Wołoszyn 1968) gatunek ten był najliczniej reprezentowany. W 1968 r. w dolnej części jaskini znaleziono dwa okazy ryjówki górskiej (Sorex alpinus) (Hajduk, Humiński, Ogorzałek 1969). W materiałach subfosylnych jaskini szczątki ryjówki opisał Wołoszyn (1968). W materiałach tych spotyka się także często kości kuny (Martes martes). W nowych dolnych partiach A. Skalski stwierdził w zbiorniku wodnym występowanie studniczka tatrzańskiego (Niphargus tatrensis).

Badania geomorfologiczne, hydrologiczne i hydrochemiczne prowadził na tym obszarze krasowym M. Pulina pod koniec lat pięćdziesiątych i na początku lat sześćdziesiątych (Pulina 1964). Po odsłonięciu otworu jaskini, w listopadzie 1966 r., pod kierunkiem A. Jahna, zespół pracowników naukowych Uniwersytetu Wrocławskiego prowadził badania geomorfologiczne i paleontologiczne. W 1967 r. w trakcie letniego obozu badawczego z udziałem studentów geografii i biologii Uniwersytetu Wrocławskiego prowadzono prace wykopaliskowe w namuliskach Sali Niedźwiedzia, Sali Lwa (Pulina 1970, Wiszniowska 1970). Badania w ramach letnich obozów naukowych kontynuowano do 1970 r., prowadząc wykopaliska między Salą Lwa a Salą Kuny i w Korytarzu Człowieka Pierwotnego (Pulina 1970, Wiszniowska 1978). W zlewni Kleśnicy prowadzono badania geomorfologiczne (Pulina 1970, 1977, 1978), hydrograficzne (Komar 1978) hydrochemiczne (Pulina 1978), klimatologiczne (Kwiatkowski i in. 1978), zoologiczne (Czajka, Hajduk 1978; Hajduk, Ogorzałek 1970, 1978) botaniczne (Fabiszewski 1970), geofizyczne (Jodłowski 1979). W latach 1969 71 badania hydrologiczne i klimatyczne pod kierunkiem A. Jahna prowadzono w oparciu o zorganizowaną sieć pomiarową. Badania geofizyczne wykonane zostały w 1969 (Jodłowski 1989), i w latach 1977 78 (Mroczkowska, Kozłowska, Jodłowski 1978), a następnie plany i pomiary wysokościowe S. Cacoń z Akademii Rolniczej we Wrocławiu z zespołem Koła Naukowego Geodetów (Cacoń, Gęzikiewicz 1977; Cacoń, Mąkolski 1989). Wyniki badań opublikowano w dwóch tomach "Jaskinia Niedźwiedzia w Kletnie pod redakcją A. Jahna 1970, 1978, w pracy T. Wiszniowskiej (1976) o niedźwiedziu jaskiniowym, w rozprawach o krasie Sudeckim (Pulina 1964, 1977). Wyniki badań mikroklimatu jaskini i doliny Kleśnicy uzyskane przez J. Kwiatkowskiego opublikowano w rocznikach Kras i Speleologia z 1978 i 1980 r. (Kwiatkowski i in. 1978, Kwiatkowski 1980). Inicjatorem dalszych prac badawczych był naukowy komitet opiekuńczy Jaskini Niedźwiedziej powołany przez Państwową Radę Ochrony Przyrody na początku lat siedemdziesiątych. W wyniku współpracy naukowego komitetu opiekuńczego i Českiej Speleologickiej Společnosti podjęte zostały wspólne badania hydrologiczne, morfologiczne i geologiczne (Ciężkowski, Pulina, Řehák 1986; Don 1989). W latach 1982 1985 W. Ciężkowski prowadził badania znacznikowe wód (Ciężkowski i in. 1982, 1985, 1986, 1987). Opracowaniem sumującym efekty badań naukowych jest tom „Jaskinia Niedźwiedzia w Kletnie badania i udostępnianie” pod redakcją A. Jahna S. Kozłowskiego T. Wiszniowskiej wydany przez Ossolineum Wrocław w 1989 r. Od 1991 zespół naukowy realizuje temat badawczy „Monitorowanie zmian przyrodniczych masywu Śnieżnika (po polskiej i czeskiej stronie) w warunkach antropopresji ekologicznej”. Prace te prowadzi się również w Jaskini Niedźwiedziej. W roku 2021 Sobczyk i Szczygieł przedstawili wyniki badań tektonicznych, a następnie przeprowadzono badania paleosejsmiczne, badania deformacji korytarzy i nacieków w kontekście procesów geodynamicznych, a także badania uwarunkowań geologicznych rozwoju jaskini (Szczygieł J. i in. 2021, 2022).

Otwór Jaskini Niedźwiedziej został odsłonięty przy eksploatacji marmuru, w październiku 1966 r. Wstępnej penetracji dokonał zespół kierowany przez M. Pulinę i M. Ciężkowskiego. Do końca 1966 r. odkryto Wielką Szczelinę i sąsiadujące z nią ciągi o długości około 200 m. 3.12.1967 r. zespół: A. Piesiewicz M. Pulina T. Wiszniowska odkrywa najważniejsze ciągi środkowego poziomu Salę Pałacową, Korytarz Człowieka Pierwotnego, Korytarz Mis Martwicowych i korytarze przyległe. Odkryta długość jaskini wzrosła do około 400 m. W latach 1968 i 1969 przy udziale grotołazów z AKT we Wrocławiu (Ostromęcki 1967) odkryto stare Wrocławskie Piętro i przedłużenie Korytarza Wodnego odgałęzienia Sali Pałacowej. W grudniu 1971 r. długość jaskini przekroczyła 800 m. W styczniu 1972 r. grupa speleologów ze Stronia wykonała wykop w Wielkiej Szczelinie. W dniach 26 29.01.72 zespół J. Bieroński Z. Dumański K. Łukasiewicz, J. Panek M. Pulina, J. Sądej odkrywa około 1000 m nowych dolnych partii co powiększa długość jaskini do 1800 m. W 1973 r. odkryto Buduar za Taflami (Dumański, Łukasiewicz, Sądej, Trumpus). W 1975 r. eksploracja Korytarza Błotnego Progu, odkrycie Sali Dziwnej (Łukasiewicz, Sądej, Trumpus), eksploracja Komina Maurycego (Sekcja Grotołazów, Wrocław). W latach 1977 91 zespoły eksploracyjne (SG AKT Wrocław, Speleoklub Dąbrowa Górnicza, Speleoklub Warszawa, Sekcja Speleologiczna PTTK Stronie Śląskie) prowadziły prace w zawalisku w Rondzie, Sali Szampańskiej, rejonie Wielkiej Szczeliny, Zawalisku za Galerią odkrywając kolejne fragmenty jaskini. W 1992 r. T. Natanek i P. Potok pracowali w Galerii nad Salą Szampańską odkrywając drugi 30 m komin. W latach 1992 1993 zespół D. Data T. Natanek P. Potok P. Skorulski D. Wyleciał podjął eksplorację trudnego problemu w meandrze. W 1991 r. odbyło się nurkowanie (Wnorowski) w Wodnym pod Rondem i przejście ponad 10 m Syfonu. W 1994 r. długość jaskini wynosiła 2230 m.
W 2010 roku zespół speleologów z Sekcji Grotołazów Wrocław oraz Sekcji Speleologicznej Niedźwiedzie rozpoczął nowy etap prac eksploracyjnych w Jaskini Niedźwiedziej. W Korytarzu Wodnym pod Rondem, po roku prac odkryta została wewnątrz niestabilnego zawaliska nieduża salka. Równocześnie prowadzone były prace kartograficzne obejmujące swoim zasięgiem całą jaskinię a mające na celu zaktualizowanie planu oraz dokładne sprawdzenie jaskini pod kątem znalezienia nowych przodków eksploracyjnych i rozwiązania starych problemów. 4.01.2012 r., na końcu Lewego Wąsa w Korytarzu Kryształowym, po wspięciu trudnej i niebezpiecznej szczeliny (Krasowe Urwisko) i zrzuceniu zaklinowanego w jej stropie zawaliska, odkryte zostaje przejście do nowych partii (Gang Zdzicha). 2.05.2012 r., po pokonaniu Gilotyny odkryta zostaje Sala Mastodonta. 8.09.2012 odkryty zostaje ciąg od Drezna przez Rozdroże, Salę Piętrową, Salę Hekate, Salę Humbaków, Zaułek, Zetownik, Galerię Jerzy do Kutaśnika. 9.09.2012 r. odkryte zostaje dolne piętro nowych ciągów: Biwak, Metro, Hades. W ciągu tych dwóch dni poznany zostaje ponad kilometr nowych ciągów Jaskini Niedźwiedziej. Równocześnie rozwiązywane są, najczęściej negatywnie, historyczne problemy eksploracyjne w Jaskini (m.in. Buduar).

Plan jaskini według planów i pomiarów M. Puliny (1970, 1989) S. Caconia K. Mąkolskiego (1989), i P. Potoka (niepublikowany) zestawił i opracował T. Rojek (1996) bez uwzględnienia betonowych ścieżek, wykonanych podczas prac udostępniających jaskinię dla ruchu turystycznego. Nowy plan jaskini według pomiarów SGW i SSN opracowali: A. Haczek i S. Kostka, kreślił S. Kostka.

Hajduk Z., Ogorzałek A. 1967 (opis, materiał kostny); Igielski W. 1967 (informacja o odkryciu); Ostromęcki A. 1967 (informacje o jaskini i jej opis); Wiszniowska T. 1967 (doniesienie o znaleziskach paleontologicznych); Igielski W.i in. 1968 (informacje i opis jaskini); Hajduk Z., Wiszniowska T. 1968 (wyniki badań fauny); Pulina M. 1968 (opis i plan); Pulina M., Hajduk Z., Ogorzałek A. 1968 (opis); Hajduk Z. i in. 1969 (o występowaniu ryjówki górskiej Sorex alpinus schinz. (1837); Lenar J. 1969 (podaje jako najdłuższą w Sudetach); Pulina M. 1969 (informacja o nowych odkryciach); Wysoczański Minkowicz T. 1969 (oznaczanie wieku bezwzględnego kości kopalnych); Zarz. Ochr. 1969 Urz. WRN we Wrocławiu nr 25, poz. 180 (ustanowienie Jaskini Niedźwiedziej pomnikiem przyrody); Fabiszewski J. 1970 (charakterystyka geobotaniczna otoczenia jaskini); Hajduk Z., Ogorzałek A. 1970 (wyniki badań faunistycznych); Jahn A. (red.) 1970 (monografia jaskini); Paluch R. 1970 (ślady pobytu człowieka); Pulina M. 1970 (wyniki badań nad środowiskiem geograficznym); Pulinowa M., Pulina M. 1970 (analiza spękań tektonicznych); Skalski A.W. 1970 (opis kiełży); Wiszniowska T. 1970 (wyniki badań fauny kopalne); Cacoń S. 1972 (o pomiarach jaskini); Czajka M., Hajduk Z. 1972 (o znalezieniu nowych gatunków pająków); Zubek A. 1972 (jaskinia jako obiekt turystyczny); Matuszkiewicz W., Matuszkiewicz A. 1973 (charakterystyka flory wokół jaskini); Pulina M. 1973 1973a (opis nowych odkryć); Pulina M. 1974 (problemy hydrochemizmu jaskini i dol. Kleśnicy); Aleksandrowicz Z., Drzał M., Kozłowski S. 1975 (wymieniają w katalogu rezerwatów przyrody); Bieroński J., Pulina M. 1975 (wymieniają w kontekście eksperymentalnych badań geomorfologicznych); Pulina M. 1975 (o potrzebie ochrony krasu i jaskiń w Sudetach); Wiszniowska T. 1976 (opis niedźwiedzia jaskiniowego); Wójcik Z. 1976 (wzmiankuje); Cacoń S., Gęzikiewicz R. 1977 (badania geodezyjne); Kozłowski S. 1977 (działalność naukowego komitetu opiekuńczego jaskini); Pulina M. 1977 (plan, opis, wyniki badań); Zarz. Ochr. 1977 MLIPD z dnia 21.07.1977. Monitor Polski nr 19, poz. 107, § 2 z dnia 08. 08. 1977 O ustanowieniu rezerwatu "Jaskinia Niedźwiedzia" w Kletnie; Ciężkowski M. 1978 (pomiary stężenia niektórych gazów i radioaktywności); Czajka M., Hajduk Z. 1978 (opis pajęczaków); Jahn A. (red.) 1978 (zbiór nowych wyników badań); Jahn A. 1980 (cechy morfologii masywu i jej wiek); Kwiatkowski J., Stopka R., Szczepańska Z. 1978 (opis klimatu doliny Kleśnicy) ; Martynowski Z., Mazurski K.R. 1978 (opis jaskini); Pulina M. 1978 (badania geomorfologiczne w dolinie Kleśnicy); Wiszniowska T. 1978 (informacja o Panthera spelaea); Zięba S. 1978 (zdjęcie morfologiczne Sal Pałacowych); Chanas R., Czerwiński J. 1979 (opis jaskini); Bosak P. 1980 (stratygrafia osadów w Sali Lwa); Kwiatkowski, J. 1980 (zmiany mikroklimatu); Mikuszewski, J. 1980 (opis sepiolitu); Mroczkowska B. 1980 (badania hydrogeochemiczne masywu Śnieżnika); Kozłowski S. 1980 (problematyka ochrony jaskini); Madera E. 1979 (kras masywu Śnieżnika); Wiszniowska T. 1980 (wzmiankuje o faunie); Bac Bronowicz J., Kaczałek M. 1981 (problematyka geodezyjno-fotogrametryczna obrazowania kształtu jaskini); Ciężkowski M., Ciężkowski W. 1981(wzmiankuje w kontekście wód radonowych); Głazek J., Harmon R.S. 1981 (wyniki datowań nacieku); Kosiński W., Setkowicz B., Trojanowski J. 1981 (wzmiankują w kontekście zagospodarowania masywu). Bosak P., Horacek J. 1982 (osady); Ciężkowski W., Dumański Z. 1982 (wstępne wyniki badań przepływów); Madera E. 1982 (zjawiska krasowe Masywu Śnieżnika); Kryza H. 1983 (hydrologia masywu); Ciężkowski W., Madera E. 1985 (znacznikowe badania przepływów); Ciężkowski W. i in. 1985 (badania przepływów). Ciężkowski W., Gębala S. 1985 (metoda badań i przepływy podziemne); Głazek J. 1985 (badania wieku nacieków); Głazek J., Harmon R.S. 1985 (oznaczenie wieku nacieków metodą izotopową); Cacoń S. i in. 1986 (badania deformacji masywu); Ciężkowski W. i in. 1986 (wyniki polsko-czeskich badań krasu masywu); Głazek J., Szynkiewicz A. 1987 (osady krasowe); Ciężkowski W., Kryza J. 1987 (wymieniają w kontekście naturalnych znaczników przy badaniach przepływów podziemnych); Bieroński J. 1988 (hydrologia zlewni Kleśnicy); Cacoń S. i in. 1989 (badania deformacji masywu jaskini); Cacoń S., Mąkolski K. 1989 (o pomiarach geodezyjnych); Ciężkowski W. 1989 (badania hydrogeologiczne); Don J. 1989 (o budowie geologicznej); Fabiszewski J. 1989 (szata roślinna otoczenia jaskini); Jodłowski S. 1989 (badania geofizyczne otoczenia jaskini); Kozłowski S. 1989 (budowa geologiczna otoczenia jaskini); Kwiatkowski J., Piasecki J. 1989 (mikroklimat jaskini); Ogorzałek A. 1989 (współczesna fauna jaskini); Pulina M. 1989a (historia odkrycia i badań); Pulina M. 1989b (środowisko geograficzne jaskini); Wiszniowska T. 1989 (opis kopalnej fauny); Bosak P. 1989 (późnoczwartorzędowe osady); Kozłowski S. 1989 (Historia udostępniania i ochrony jaskini); Bieroński J. i in. 1991 (nowo odkryte jaskinie); Cacoń S. i in. 1993 (Ocena wpływu działalności kamieniołomu marmuru w Kletnie na Jaskinię Niedźwiedzią); Ciężkowski W., Przylibski T., Sobina M., Złoch K. 1994 (222-Radon w Jaskini Niedźwiedziej); Hercman H. i in. 1995 (Datowanie uranowe nacieków); Cacoń S. i in. 1996 (Deformacje górotworu Jaskini Niedźwiedziej); Jahn A.i in. (red.) 1997 (Masyw Śnieżnika - zmiany w środowisku przyrodniczym); Jaskinie Sudetów 1996 (Plan i opis inwentarzowy); Migoń P. 1996 (Zarys rozwoju geomorfologicznego); Piasecki J. 1996 (Przyczyny zmian klimatu Jaskini Niedźwiedziej); Przylibski T. 1996 (Zmienność koncentracji radonu w powietrzu Jaskini Niedźwiedziej); Wiszniowska T., Bieroński J., Pakiet M. 1996 (Paleoekologia Masywu Śnieżnika); Piasecki J. 1996 (Warunki termiczne w Jaskini Niedźwiedziej); Bieroński J. 1998 (Model obiegu wody w szczelinowo - krasowym wodonoścu Jaskini Niedźwiedziej); Nikiel B., Pukowski J. 1998 (Biały Kamień. Historia eksploracji); Przylibski T., Piasecki J. 1998 (Radon jako naturalny wskaźnik ruchu powietrza w Jaskini Niedźwiedziej); Przylibski T., Ciężkowski W. 1999 (Sezonowe zmiany koncentracji radonu); Mąkolski K., Kaczałek M. 2000 (Dynamika deformacji mas skalnych); Buřič Z., Furmankiewicz J., Telatyński S. 2001 (Jaskinia Niedźwiedzia jako jedno z najcenniejszych stanowisk nietoperzy na Dolnym Śląsku); Nikiel B., Pukowski J. (red.) 2001 („50” w Białym Kamieniu); Staśko S., Tarka R. 2001 (Wody podziemne); Duliński M. i in. J. 2002 (Skład izotopowy węgla w stalagmicie JN-4 z Jaskini Niedźwiedziej); Gradziński M., Szelerewicz M., Urban J. 2002 (Skład izotopowy węgla w stalagmicie JN-4 z Jaskini Niedźwiedziej); Pflitsch A., Piasecki J. 2003 (Detekcja przepływu powietrza); Piasecki J., Pflitsch A., Łękarski T. 2003 (Cyrkulacja powietrza w Jaskini Niedźwiedziej); Cacoń S. 2006 (Geodeci w Jaskini Niedźwiedziej); Ciężkowski W. (red) 2006 (40 lat eksploracji, badań, ochrony i turystyki); Data D. 2006 (Ostatnich kilkanaście lat w eksploracji Jaskini Niedźwiedziej); Furmankiewicz J. 2006 (Badania nietoperzy); Krawczyk W. 2006 (Badania hydrochemiczne); Stefaniak K., Socha P. 2006 (Badania paleontologiczne); Stefaniak K., Socha P., Kołacz M. 2006 (Badania teriologiczne); Zawierucha L. 2006 (Eksploracja ponoru Biały Kamień i Starego Wywierzyska); Bieroński J., Socha P., Stefaniak K. 2007 (Jaskinia Niedźwiedzia); Bieroński J., Socha P., Stefaniak K. 2007 (Jaskinie Masywu Śnieżnika Kłodzkiego); Piasecki J. 2007 (Obserwatorium przy Jaskini Niedźwiedziej); Piasecki J., Sawiński T. 2007 (Klimat); Furmankiewicz J., Hebda G., Furmankiewicz M., Klodek R., Jabłońska J., Jabłoński J., Mielcarek K., Duma K. 2008 (Nietoperze rezerwatu przyrody „Jaskinia Niedźwiedzia”); Mąkolski K., Cacoń S., Jamroz O., Kostak B., Kaczałek M. 2008 (Badania stabilności górotworu); Nadachowski A., Lipecki G., Stefaniak K., Lorenc M., Wojtal P. 2008 (Ewidencja datowań radiowęglowych); Bieroński J., Stefaniak K., Hercman H., Socha P., Nadachowski A. 2009 (Analizy paleograficzne i paleoekologiczne osadów); Migoń P. 2009 (Geomorfologia krasu); Piasecki J., Sawiński T. 2009 (Jaskinia Niedźwiedzia w środowisku klimatologicznym doliny Kleśnicy); Zagożdżon P.P., Zagrodny K. 2009 (Cyfrowe modelowanie Jaskini Niedźwiedziej); Niedbała A., Sawicki A. 2011 (Jaskinia Niedźwiedzia - perła polskich Sudetów); Ciężkowski W. 2012a, (Jaskinia Niedźwiedzia w liczbach); Ciężkowski W. 2012b (Kalendarium Jaskini Niedźwiedziej); Data D. 2012 (Kolejne lata eksploracji Jaskini Niedźwiedziej przez Sekcję Speleologiczną „Niedźwiedzie”); Haczek A. i in. 2014 (Partie odkryte po roku 2012); Kostka S. 2012 (Odkrycie nowych partii); Marciszak A., Ślimakowska M. 2012 (Nowe badania i dane o niedźwiedziu jaskiniowym); Piasecki J. 2012 (Tajemnice klimatu Jaskini Niedźwiedziej); Pokorny J. 2012 (Storczykowate rezerwatu „Jaskinia Niedźwiedzia”); Przylibski T. 2012 (Badania promieniowania jonizującego w Jaskini Niedźwiedziej); Rzerzycki T. 2012 (Błędy i wypaczenia dziejów Jaskini Niedźwiedziej); Stefaniak K., Szefer-Michalak S. 2012 (Działalność w latach 2006-2011 zespołu opiniodawczo-doradczego); Szefer-Michalak S. 2012a (Rezerwat Przyrody Jaskinia Niedźwiedzia); Szefer-Michalak S. 2012b (Zasady użytkowania Jaskini Niedźwiedziej); Szynkiewicz A. 2012 (Próbne badania georadarowe); Wulicz R. 2012 (Nowe kadry przewodnickie w Jaskini Niedźwiedziej); Zagożdżon P.P., Zagrodny K 2012 (Uproszczony cyfrowy model Jaskini Niedźwiedziej oraz jej geologicznego otoczenia); Baca M., Mackiewicz P., Stankovic A., Popović D., Stefaniak K., Czarnogórska K., Nadachowski A., Gąsiorowski M., Hercman H., Węgleński P. 2014 (DNA i datowania szczątków niedźwiedzia jaskiniowego); Furmankiewicz J. 2014 (Zimowiska nietoperzy w jaskiniach i sztolniach polskiej części Masywu Śnieżnika); Marciszak A. 2014 (Fauna kopalna Jaskini Niedźwiedziej); Sobczyk A., Szczygieł J. 2021 (badania kinematyki uskoków przecinających jaskini); Szczygieł J. i in. 2021 (badania paleoseismologiczne, badania deformacji korytarzy i nacieków w kontekście procesów geodynamicznych); Szczygieł J. i in. 2022 (badania uwarunkowań geologicznych rozwoju jaskini).

Pulina M. 1964 (kras w dolinie Kleśnicy przed odkryciem jaskini); Iciek A. i in. 1969 (wyniki przeprowadzonych badań geoelektrycznych); Jodłowski S. i in. 1969 (wyniki badań elelektrooporowych w górze Stromej w Kletnie); Magiera W., Dulębowski, J. 1973 (zagospodarowanie turystyczne jaskini); Plewako W. 1974 (projekt adaptacji do ruchu turystycznego); Ciężkowski W., Kryza H., Łękarski T., Piasecki J., Staśko S. 2000 (Inwentaryzacja hydrologiczna); Zagrodny K. 2008 (Przestrzenny model budowy geologicznej górotworu w rejonie zlóż marmuru Kletno II i Kletno IV).