Jaskinia znajduje się na terenie Tatrzańskiego Parku Narodowego – dojście i zwiedzanie jest możliwe tylko po uzyskaniu zezwolenia Dyrekcji Parku. Od skrzyżowania czarnego szlaku (ścieżka nad Reglami) z drogą biegnącą dnem Doliny Chochołowskiej, idziemy w górę doliną około 130 m do pierwszego łagodnego zakrętu w lewo. Za zakrętem skręcamy z drogi w lewo, przechodzimy stare koryto potoku kierując się pod niewysoką, obrośniętą świerkami skałkę u podnóża której znajduje się otwór jaskini. Otwór widoczny jest z drogi biegnącej dnem doliny. Dojście bez trudności, zwiedzanie łatwe.

Otwór główny ma szerokość 2 m, a wysokość max. 0,8 m. Obok niego występują dwa inne, ciasne otwory. Z otworu schodzimy przez 2 metrowy próg do obszernej komory wstępnej o długości około 15 m i wysokości około 2 m. W końcowej części komory strop obniża się, a po obu stronach występują półki wysokości około 0,5 m. Na stropie można obserwować formy erozyjne w kształcie noży. Skręcamy w prawo w korytarz o długości około 20 m i płaskim dnie (tzw. Długi Korytarz). Po około 5 m przecina go poprzeczna szczelina o kierunku W-E, tworząca korytarz z jeziorkiem łączący się w części wschodniej z innym korytarzem o przebiegu S-N. Idziemy dalej, po około 5 m w lewo odchodzi myty korytarz łączący się (podobnie jak korytarz z jeziorkiem) w kierunku E z wzmiankowanym już korytarzem.

Długim Korytarzem posuwamy się dalej w kierunku S około 10 m. Zakończony jest on korytarzykami okrążającymi filar, który obchodzimy i wracany idąc w kierunku komory wstępnej. Po około 10 m skręcamy w prawo we wspomniany już korytarz o okrągłym przekroju, następnie w lewo, mijamy rozwinięty na ukośnej szczelinie korytarz z jeziorkiem i po kilku załamaniach skręcamy w prawo. W początkowej części korytarz ma charakter zawaliskowy, po 7 m przechodzimy syfon piaszczysty, następnie zacisk i korytarz skręca w lewo. Po około 6 m dochodzimy do korytarza rozwiniętego na szczelinie o kierunku SW-NE, którym możemy przedostać się ku NE 8 m. Natomiast w kierunku SW po przejściu 6 m, korytarz skręca w lewo i po dalszych 4 m wracamy do przebytego już korytarza o zawaliskowym charakterze, doprowadzającego do syfonu piaszczystego. Wracając z tego miejsca możemy skręcić w prawo i krótszą od poznanej drogą dochodzimy do końcowych partii komory wstępnej.

Jaskinia rozwinięta w wapieniach malmo-neokomu serii wierchowej brzusznego skrzydła jednostki Świerkul, na spękaniach ciosowych, których przeważający kierunek na tym obszarze jest SW-NE (Jaroszewski 1957). Do 1948 r. była jaskinią przepływową (Zwoliński 1961). Po powodzi w 1948 r. Potok Chochołowski przerzucił się na lewą stronę doliny.

Namulisko w jaskini jest bardzo zróżnicowane, miejscami go brak. Gruz wapienny i bloki wapienne występują w części przyotworowej, w końcowej części Długiego Korytarza oraz w korytarzach łączących komorę wstępną z syfonem piaszczystym, a także w zakończeniach większości korytarzy. W części przyotworowej i w końcowych partiach Długiego Korytarza występują żwiry identyczne pod względem składu jak w Potoku Chochołowskim, zawierające skały krystaliczne (Wójcik 1966a). Generalnie namulisko jest gliniasto-pylaste, największą miąższość osiąga w środkowej części komory wstępnej - około 1 m (Hałat 1978, mat. arch. ).

Jaskinia jest bardzo mokra, położona bezpośrednio pod powierzchnią terenu. Występuje w niej jedno stałe jeziorko. Okresowo jest zalewana, o czy świadczą szczątki roślinne - gałęzie, igły i mchy naniesione przez wodę i osadzone na ścianach i stropie jaskini.

Jaskinia w całości ulega przemarzaniu. Dziura nad Potokiem charakteryzuje się mikroklimatem dynamicznym.

Światło sięga do końca komory wstępnej. Poza otworem roślinności zielonej brak. Opracowana przez T. Bielską lista roślinności przyotworowej obejmuje następujące gatunki kwiatowe: Chrysosplenium alternifolium L., Viola biflora L., Campanula polymorpha Witasek, Galium anisophyllum Vill., Saxifraga aizoon Jacq., Luzula nemorosa E. Mey, Poa nemoralis L., Cardamine pratensis L., Arabis arenosa Scop., Valeriana tripteris L., Adoxa. moschatellina L., Stellaria nemorum L.,

paproć Cystopteris fragilis Bernh.

mszaki (oznaczone przez J. Mickiewicz): Distichium montanum Hag., Drepanocladus uncinatus Warnst;., Ptilium crista castrensis (Hedw. ) De Not, Brachythecium rutabulum /L./ (Hedw. ) Schimp., Thuidium delicatum (L. ) Mitt., Mnium affine Bland., Mnium orthorrynchum auct.,

wątrobowce: Pellia epiphylla (L. ) Corda., Lophocolea heterophylla (Schrad) Dum.

W komorze wstępnej występują troglokseny a dalej owady bezskrzydłe. Kowalski (1955a) wymienia następujące gatunki:

Trichoptera – Stenophylax permistus Mc Lachlan.

E. Sobiepanek znalazła w Dziurze nad Potokiem następujące gatunki:

Opiliones – Ischyropsalis manicata, Gyas annulatus, Paramenastoma kochi;

Lepidoptera – Triphosa dubitata, Scoliopteryx libatrix;

Kompleksowe badania Dziury nad Potokiem w ramach pracy magisterskiej prowadził A. Hałat (1978 – mat. arch. ) w latach 1976–1977. Wykonał on między innymi badania geomorfologiczne jaskini sporządzając też plan i szereg przekrojów. Członkowie Sekcji Speleologicznej SKNG UAM Poznań prowadzili pod kierunkiem Z. Zwolińskiego (Instytut Badań Czwartorzędu UAM Poznań) około roku 1980 kartowanie geomorfologiczne, wykonując własny plan jaskini. Badaniami lodu krystalicznego i jego struktury w Dziurze nad Potokiem zajmowali się M. Z. Pulinowa i M. Pulina (1972). Badania fauny przeprowadził K. Kowalski (1953a, 1955a). E. Sobiepanek prowadziła badania fauny jaskiniowej w dniu 2.09.1977 r., a T. Bielska badała latem 1979 roku roślinność około jaskiniową – w ramach prac inwentaryzacyjnych OW PTPNoZ. Próbki osadów z Dziury nad Potokiem przechowywane są w Muzeum Ziemi PAN.

Na możliwość występowania w tym miejscu jaskini zwrócił uwagę J. Zahorski w 1933 r. T. i S. Zwolińscy oraz J. Zahorski w dniu 26.06.1933 r. rozkopali otwór Dziury nad Potokiem, po czym dostali się do wnętrza i zwiedzili ją ( Zwoliński 1933, 1961, Kowalski 1953a).
Odkrycia dalszych korytarzy o długości około 30 m dokonali w 1972 r. – A. Kobyłecki i P. Piekarski i w dn. 10.02.1973 r. – A. Kobyłecki, A. Górny, A Kłos, M. Mioduszewski. A. Kobyłecki sporządził wówczas nowy plan całości jaskini.

Plan i opis publikuje Kowalski (1953a). Plan ten nie obejmuje korytarza łączącego komorę wstępną z końcowymi partiami, idącego w lewo z końca komory, znanego zapewne Zwolińskim (por. Zwoliński, 1933).
W ramach prac inwentaryzacyjnych OW PTPNoZ opis dojścia oraz pomiary lokalizujące otwór wykonali P. Kulbicki i M. Małek w lipcu 1975 r. Zaktualizował R.M. Kardaś (2009 r.).
Plan, na podstawie planów: Kowalskiego, Kobyłeckiego i Hałata opracowała Regina Kardaś.

Zwoliński, S. 1933 (odkrycie jaskini, opis); Kowalski, K. 1953a (opis i plan jaskini); Kowalski, K. 1955a (wykaz gatunków fauny stwierdzonej w jaskini); Jaroszewski, W. 1957 (sytuacja geologiczna, lokalizacja na mapie geologicznej, bez nazwy); Rabowski. F. 1959 (sytuacja geologiczna, wzmiankuje bez nazwy); Wójcik. Z. 1960a (badania granulometryczne osadów); Wójcik, Z. 1960b (badania osadów); Zwoliński, S. 1961 (wzmianki dotyczące historii, geneza); Goch, B. 1966 (wzmianka o nie publikowanych badaniach flory przyotworowej prowadzonych przez T. Szota w dn. 10. IV. 1966): Wójcik, Z. 1966a (badania osadów, wiek); Kotański, Z. 1971, (sytuacja geologiczna, wzmiankuje bez nazwy); Pulinowa, M. Z., Pulina, M. 1972 (badania struktury lodu krystalicznego w jaskini, plan); TATRY POLSKIE 1984 (lokalizacja na mapie); Jaskinie TPN 1991 (plan i opis inwentarzowy); Bielska, T., Mickiewicz, J. 2000 (flora).

Zwoliński S. 1933–34; Kobyłecki, A. 1973 – plan Dziury nad Potokiem (l : 100); Hałat, A. 1978 – Wybrane zjawiska krasowe w Dolinie Chochołowskiej w Tatrach Zachodnich; Sobiepanek-Krzyżanowska, E. 1979 (fauna); Sekcja Speleologiczna SKNG UAM Poznań 1980 - Dziura nad Potokiem (plan l :100, morfologia jaskini).