Jadąc drogą krajową nr 94 w miejscowości Biały Kościół skręcamy na SW kierując się drogowskazami do Jaskini Wierzchowskiej. Po ok. 500 m dojeżdżamy do skrzyżowania i skręcamy w prawo do Wierzchowia. Po kolejnych 900 m dojeżdżamy do parkingu w Wierzchowiu. Z parkingu idziemy ul. Spacerową około 800 m za drogowskazem w kierunku Jaskini Wierzchowskiej Górnej (na północ). W miejscu gdzie wąska dolina zaczyna się rozszerzać, po prawej (wschodniej) stronie widać wielką grupę skalną z charakterystycznymi otworami kilka metrów nad dnem doliny.

Dokładny i aktualny do dziś opis topografii jaskini przedstawili Szelerewicz i Górny (1986). Opis ten był zgodny z przebiegiem ówczesnej trasy turystycznej. Wspomniani autorzy piszą: „Zwiedzanie rozpoczynamy od otworu największego (głównego), najbardziej wysuniętego na północ. Z tarasu przed wejściem do jaskini, usypanego w czasie badań wykopaliskowych, doskonale widać kształt otworu przypominający odwróconą gruszkę. Strop sali przyotworowej posiada charakterystyczne wgłębienia, tzw. kotły wirowe, rozmyte przez wodę wypełniającą niegdyś cały profil korytarza. Dno rozcina głęboka rynna denna, rozmyta przez wodę, która swobodnie wypływała z jaskini (późniejszy etap rozwoju jaskini - dop. autora). Na ścianach występują paprocie, zanokcica skalna i murowa.
Z końcowej części sali przyotworowej dwa otwory zamykane kratami prowadzą do Hali Wielkiej Dolnej. Jej długość przekracza 40 m, a szerokość waha się od 4 do 10 m, przy średniej wysokości 5 m. Wytyczona ścieżka przebiega lewą częścią Sali, oddzielona od komory metrowym prożkiem. Ma to na celu zabezpieczenie miejsca, gdzie zimą tworzy się duże skupisko nacieków lodowych. Wzdłuż ścian sali, na wysokości ok. 1 m, wyraźnie widoczny jest ciemny pas znaczący dawny poziom namuliska.
Ścieżka za filarem schodzi na dno Sali. Po kilkunastu metrach osiągamy położone po lewej stronie wejście do korytarza zwanego Niedźwiedzie Jamy. Przed wejściem tym zwraca uwagę ładny wodospad naciekowy. U jego podnóża znajduje się wielki stalagmit, na którego szczycie utworzyła się oryginalna forma przypominająca kropielnicę, często wypełniona wodą. ...
... Nazwa Niedźwiedzie Jamy pochodzi od poziomo biegnących wygładzeń na ścianach, wytartych przez ocierające się o skałę niedźwiedzie (tzw. szlify niedźwiedzie).
Po kilku stopniach wchodzimy do obszernego korytarza o kilkumetrowej wysokości, rozdzielonego mostem skalnym. W najwyższych częściach zachowało się sporo stalaktytów i stalagmitów. Korytarz zamykają okrągło wymyte zagłębienia pokryte grubą warstwą kalcytu, nazywane przez Ossowskiego Niedźwiedzimi Tronami.
Wracamy do Hali Wielkiej Dolnej. Przedłużeniem jej jest Jama Hieny, nazwana tak od znalezionych w namulisku zębów tego zwierzęcia. Wejście do tego korytarza przegradza stalagmit z narastającym od góry stalaktytem, mającym postać dużego nawisu. (W głębi za nim Jama Hieny przechodzi w system niewielkich i ciasnych korytarzyków i studzienek; w najdalszym korytarzyku stwierdzono możliwość połączenia z partiami jaskini w sąsiedztwie Hoteliku.)
Z końca Hali Wielkiej Dolnej skręcamy pod ostrym kątem w prawo, prostym 35-metrowym Korytarzem Gotyckim, powstałym na wysokiej szczelinie. Na samym jego początku, po lewej stronie, na cienkiej warstwie kalcytu sącząca się woda osadza cienkie, warkoczowate nacieki, aktualnie przyrastające. Korytarzem tym dochodzimy do drugiego otworu jaskini. Są tu właściwie trzy otwory: drugi tworzy równoległa szczelina, zamknięta obecnie kamiennym murkiem, a trzeci zaczyna się zaczyna się wysoko pod stropem i wyprowadza na zewnątrz pod wielkim skalnym okapem.
Z rozszerzenia przy drugim otworze skręcamy w lewo krętym tunelem, tzw. Przesmykiem Długim. Wypełniały go dawniej osady scementowane polewą naciekową, usunięte w czasie badań w końcu XIX wieku. Na ścianach zachowały się ślady dawnego poziomu namuliska w postaci poziomo wyrastających półek.
W środkowej części tego korytarza odkryto po jego prawej (zachodniej) stronie nowe partie, niedostępne dla zwiedzających, nazwane Przesmykiem Równoległym; jest to system korytarzy o łącznej długości przekraczającej 100 m, rozwinięty na kilku poziomach. Zachowało się tam duże bogactwo form naciekowych: draperie, zasłony oraz makarony i stalaktyty o długości dochodzącej do 40 cm. Część nacieków w tych partiach jest „żywa”, białego koloru. Najniżej położone korytarze tej części jaskini tworzą ciągi biegnące kilka metrów poniżej Przesmyku Długiego.
W części końcowej Przesmyku Długiego, przy jego lewej ścianie, odkryto kilkumetrowej głębokości szczelinę prowadzącą do niższych korytarzy. Jej małe wymiary uniemożliwiają jednak osiągnięcie dna.
Wchodzimy do korytarza przebiegającego pod kątem prostym w stosunku do Przesmyku Długiego. Wysokość przekracza 8 m. Na poziomie 6 m nad dnem zachowały się - w postaci odcinków korytarzy i bocznych półek - fragmenty najwyższego piętra jaskini. Od tego miejsca sale i korytarze, wzajemnie się krzyżujące i rozmieszczone na różnych poziomach, tworzą prawdziwy labirynt.
Kierujemy się w lewo (w prawo prowadzi korytarz do trzeciego, górnego otworu jaskini). Po kilku stopniach wchodzimy do Sali z Kotłami. Nieco poniżej, na środku, sterczy wysoki blok skalny, zwany od dziury w jego wnętrzu Śmietnikiem. Na ścianach, na wysokości 4 m, zaznacza się głębokim wcięciem najwyższy poziom jaskini. Od niego ściany stromo opadają w dół, pokrywa je gruba warstwa nacieku. W stropie wymyte zostały duże kotły wirowe. Na ich powierzchni utworzyło się wiele stalaktytów. We wschodniej ścianie, oddzielony pochylnią od dna, odchodzi korytarz najwyższego piętra jaskini - „rura” metrowej średnicy, prowadząca przez Hotelik do Kostnicy.
Za schodkami w Sali z Kotłami kierujemy się w prawo i zaraz w lewo. Dochodzimy do schodków z poręczą.
W lewo prowadzi obszerny korytarz, z którego można dojść do górnego piętra. Nad korytarzem widać okno prowadzące do niewielkiej półki, nazwanej Hotelikiem. W przedłużeniu odkryto kilkumetrowy korytarz z białymi makaronami 30-centymetrowej długości. Na jego dnie znaleziono pięć prawie kompletnych czaszek niedźwiedzia jaskiniowego.
Po schodkach wchodzimy na najwyższy poziom. Dawne wejście, obecnie zasypane, znajdowało się na poziomie dna sali pod niskim okapem. Z prawej strony za barierką znajduje się wejście do Czterdziestki (Tunel Speleologów).
Jest to długi korytarz z niewielkimi odgałęzieniami, początkowo ciasny, posiadający dawniej ładną szatę naciekową. W końcowej części przechodzi on w niewielką salkę zamkniętą zawaliskiem. Długość tego ciągu wynosi 75 m.
Skręcamy w lewo i wchodzimy do Sali Tronowej (Hala Wielka Górna). Długość sali wynosi 40 m, wysokość w kopulastym rozszerzeniu dochodzi do 6 m. W stropie widoczne są rozmyte szczeliny i kotły wirowe, z których jeden tworzy komin prawie 10 m wysokości. Koniec sali przechodzi w ciasny tunel zamknięty namuliskiem. Grubość osadów w tej komorze sięga 5 m. W części środkowej Sali Tronowej uruchomiono w 1985 roku ekspozycję poświęconą jaskini. Kierując się w lewo dochodzimy po kilku metrach do Kostnicy, której dno położone jest 4 m poniżej Sali Tronowej.
Dookoła Kostnicy biegnie półka znacząca poziom najwyższego piętra jaskini. Na stropie narastają w dużej ilości makarony. Ściany pokrywa gruba warstwa nacieku, tworząc formy kaskad. Pierwotnie, przed badaniami, dno Kostnicy pokrywała gruba warstwa nacieku ze stalagmitami. Pod nią znajdowała się ok. 1 m grubości warstwa gliny z dużą ilością kości zwierzęcych (stąd nazwa sali). Głębiej pod tym poziomem natrafiono na kolejne warstwy polewy, przedzielonej warstwami namuliska. W czasie badań odsłonięto dno Kostnicy do poziomu ok. 7 m poniżej Sali Tronowej. Odkryto wówczas ciasne korytarze biegnące z dna, które po zakończeniu badań zasypano. W roku 1967 usunięto gruz z Kostnicy, odsłaniając ponownie system korytarzy o łącznej długości 50 m.
Następnym odgałęzieniem za Kostnicą są Czapki. W początkowej części korytarza, na półce po lewej stronie, znajduje się częściowo zniszczony stalagmit pagodowy znacznych rozmiarów, zwany Różą. Na namulisku, w środkowej części, widać narastające stalagmity. Koniec zamykają wirowe wymycia, od których korytarz nosi swoją nazwę. Na ścianach zachowały się podpisy turystów; najstarsza możliwa do odcyfrowania inskrypcja pochodzi z 1903 roku.
Z Sali Tronowej wracamy z powrotem schodkami. Po zejściu idziemy prosto wzdłuż lewej ściany (przyszliśmy z prawej strony). Po kilkunastu metrach przechodzimy obok ładnie uformowanych mis naciekowych, zajmujących znaczną część korytarza. W okresie tworzenia się nacieku, kiedy jest on formą żywą, wszystkie zgłębienia wypełnia woda, tworząc szeregi małych jeziorek rozmieszczonych na różnych poziomach. Korytarz doprowadza do rozszerzenia.
W przedłużeniu prowadzi korytarz rozwinięty na dwóch równoległych szczelinach, co wyraźnie zaznacza się w przekroju. W głębi dzieli się on na dwie odnogi, stąd nazywany jest Widłami. Prawa odnoga kończy się poniżej dna Sali Człowieka Pierwotnego. Odkryto tu kilka bardzo ciasnych odgałęzień.
Skręcamy w prawo i po schodkach wchodzimy do obszernego korytarza. Jest to ciąg prowadzący do otworu trzeciego (zwiedziliśmy już część tego korytarza po wyjściu z Przesmyku Długiego, zaczynającego się stąd kilka metrów w prawo). Idziemy w lewo, w górę i po schodkach wchodzimy do Sali Człowieka Pierwotnego. Sala ta posiadała zapewne bezpośredni wylot do powierzchni, a tym samym stanowić mogła szczególnie dogodne schronienie dla ludzi. Potwierdzają te przypuszczenia znaleziska zabytków neolitycznych. Barierka oddziela trasę turystyczną od sali. Skręcamy stąd w prawo do niewielkiej komory. Zwiedzając te partie latem, odczuwamy wyraźny przepływ ciepłego powietrza. Ściany są tu suche. Można na nich dostrzec występującego tu licznie pająka Meta menardi.
Za ostatnią komorą osiągamy koniec trasy turystycznej i wychodzimy na zewnątrz niewielkim otworem w górnych partiach skałek.”
Jaskinia powstała w wapieniach skalistych górnej jury (oksford), a układ korytarzy jest ściśle uwarunkowany dominującymi kierunkami tektonicznymi. Jeśli spojrzeć na plan to wyraźnie widać, że korytarze układają się wzdłuż linii o kierunkach SW-NE oraz NW-SE. Są to dwa krzyżujące się systemy spękań ciosowych, które zostały bardzo silnie rozmyte przez wody podziemne. Sądząc z elementów morfologii wnętrza jaskini, w jej rozwoju udział miały zarówno przepływy ascenzyjne jak i freatyczne oraz wadyczne.
Jak już wspomniano wyżej opis rozkładu korytarzy jaskiniowych jest nadal aktualny. Natomiast lekkiej zmianie uległ przebieg trasy turystycznej. Spowodowane to zostało niezwykłym, jak na warunki jurajskie, zjawiskiem. Otóż w lipcu 1997 roku nastąpił obryw wielkiego filara skalnego przed głównym wejściem do jaskini. Wielkie bloki skalne zatarasowały otwór wejściowy jaskini. Od tego czasu zwiedzający wchodzą drugim otworem leżącym nieco na południe od głównego. Zjawisko to, tyleż ciekawe co niebezpieczne, opisał M. Szelerewicz w informatorze Jaskinie Wyżyny w 1997 roku. Przyczyna tego zjawiska nie została ustalona w jednoznaczny sposób. M. Szelerewicz domyślał się, że mógł to być cały szereg przyczyn. I tak po pierwsze, od góry w skałę wrastały korzenie dużego drzewa powodując jej rozsadzanie, po drugie, w tym dniu padał intensywny deszcz, który migrując w skałę powodował jej osłabienie na szczelinach, po trzecie, w momencie katastrofy nad skałami przelatywał helikopter wywołując wibracje przenoszone na skałę, po czwarte, skałę w znacznym stopniu osłabiało zjawisko wietrzenia mrozowego. Do tych czynników można dodać jeszcze jeden. Otóż z obserwacji niżej podpisanego wynika, że filar skalny odspoił się wzdłuż płaszczyzny o przebiegu SW-NE, czyli jest to kierunek tektoniczny, który dominuje w rozkładzie korytarzy jaskiniowych. Jednocześnie na wielu powierzchniach bloków skalnych powstałych po rozkruszeniu filara, można obserwować dużą ilość stylolitów. Oczywiście w tym momencie trudno określić pierwotną pozycję powierzchni ze stylolitami. Jednak nie ulega wątpliwości, że w skale występowały duże powierzchnie osłabień wynikające z tektoniki masywu. Tak więc z dużą dozą prawdopodobieństwa można przyjąć, że wszystkie te czynniki razem wzięte przyczyniły się w czasach historycznych do największego (jak się wydaje) obrywu skalnego na Wyżynie Krakowsko-Wieluńskiej.
Wg Kowalskiego (1951): „...Większość nacieków pokrywających ściany znanych od dawna korytarzy jaskini jest martwa. Tylko pod stropami wyższych komór i w rzadko odwiedzanych korytarzach znajdujemy nacieki żywe, ciągle rosnące. Wśród szaty naciekowej Jaskini Wierzchowskiej możemy wyróżnić kilka generacji, przy czym większa część nacieków jest stara, powstała przed tysiącami lat...
... Obecnie namulisko składa się w częściach dolnych jaskini z gliny z próchnicą i kamieniami. W Przesmyku Długim zachowane są doskonale na ścianach resztki dawnej skorupy naciekowej z licznymi otoczakami.
Temperatura w częściach głębokich niska, wg Ciętaka wynosi 7,5oC przy zewnętrznej ciepłocie 27 oC. Między obu otworami zaznacza się silny prąd powietrza. Cała jaskinia dość sucha, kałuże wody bardzo nieliczne i okresowo wysychające.
Flora jaskini, zwłaszcza przy głównym otworze, jest obfita, panuje tu na ścianach paproć Asplenium trichomanes.
Fauna uboga: spotyka się muchówki i pajęczaki, zimują tu nietoperze podkowce i nocki orzęsione (Myotis emarginatus Geoffroy).”

Jaskinia Wierzchowska Górna przedstawia się jako wyjątkowo ciekawy poligon badawczy. Historię poznania i przeprowadzone w jaskini badania do 1950 roku przedstawia - wspomagając się kompilacją planu Ossowskiego i Ciętaka oraz częściowo opisami Ciętaka - K. Kowalski (1951):
„... Namulisko jaskini zostało naruszone przez Zawiszę w pobliżu otworu głównego. Dokonywał on tu bowiem, począwszy od 1871, rozkopywań próbnych. Potem było ono eksploatowane w kilku miejscach w celach gospodarczych. W 1884-1886 badał jaskinię Ossowski, który rozkopał całą komorę wstępną, górną warstwę namuliska Hali Wielkiej Dolnej, otoczenie otworu drugiego. Przesmyk Długi i korytarze pomiędzy nim a Halą Wielką Górną, powierzchowne warstwy namuliska tej ostatniej i wreszcie Kostnicę.
W komorze wstępnej namulisko 4,6 m głębokie zawierało 2 m grubą warstwę ze spaleniskami i wyrobami neolitycznymi, a pod nią warstwę gliniastą, poprzerywaną warstewkami iłu i piasku, w której znajdowano kości zwierząt plejstoceńskich. W Hali Wielkiej Dolnej warstwa czarnoziemu 0,5-0,25 m gruba, cieniejąca ku głębi jaskini, zawierająca wyroby neolityczne i późniejsze, nakrywała zbadaną do 1-1,5 m głębokości warstwę gliniastą z kośćmi plejstoceńskimi. W chodniku do Niedźwiedzia, do Hieny i Bezimiennym namulisko, podobnie jak w Hali Wielkiej Dolnej, nie dało żadnych zabytków.
W komorze wejściowej przy drugim otworze na powierzchni leżała warstwa luźnych głazów, pod nimi cienka warstewka ziemista, dalej zaś bruk kamienny 60 cm grubości z dziurami zapełnionymi piaskiem z ziemią wapnistą. Wśród kamieni bruku znajdowano skorupy naczyń, wyroby żelazne. Poniżej leżała warstwa czarnoziemno-gliniasta z nielicznymi kośćmi kopalnymi. W Hali Małej Dolnej warstwa czarnoziemu miała 25 cm grubości i zawierała nieliczne kości i odłupki, pod nią leżący pokład gliniasty do 50 cm gruby, spoczywający na zwietrzałym dnie skalnym, dał nieliczne tylko zabytki.
W Przesmyku Długim namuł, pokryty skorupą naciekową do 0,5 m, na której leżała jeszcze cienka warstwa próchnicy, składał się z gliny przechodzącej w ił. Znaleziono tu na tym samym poziomie kości zwierząt plejstoceńskich i domowych (zapewne w skutek niestarannego prowadzenia robót). W komorze za przesmykiem Długim namuł składał się, od góry idąc, z cienkiej warstwy napływowej, warstwy nacieku i warstwy gliniastej, znów z kośćmi zwierząt zaginionych i ułamkami naczyń. W Hali Wielkiej Górnej pod zwałami głazów luźnych były głazy spojone naciekiem, a wśród nich wiele kości kopalnych.
Kostnica zbadana została przez Ossowskiego tylko w części zachodniej (czy nie południowej?) i dna skalnego w niej nie osiągnięto. Warstwy namuliska opisano powyżej. Według Ossowskiego kości znajdowane w poszczególnych warstwach gliny pomiędzy pokładami nacieku przedstawiały jeden zespół, w różnych warstwach znajdowało się kości tego samego osobnika. W najniższej warstwie gliniastej znaleziono podobno 2 siekacze niedźwiedzia jaskiniowego ze śladami nacięcia.
Zbadał też Ossowski zagłębienie skalne położone obok głównego otworu jaskini. Namulisko, rozkopane tu do 2 m głębokości, zawierało nieco ułamków naczyń i zbutwiały szkielet ludzki.
Obecnie namulisko składa się w częściach dolnych jaskini z gliny z próchnicą i kamieniami. W Przesmyku Długim zachowane są doskonale na ścianach resztki dawnej skorupy naciekowej z licznymi otoczakami...”.
„...Znalezione kości zwierzęce posłużyły za materiał do wielu publikacji. I tak Niezabitowski pisał o szczątkach niedźwiedzia jaskiniowego, lwa i renifera, Kiernik o szczątkach wilka i suhaka, Berezowski - konia. Szczątki ludzkie z badań Zawiszy opracował Virchow. Materiały archeologiczne zostały częściowo opisane przez Krukowskiego (ślady paleolitu starszego), Żurowskiego (neolit), Noska (kultura grobów skrzynkowych), Jakimowicza (ceramika wczesnohistoryczna) oraz Nasza (żarna). W 1935 Ciętak opublikował opis jaskini i uzupełnił plan sporządzony przez Ossowskiego profilami.
Materiał kości plejstoceńskich z badań Ossowskiego znajduje się w Muzeum Przyrodniczym P.A.U., gdzie wystawiono m.in. szkielet niedźwiedzia jaskiniowego, zmontowany z kości znalezionych w tej jaskini. Materiały archeologiczne z poszukiwań Ossowskiego znajdują się w Muzeum Archeologicznym P.A.U. pod nr inw. 841, 842, 846-851, 856-857, 868, 882-892, 906, 1070, 1300-1320, 2546-2654, 2556, 2617, 2639, 3214, 3443, 4267, 4699. Fragmenty kości znajdują się też w P.M.A. (zbiory Muzeum Przem. i Roln. nr 623), skrobacz krzemienny ze zbiorów Römera w Muzeum Państwowym we Wrocławiu pod nr inw. 196a/94. Wreszcie w Dziale Prehistorycznym Muzeum Wielkopolskiego w Poznaniu pod nr inw. 1934:238 znajdują się skorupy, polepa i kości zwierzęce. ...”
W latach 1970 i 1974 wznowiono wykopaliska archeologiczne. Prace prowadziły M. Mączyńska i E. Rook (1972) oraz R. Mycielska (1975). W 1980 roku E. Rook, na podstawie badań m.in. w tej jaskini, omawia problemy osadnictwa neolitycznego w jaskiniach Wyżyny Krakowsko-Częstochowskiej. W 1986 roku E. Foltyn wymienia jaskinię, jako paleolityczne stanowisko jaskiniowe.
Badaniami fauny jaskiniowej zajmowała się E. Sanocka-Wołoszynowa w 1981 roku badając pajęczaki zamieszkujące jaskinię.
Temat chronologii powstawania nacieków jaskiniowych na podstawie badań izotopowych podjął w 1994 roku zespół: A. Pazdur, M., F. Pazdur, H. Hercman, A. Górny i M. Olszewski, a zespół w składzie A. Pazdur, T. Goslar, M. Gradziński, H. Hercman zajął się w 1999 roku, problemem zmian hydrologicznych i klimatycznych na podstawie badań izotopowych w jaskiniach. W 1998 r. M. Gradziński, A. Górny, A. Pazdur, M.F. Pazdur zajęli się się tematem geologicznego zapisu osadnictwa prehistorycznego w jaskiniach. Natomiast M. Gradziński omawia w 1999 r. zagadnienie wieku i pozycji żwirowców w jaskiniach.

T. Madeyska w 2000 roku w popularny sposób przedstawia historię zapisaną w osadach jaskiniowych.

W jaskini prowadzone były badania nad chemizmem wód jaskiniowych. Tematem tym zajmowali się P. Goc, A.Górny, B. Klojzy-Karczmarczyk i J. Motyka w 2000 roku oraz J. Różkowski w 2006 roku.

Badaniami liczebności nietoperzy zajmowali się J. Nowak i W. Grzywiński (2007 i 2012).

W 2012 roku M. Wojenka zajmuje się artefaktami średniowiecznymi w jaskini.

Kowalski (1951) pisał: „...Pierwszą wzmiankę o Jaskini Wierzchowskiej spotykamy u Jastrzębowskiego (1853). Pisze on, że w Wierzchowiu są dwie jaskinie, niewielkie, lecz białe i czyste, o ścianach pokrytych kroplami wody. Tę wzmiankę Jastrzębowskiego powtarza Przewodnik po Ojcowskiej Dolinie (1860). “
Ponieważ pierwsze wzmianki na temat jaskini pojawiły się w połowie XIX w, pod koniec tego wieku rozpoczął się w miarę zorganizowany ruch turystyczny z wykorzystaniem przewodnika. W latach 30. XX wieku pojawiła się idea aby jaskinię objąć ochroną. Wg Kowalskiego (1951) „... W czasach przedwojennych była zamknięta, a właściciel pobierał wstęp od zwiedzających. Na zasadzie rozporządzenia wojewody kieleckiego polecono opiekę nad nią staroście olkuskiemu.” Prace w tym kierunku zostały rozpoczęte lecz przerwał je wybuch wojny. W pierwszych tygodniach II Wojny Światowej jaskinia była schronieniem dla kilkuset osób wraz z inwentarzem żywym.
Po wojnie otwory jaskini długi czas były nie zabezpieczone co sprzyjało zanieczyszczeniu i dewastacji. Dopiero w 1966 powrócono do idei objęcia obiektu ochroną. W tym roku decyzją Wojewódzkiej Rady Narodowej jaskinię uznano za pomnik przyrody nieożywionej, jednocześnie rozpoczęto przygotowania do wznowienia zorganizowanego ruchu turystycznego. W 1967 roku w otworach założono kraty, a w 1970 r rozpoczęto szereg prac mających na celu udostępnienie a jednocześnie zabezpieczenie jaskini przed kolejnymi zniszczeniami. Historię poznania i udostępnienia jaskini przedstawia Krzemień i Partyka w 1987roku. Wzmianki na temat objęcia ochroną jaskini pojawiają się w publikacji Alexandrowicz, Drzał, Kozłowski (1975). Natomiast informacje na temat udostępnienia ukazują się w materiałach z okazji 80-lecia Oddziału Krakowskiego PTTK w 1999 r. oraz u Pawlusińskiego w 2007 r.

K. Kowalski (1951), który opisuje jaskinię pod numerem 94, określa jej długość na 640 metrów. Powojenna eksploracja korytarzy jaskiniowych doprowadziła do przedłużenia jaskini do 950 m. Prace te prowadzone były w latach 1967-1969 oraz w 1980 roku. Informacje na ten temat można znaleźć u Górnego (1970) oraz u Szelerewicza i Górnego (1986).
Pomiary wykonali w 1983 roku M. Szelerewicz i A. Górny.
Plan opracował M. Szelerewicz.

Jastrzębowski W. 1853 (wzmianka o dwóch jaskiniach w Wierzchowiu); Przewodnik po Ojcowskiej Dolinie 1860 (przedruk poprz.); Zawisza J. 1871 (opis jaskini i poszukiwań); Virchow R. 1873 (opis 2 czaszek ludzkich znalezionych przez Zawiszę); Zawisza J. 1874 (krótki opis poszukiwań, plan jaskini, rys. znalezisk); Kohn 1876 (wzmianki wg Zawiszy); Gruszecki A. 1878 (ditto); Kohn A. und Mehlis C. 1879 (tłumaczenie prac Zawiszy); Hellwald F.1879 (wzm. wg pracy poprz.); Ossowski G. 1882a (wzmianka o badaniach Zawiszy); Ossowski G. 1882b (ditto); Römer F. 1883 (o oszukiwaniach Zawiszy); Ossowski G. 1884b, (wzmianka); 1885a Ossowski G. (opis jaskini i wykopalisk, plan); Ossowski G. 1886a (opis poszukiwań, widoki otworów, plan i profile Kostnicy); Ossowski G. 1886b (opis jaskini i plan, wyniki dotychczasowych badań); Ossowski G. 1887a (opis ostatnich poszukiwań, rys. znalezisk); Ossowski G. 1887b (krótkie tlumaczenie opisu jaskini i poszukiwań, rys. wykopalisk); Ossowski G. 1887c (streszczenie opisu ostatnich badań); Stanisław z Warszawy 1888 (wzmianka); Niezabitowski E.L. 1898 (streszczenie pracy następnej); Niezabitowski E.L. 1899 (o wyrastaniu ostatniego zęba trzonowego u niedźwiedzia jaskiniowego na zasadzie materiału z J. Wierzchowskiej Górnej); Czarnowski S.J. 1899 (wzmianka); Czarnowski S.J. 1903 (wzm. o czaszkach znalezionych przez Zawiszę); Czermak W. 1905 [1935] (fot. otworów); Czarnowski S.J. 1905 (wzmianka); Wróblewski K. 1907 (opis i plan); Czarnowski S.J. 1907 (wzmianka, fot. otworu); Przesmycki P. 1908 (wzmianki); Berezowski A. 1909 (wzm. o znalezieniu szczątków konia); Diest H. 1909 (fot. otworu, wiadomość o zwiedzenia); Czarnowski S.J 1911 (opis wg Ossowskiego); Kiernik E. 1913 (opis i fot. czaszki wilka dyluwialnego); Kiernik E. 1913a (streszczenie poprz.); Obermeier H. 1913 (wymienia); Talko-Hryncewicz J. 1913 (wiadomość o znalezieniu szczątków ludzkich, fot. otworu); Niezabitowski E.L. 1914 (wzm. o szczątkach renifera); Demetrykiewicz W. i Kuźniar W. 1914 (wzm. o grzebieniu wczesnohistorycznym, podano błędnie, że pochodzi z Wierzchowskiej Dolnej); Orłowicz M. 1919 (wzmianka); Demetrykiewicz W. 1922 (wzmianka); Żurowski J. 1923a (wzm. o neolicie i fibuli rzymskiej); Niezabitowski E.L. 1925 (opis i fot. żuchwy lwa jaskiniowego); Dzwonkowski W. [1922?] (fot. otworu); Krukowski S. 1927 (o znalezieniu śladów paleolitu starszego w materiale Ossowskiego); Stączek S. 1928 (opis); Jakimowicz R. 1930 (opis ciekawego okazu ceramiki wczesnohistorycznej); Zawadzki 1932 (Wzmianki turystyczne); Ochrona Groty Wierzchowskiej 1933 (wiadomość o piśmie wojewody kieleckiego); Danysz-Fleszarowa R. 1933 (wymienia); Ciętak Z.1935 (opis i plan, 2 fot.); K. B. 1935 (wzmianka); Kostrzewski J. 1939-1945 (wzm. o neolicie, rys. neolitycznego posążka kobiecego); Nosek S. 1946 (wzm. o śladach kultury grobów skrzynkowych); Żabiński 1947 (wzm.); Kostrzewski J. 1948 (wzm. o badaniach); Durczewski Z. 1948 (wzm. o zabytkach w Muzeum w Poznaniu); Kostrzewski J. 1949b (o badaniach Zawiszy i Ossowskiego); Sawicki L. 1949 (o badaniach Zawiszy); Nasz A. 1950 (o żarnach przedhistorycznych); Kowalski K. 1951 (plan i opis pod nr 94); Górny A. 1970a (informacje o jaskini); Szelerewicz M., Górny A. 1986 (opis i plan); Mączyńska M., Rook E. 1972 (o zbiorach z jaskini i ich lokalizacji); Alexandrowicz Z. i in. 1975 (wymieniają w katalogu); Mycielska R. 1975 (wzmiankuje w kontekście archeologicznym); Rook E. 1980 (omawia znaleziska neolityczne); Sanocka-Wołoszynowa E. 1981 (fauna pajęczaków); Foltyn E. 1986 (wymienia wśród stanowisk archeologicznych); Krzemień M.P., Partyka J. 1987 (informacje o jaskini); Pazdur A., Pazdur M., F., Hercman H., Górny A., Olszewski M. 1994 (datowania nacieków); Szelerewicz M. 1997a (o obrywie skalnym w otworze); Gradziński M., Górny A., Pazdur A., Pazdur M.F. 1998 ( osadnictwie prehistorycznym); Gradziński M., 1999 (o żwirowcach w jaskini); 80 lat Oddziału Krakowskiego PTTK 1999 (o zabiegach objęcia ochroną jaskini); Madeyska T. 2000 (o dziejach zapisanych w osadach); Goc P., Górny A., Klojzy-Karczmarczyk B., Motyka J. 2000 (chemizm wód jaskiniowych); Różkowski J. 2006 (wody krasowe i ich ochrona); Pawlusiński R. 2007 (historia turystyki w kontekście udostępnienia jaskini); Nowak J., Grzywiński W. 2007 (spisy hibernujących nietoperzy); Wojenka M. 2012 (jaskinie w średniowieczu); Nowak J., Grzywiński W. 2012 (spisy hibernujących nietoperzy); Jaskinie Wyżyny Olkuskiej 2018a (plan i opis inwentarzowy).